Fatih Sultan Mehmet Eğitim ve Araştırma Hastanesi klinik örneklerinden izole edilen kandida suşlarının tür ve antifungal duyarlılık tayininde MALDİ-TOF MS VE VİTEK 2 otomatize sistemlerinin güvenilirliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of the reliability of MALDI-TOF MS VE VITEK 2 automated systems in the determination of species and antifungal sensitivity of candida strains isolated from Fatih Sultan Mehmet Training and Research Hospital clinical samples
- Tez No: 652141
- Danışmanlar: PROF. DR. CANAN AĞALAR, DR. SERVET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antifungal ajanlar, Antifungal duyarlılık testleri, Kandida, Mantar hastalıkları, Mikrobiyal duyarlılık testleri, Antifungal agents, Antifungal sensitivity tests, Candida, Mycoses, Microbial sensitivity tests
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: İstanbul Fatih Sultan Mehmet Eğitim Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: İnvaziv mantar enfeksiyonlarının yönetiminin laboratuar ayağında suşun tanımlanması ve antifungal duyarlılık testi tayini iki kritik basamaktır. Bu iki sonucun hızlı ve doğru tespitinin kliniğe büyük katkısı olacağı açıktır. Bu işlemlerin rutin yöntemler yerine yeni alternatif yöntemlerle kısalması hedeflenmektedir. Çalışmamızda hastanemiz kandida suşlarının türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel yöntemlerin ve antifungal duyarlılık paterni belirlenmesinde sıvı mikrodilüsyonun otomatize sistemler ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2014 ve 2017 yılları arasında Fatih Sultan Mehmet Eğitim ve Araştırma Hastanesi ayaktan ve yatan hastalarının klinik örneklerinden (kan, idrar, ETA, kateter, balgam, yara vb.) izole edilen 130 kandida suşu alındı. Kandida türleri geleneksel yöntemler (germ tüp testi, kromojenik besiyeri ve pirinç ekstresi-Tween 80 agar) ve MALDI-TOF® MS (Biomerieux, France) (Matrix-Assisted Laser Desorption IonizationTime-Of-Flight Mass Spectrometry) otomatize sistemi ile tanımlandı. Antifungal duyarlılık tayini altın standart test olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) ve VITEK® 2 (Biomerieux, France) (VTK) otomatize sistemi ile yapıldı. Antifungal duyarlılık tayininde VTK ile çalışılan antifungal ilaçlar amfoterisin B, flukonazol, vorikonazol ve mikafungin iken; sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle ek olarak isavukonazol de çalışıldı. Bulgular: Çalışmaya alınan 130 kandida suşunun geleneksel yöntemler ve MALDI-TOF MS ile yapılan tür tayininde suşların %52,3'ü C. albicans, %16,1'i C. glabrata, %13,1'i C. tropicalis, %7,7'si C. parapsilosis, %5,4'ü C. kefyr, %3,1'i C. dubliniensis, %2,3'ü C. krusei olarak tanımlandı. Her iki yöntem %100 uyumlu bulundu. Antifungal duyarlılık tayininde SMD ve VTK arasında esansiyel uyum %98,8; kategorik uyum ise %98,7 idi. Hatalara bakıldığında C.glabrata'da mikafunginde üç küçük hata; C.parapsilosis'te flukonazolde bir büyük hata belirlendi. Kategorik uyumsuzluğa neden olan bu dört hatadan üç tanesi esansiyel uyumsuz idi. Bunların dışında dört tane daha esansiyel uyumsuzluk tespit edidi. Çok büyük hata saptanmadı. İsavukonazolde ise tüm kandida suşlarında çok düşük dilüsyonlarda minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri saptandı. Sonuç: Çalışmamız sonucunda kullandığımız iki otomatize sistem yüksek uyum oranlarıyla rutin kullanımda hızlı, pratik ve güvenilir bulundu.
Özet (Çeviri)
Aim: Identification of the strain and determination of antifungal susceptibility test are two critical steps in the laboratory aspect of the management of invasive fungal infections. It is clear that fast and accurate determination of these two results will make a great contribution to the clinic. It is aimed to shorten these processes with new alternative methods instead of routine methods. In our study, it was aimed to compare conventional methods to identify the types of candida strains and liquid microdilution method to determine antifungal susceptibility pattern with automated systems. Materials and Methods: 130 candida strains isolated from clinical samples (blood, urine, ETA, catheter, sputum, wound etc.) of outpatients and inpatients of Fatih Sultan Mehmet Training and Research Hospital between 2014 and 2017 were included in the study. Candida species were identified by conventional methods (germ tube test, chromogenic medium and rice extract-Tween 80 agar) and MALDI-TOF® MS (Biomerieux, France) (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometer). Antifungal susceptibility determination was performed with the gold standard test broth microdilution (SMD) and VITEK® 2 (Biomerieux, France) (VTK). In the determination of antifungal sensitivity, the antifungal drugs studied with VTK were amphotericin B, fluconazole, voriconazole and micafungin; isavuconazole was also studied by liquid microdilution method. Results: In the species determination of 130 candida strains included in the study by conventional methods and MALDI-TOF MS, 52,3% of the strains were C. albicans, 16,1% of C. glabrata, 13,1% of C. tropicalis, 7,7% of C. parapsilosis, 5,4% of C. kefyr, 3,1% of C. dubliniensis, 2,3% of C. krusei. Both methods were found to be 100% compatible. In antifungal sensitivity determination essential agreement between SMD and VTK was 98,8%; categorical agreement was 98,7%. Looking at the discrepancies, three minor discrepancies were detected in micafungin in C.glabrata; one major discrepancy was detected in fluconazole in C.parapsilosis. Three of these four errors that caused categorical disagreement were also essential disagreement. Apart from these, four more essential disagreements were detected. No very major discrepancy was detected. In isavuconazole, minimum inhibitory concentration (MIC) values were detected in very low dilutions in all candida strains. Conclusion: As a result of our study, the two automated systems we used were found to be fast, practical and reliable in routine use with high compliance rates.
Benzer Tezler
- Kronik tonsillitte DNA hasarı, enflamasyon ve oksidatif stresin incelenmesi
Investigation of DNA damage, inflammation, and oxidative stress in chronic tonsillitis
BATUHAN PİŞET
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Kulak Burun ve BoğazSağlık Bilimleri ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMRA KÜLEKÇİ ÖZTÜRK
- Octogenarian ve nonagenarian inme hastalarında reperfüzyon tedavisinin klinik ve fonksiyonel sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical and functional outcomes of reperfusion therapy in octogenarian and nonagenarian stroke patients
ECE AKALIN AKKAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
NörolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE FERHAN KÖMÜRCÜ
- Sağlık hizmeti kökenli pnömoni tanısında genişletilmiş CURB-65 skorlama sisteminin klinik yararlılığı ile 30 ve 90 günlük mortalite üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the healthcare associated pneumonia the effect of clinical purpose of the extended CURB-65 scoring system on the 30 and 90 days mortality
ERDEM KURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
İlk ve Acil YardımSağlık Bilimleri ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUBA CİMİLLİ ÖZTÜRK
- Dorsoradial el bilek ağrılı hastalarda klinik ve ultrasonografik bulguların korelasyonu
Correlation of clinical and ultrasonographic findings in patients with dorsoradial wrist pain
MÜNTEHA İLKYAZ KARADAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FEYZA ÜNLÜ ÖZKAN
- Yoğun bakım ünitesinde alınan endotrakeal aspirat kültürlerinin epidemiyolojik takibi ve ventilatör ilişkili pnömoni gelişimi ile ilişkisi
Epidemiological follow-up of endotracheal aspirate cultures in the intensive care unit and their association with the development of ventilator-associated pneumonia
SÜMEYYE KÖŞGER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN YENİLMEZ