Bazı ilaç türevlerinin kuantum kimyasal ve qsar çalışmaları
Quantum chemical and qsar studies of some drug derivatives
- Tez No: 655309
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA KANDEMİRLİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Kuantum kimyasal yöntemi ve moleküler modelleme teknikleri kullanılarak, bazı ilaçların ve Farmasötik açıdan önemli moleküllerin incelenmesi yapılmıştır. Bu çalışma, bazı kontrast maddeler (2,4,6-triiodobenzene ve türevleri, (diatrizoate, ioxaglate, iohexol ve iodixanol), isatin ve türevleri, (5-floroizatin, 5-kloroizatin, 5- metilizatin ve 5-metoksihizatin), TPH1 inhibitörleri olan fenilalanin türevleri ve aminoasit olarak tirozin ve aspirin arasındaki ilaç-ilaç etkileşimi olmal üzere dört bölümden oluşmaktadır. Araştırılan moleküllerin optimizasyonu, yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) kullanılarak yapılmıştır, tüm hesaplamalar için Gaussian09 programı kullanılmıştır. Enerjisi en düşük olan boş moleküler orbital (ELUMO), enerjisi en yüksek olan dolu moleküler orbital (EHOMO), ELUMO ve EHOMO arasındaki enerji farkı, sertlik, yumuşaklık, elektrofiliklik indeksi, kimyasal potansiyel, elektrofugalite ve nükleofugalite gibi moleküler özellikler sübstitüsyonun molekül üzerine etkilerini anlamak için kullanılmıştır. RHF ve DFT seviyelerinde cep-4g, cep-31g, cep-121g ve lanl2dz baz setleri ile, 2,4,6 tri-iyodobenzen, diatrizoat, iyoksaglat, iyoheksol ve iyodiksanol kontrast maddelerinin optimizasyonu, gaz fazında ve çözelti fazlarında [(su, etanol, kloroform, asetik asit, N, N-dimetil formamid (DMF), N, N-dimetil sülfoksit (DMSO)], kontrast bileşiklerin elektronik davranışını ve dipol momentini hesaplamak için yapılmıştır. Ayrıca, Diatrizoat kontrast maddesinin B3LYP düzeyinde Cep-4g, Cep-31g, Cep-121g ve lanl2dz baz setleri kullanarak teorik IR analizi yapılmış ve deneysel değerlerle mukayese edilmiştir. İsatin, 5- floroisatin, 5-kloroisatin, 5-metilisatin ve 5-metoksitatin için moleküllerin, nötr, anyon, katyon, protonlu deprotonlanmış formlarının kuantum kimyasal hesaplamaları B3LYP seviyesinde 6-311++G(2d,2p) baz seti kullanarak yapılmıştır. TPH1 inhibitörleri olan fenilalanin türevlerinin niceliksel yapı-aktivite ilişkisi araştırılmıştır. İlaç-ilaç etkileşimi çalışmasında aspirin ve tirozin arasındaki reaksiyon mekanizması, B3LYP/6-31G (d,p) baz setiyle incelenmiş ve ayrıca aspirin+tirozin, IN, TS ve son ürünün HOMO LUMO enerjileri, enerji aralığı, HOMO ve LUMO enerjisi ile ilgili parametreler ve doğrusal olmayan optik özellikler hesaplanmıştır. ANAHTAR KELİMELER:İsatin, kontrast ajanlar, fenilanalin türevleri, QSAR, Reaksiyon Mekanizması, Kuantum Hesaplamaları 26/10/2020, 132 Sayfa
Özet (Çeviri)
The quantum chemical method and techniques of molecular modeling were performed in this work to study some drugs and Pharmaceutical important molecules. The study included four parts; some contrast agents (2,4,6- triiodobenzene and its derivatives, (diatrizoate, ioxaglate, iohexol, and iodixanol), Isatin and its derivatives,( 5-fluoroisatin, 5-chloroisatin, 5-methylisatin, and 5- metoxhyisatin), series of substituted phenylalanine, and the drug-drug interaction between Tyrosine as amino acid AA and aspirin. The optimization of the investigation molecules was done by using the density functional theory (DFT) method. Gaussian09 is performed for all calculations. The molecular properties, such as low unoccupied molecular orbital energy (ELUMO), high occupied molecular orbital energy (EHOMO), the energy gap between HOMO and LUMO, electronegativity, hardness, softness, electrophilicity index, chemical potential, electrofugality, and nucleofugaliy have been used to understand the effects of the substitution in investigation molecules. Optimization of contrast agents 2,4,6 tri-iyodobenzene, diatrizoate, ioxaglate, iohexol and iodixanol at RHF and DFT levels with base sets of cep-4g, cep-31g, cep-121g and lanl2dz, in gas phase and solution phases (water, ethanol, chloroform, acetic acid, N, N-dimethyl formamide, N, N-dimethyl sulfoxide), was performed to calculate the energetic behavior and dipole moment of contrast compounds. In addition, for Diatrizoate contrast agent, at the B3LYP level using Cep-4g, Cep-31g, Cep-121g and lanl2dz basis sets, theoretical IR analysis was performed and compared with experimental values. Quantum chemical calculations of the molecules for Isatin, 5-fluoroisatin, 5- chloroysatin, 5-methylisatin and 5-methoxytatin in neutral, anion, cation, protonated and deprotonated forms at B3LYP level with the 6-311++G(2d,2p) bass set were performed. The quantitative structure-activity relationship of phenylalanine derivatives, which are TPH1 inhibitors, has been investigated. In the drug-drug interaction study, the reaction mechanism between aspirin and tyrosine was examined with the B3LYP/6-31G(d,p) basis set, and also the parameters related to the HOMO LUMO energies and nonlinear optical properties, for aspirin+tyrosine, IN, TS and the final product were calculated KEYWORDS:kontrast agents, isatin, phenylalanine derivatives, QSAR, reaction mechanism, quantum calculations
Benzer Tezler
- N-(2-Aminobenzoil)Benzotriazol ortamlı bazı Kinolin türevlerinin sentezi ve kuantum kimyasal hesaplamalar ile incelenmesi
Synthesis of some Quinoline derivatives with N-(2-Aminobenzoyl) Benzotriazole mediated and their investigation with quantum chemical calculations
GÜLÜMSER ORAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
KimyaEskişehir Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN KANIŞKAN
- Farklı sübstitüe olmuş 1,2-dihidrokinolin türevlerinin yeni bir yöntem ile sentezi ve kuantum kimyasal hesaplamaları
Synthesis of differently substituted 1,2-dihydroqunioline derivatives with a new method and quantum chemical calculations
ÖZGE AÇIKGÖZ
- 2-sübstitüe-metiltiyoetilamin türevlerinin konformasyonel analizi
Conformational analysis of 2-substitued-methylthioethylamine
MEHMET DURMUŞ
- Computational investigation of organic reactions via mechanistic approaches
Organik tepkimelerin mekanistik yaklaşımlar kullanılarak hesapsal incelenmesi
ESRA BOZ
- Bazı tiyosemikarbazon türevlerinin moleküler yapılarının NMR spektroskopi tekniği ve DFT hesaplamalarıyla analizi ve seçilen proteinlerle moleküler kenetlenmelerinin incelenmesi
Analysis of the molecular structure of some thiosemicarbazone derivatives by NMR spectroscopy technique and DFT calculations and investigation of their molecular docking studies with the selected proteins
ŞEHMUS GÜMÜŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Fizik ve Fizik MühendisliğiNecmettin Erbakan ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN TÜRKKAN
