Geri Dön

Bazı tiyosemikarbazon türevlerinin moleküler yapılarının NMR spektroskopi tekniği ve DFT hesaplamalarıyla analizi ve seçilen proteinlerle moleküler kenetlenmelerinin incelenmesi

Analysis of the molecular structure of some thiosemicarbazone derivatives by NMR spectroscopy technique and DFT calculations and investigation of their molecular docking studies with the selected proteins

PDF İndir

  1. Tez No: 770616
  2. Yazar: ŞEHMUS GÜMÜŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ERCAN TÜRKKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisi (DFT), Lineer Regresyon Yöntemi (Ölçeklendirme Faktörü), Moleküler Kenetlenme (Docking), NMR Spektroskopisi, Tiyosemikarbazon Türevleri, Density Functional Theory (DFT), Linear Regression Method (Scaling Factor), Molecular Docking, NMR Spectroscopy, Thiosemicarbazone Derivatives
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 148

Özet

Bu tez çalışmasında, 2-hidroksi-5-metoksiasetofenon tiyosemikarbazon (HMAT), 2-hidroksi-5-metoksiasetofenon-N(4)-etil tiyosemikarbazon (HMAET), 2-hidroksi-5-metoksiasetefenon-N(4)-fenil tiyosemikarbazon (HMAPT), 4‟-Morfolinoasetofenon-4-fenil-3-tiyosemikarbazon (MAPPT) ve 4‟-Morfolinoasetofenon tiyosemikarbazon (MAPT) organik ligandların konformasyonel uzayları MMFF moleküler mekanik yöntemi ile taranmıştır. Bu tarama sonrasında her bir ligandın olası konformerlerinin geometri optimizasyonu hesaplamaları, Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisinde (DFT) B3LYP/6-311++G(d,p) seviyesinde yapılarak kararlı moleküler yapıları belirlenmiştir. İncelenen ligandların deneysel 1H ve 13C NMR spektrumları DMSO-d6 çözücüsü içerisinde oda sıcaklığında kaydedilmiştir. Bununla birlikte, incelenen ligandların 1H ve 13C teorik NMR kimyasal kayma değerleri, DFT‟de MPW1PW91/6-311+G(2d,p) seviyesinde yapılan hesaplamalar ve Lineer regresyon yöntemi (ölçeklendirme faktörü) hesaplamaları ile belirlenmiştir. Bu hesaplamalar sonucunda incelenen ligandların deneysel NMR spektrumları analiz edilmiştir. Bununla birlikte, incelenen tiyosemikarbazon türevi ligandların 1H ve 13C NMR kimyasal kayma değerlerinin teorik kuantum mekaniksel yöntemlerle ve lineer regresyon yöntemi ile hesaplanmasında kullanılabilecek parametreler belirlenmiştir. Ayrıca, incelenen ligandların Fosfolipaz A2 (PDB Kodu: 1DCY), İnsan P73 Tetramerizasyon Alanı (PDB Kodu: 2WTT), Sığır Serum Albümin (PDB Kodu: 4OR0), Topoizomeraz 2 (PDB Kodu: 5GWK) proteinleri ile teorik kenetlenme (docking) hesaplamaları yapılmış ve ilaç etken madde olma potansiyelleri araştırılmıştır. Bu hesaplamalar sonucunda, MAPPT ligandının 1DCY, 2WTT, 4OR0 ve 5GWK proteinleriyle sırasıyla -8.3, -6.9, -9.4 ve -9.1 kcal/mol bağlanma affinitesi değerlerinde iyi düzeyde kenetlenme pozu oluşturduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre, MAPPT ligandının ilaç etken madde olma potansiyeline sahip olduğu belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this thesis study, the conformational spaces of the 2-hydroxy-5-methoxyacetophenone thiosemicarbazone (HMAT), 2-hydroxy-5-methoxyacetophenone-N(4)-ethyl thiosemicarbazone (HMAET), 2-hydroxy-5-methoxyacetephenon-N(4)-phenyl thiosemicarbazone (HMAPT), 4‟-Morfolinoacetophenone-4-phenyl-3-thiosemicarbazone (MAPPT) and 4‟-Morfolinoacetophenone thiosemicarbazone (MAPT) organic ligands were scanned by MMFF molecular mechanics method. After this scanning, the geometry optimization calculations of the possible conformers of each ligand were performed in the Density Functional Theory (DFT) at the B3LYP/6-311++G(d,p) level and their stable molecular structures were determined. Experimental 1H and 13C NMR spectra of the investigated ligands were recorded in DMSO-d6 solvent at room temperature. In addition, the theoretical NMR chemical shift values of 1H and 13C of the investigated ligands were determined by the calculations performed at the MPW1PW91/6-311+G(2d,p) level in DFT and the linear regression method (scaling factor) calculations. As a result of these calculations, the experimental NMR spectra of the investigated ligands were analyzed. In addition, the parameters that can be used in the calculation of the 1H and 13C NMR chemical shift values of the investigated thiosemicarbazone derivative ligands by theoretical quantum mechanical methods and linear regression method were determined. In addition, theoretical docking calculations of the investigated ligands with Phospholipase A2 (PDB ID: 1DCY), Human p73 Tetramerization Domain (PDB ID: 2WTT), Bovine Serum Albumin (PDB ID: 4OR0), Topoisomerase 2 (PDB ID: 5GWK) proteins were performed and their potential as drug active substances were investigated. As a result of these calculations, it was determined that the MAPPT ligand formed a good docking pose with 1DCY, 2WTT, 4OR0 and 5GWK proteins at binding affinity values of -8.3, -6.9, -9.4 and -9.1 kcal/mol, respectively. According to these results, it has been determined that the MAPPT ligand has the potential to be an active drug substance.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    892309

    İlaç potansiyeli olan bazı tiyosemikarbazon metal komplekslerin ESR tekniğiyle incelenmesi ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi

    Investigation of some thiosemicarbazone metal complexes with drug potential by ESR technique and evaluation of their biological activities

    MESUT IŞIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYHAN ÖZMEN

  2. Tez No

    425757

    Bazı merkapto-1,2,4-triazoliletiltiyeno[2,3-d]pirimidin türevlerinin sentezlenmesi, yapılarının aydınlatılması ve Lepidium sativum L. tohumları üzerinde herbisit etkilerinin araştırılması

    Synthesis and characterization of some novel mercapto-1,2,4-triazolylethythieno[2,3-d]pyrimidine derivatives and investigation of their herbicide effects on the seeds of Lepidium sativum L.

    ÖZGE ERÖZDERİM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    KimyaMehmet Akif Ersoy Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL KAYAĞİL

  3. Tez No

    59093

    4-nitrobenzoik asid hidrazidinden türeyen 3,4,5- trisubstite -1,2,4-triazollerin, bazı metabolitlerinin sentezi ve spektral verileri

    Başlık çevirisi yok

    NİHAL YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Eczacılık ve FarmakolojiMarmara Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SEVİM ROLLAS

  4. Tez No

    351345

    Bazı 2-[(5-aril-1,3,4-tiyadiazol-2-il)imino]1,3-tiyazolidin-4-on türevlerinin sentezi ve yapılarının aydınlatılması

    Synthesis and characterization of some 2-[(5-aryl-1,3,4-thiadiazole-2-yl)imino]-1,3-thiazolidine-4-one derivatives

    GÖKHAN SATILMIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eczacılık ve FarmakolojiMarmara Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKAY KÜÇÜKGÜZEL

  5. Tez No

    873361

    Pirimidin halkasına sahip bazı tiyosemikarbazit ve hidrazon bileşiklerinin sentezi ve nöroprotektif etkinliklerinin incelenmesi

    Synthesis of some thiosemicarbazide and hydrazone compounds with pyrimidine ring and investigation of their neuroprotective activity

    DİLAY KAHVECİOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Eczacılık ve FarmakolojiMarmara Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEDİA KAYMAKÇIOĞLU

Geri Dön