Geri Dön

Meme kanserinin hormonal tedavisinde östrojen reseptör modülatörlerinin etkisinin kuantum mekanik hesaplamalar ve moleküler kenetleme kullanılarak incelenmesi

Investigation of the effect of estrogen receptor modulators on hormonal treatment of breast cancer using quantum mechanical calculations and molecular docking

PDF İndir

  1. Tez No: 658590
  2. Yazar: NURAY ÖZKARA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AHMET ATAÇ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Manisa Celal Bayar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

Bu tezde Seçici Östrojen Reseptör Modülatör (SERM) moleküllerinin reaktif doğaları kuantum mekanik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Kuantum mekanik hesaplamalar DFT/M06-2X seviyesinde Stuttgart/Dresden ECP (SDD) baz seti ile yapıldı. Hesaplanan özellikler Elektrostatik Potansiyel Yüzeyi (ESP), yük dağılımları, elektrofilik ve nükleofilik bölgeler, dipol moment, ortalama polarlık, polarlık anizotropisi, hiperpolarlık, sınır moleküler orbitaller arası geçişlerde elektron yoğunluğu değişim haritaları, elektronegativite, kimyasal sertlik ve yumuşaklıkları içermektedir. Yapı aktivite ilişkilerini (SAR) ortaya koyan FSP3, Topolojik polar yüzey alanları LogP ve LogS değerleri de hesaplandı. SERM'lerin Östrojen Reseptörü (ER-) ile moleküler kenetleme durumları modellenmiş ve kenetleme bölgesindeki etkileşimleri analiz edilmiştir. Er-'nın aktif ve inaktif formlarına östrojen ve SERM'lerin kenetlenme durumlarına bağlı olarak SERM'lerin agonist/antagonist karakterleri analiz edilmiştir. Hiyerarşik gruplama yöntemi kullanılarak etken maddeler reseptör ile bağlanma bölgesinde etkileşmelerindeki benzerliğe göre gruplanmıştır. Son olarak kantitatif yapı-aktivite ilişkileri (QSAR) kullanılarak SERM'lerin toksik özellikleri belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this thesis, the reactive nature of Selective Estrogen Receptor Modulator (SERM) molecules has been analyzed using quantum mechanical methods. Quantum mechanical calculations were performed at DFT / M06-2X level with Stuttgart / Dresden ECP (SDD) basis set. Calculated properties include Electrostatic Potential Surface (ESP), charge distributions, electrophilic and nucleophilic regions, dipole moment, average polarity, polarity anisotropy, hyperpolarizability, electron density difference maps at boundary molecular orbital transitions, electronegativity, chemical hardness, and softness. FSP3, Topological polar surface areas, LogP and LogS values, which reveal structure activity relationships (SAR), were also calculated. The molecular docking modes of SERMs with Estrogen Receptor (ER-) were modeled, and their interactions in the docking region were analyzed. The agonist/antagonist characteristics of SERMs were analyzed depending on the docking modes of estrogen and SERMs to the active and inactive forms of Er-. Using the hierarchical grouping method, active molecules were grouped according to the similarity in their interactions with the receptor in the binding site. Finally, using quantitative structure-activity relationships (QSAR), the toxic properties of SERMs were determined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    359526

    Meme kanserinde antiöstrojen ilaçların hipoksik koşullarda VEGF ekspresyonu üzerindeki etkileri

    Effect of antiestrogenic drugs on VEGF expression in breast cancer cell lines under hypoxi̇c condi̇ti̇ons

    MEHTAP ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyokimyaGazi Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BOLKAN ŞİMŞEK

  2. Tez No

    666295

    Farklı meme kanseri hücre hatlarının kemoterapi duyarlılıklarının karşılaştırılması ve potansiyel mekanizmaların araştırılması

    Comparison of chemotherapy sensitivity of different breast cancer cell lines and investigation of potantial mechanisms

    MERVE EROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    OnkolojiTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERCAN ÇAÇAN

  3. Tez No

    779455

    Tissue factor isoforms in cancer and blood coagulation

    Doku faktörü izoformlarının kanser ve kan pıhtılaşmasındaki yeri

    BEGÜM KOCATÜRK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiUniversiteit Leiden

    Dahiliye Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HENRI H. VERSTEEG

  4. Tez No

    716098

    Mediatör kompleksinin östrojen reseptörü-pozitif meme kanserinin tamoksifen direncindeki rolü

    The role of mediator complex in tamoxifen resistance of er-positive breast cancer

    PELİN GÜLİZAR ERSAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ONUR ÇİZMECİOĞLU

  5. Tez No

    192342

    MCF-7 ve NIH-3T3 hücrelerinde quercetin (3,3',4',5,7 pentohidroksiflavon)'in telomeraz enzim aktivitesi yönünden etkilerinin tamoksifen ile kontrollü olarak değerlendirilmesi

    Evalaution of effects of quercetin on telomerase activity compared by tamoxifen in MCF-7 and NIH-3T3 cell lines

    AYŞE AK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Tıbbi BiyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AYŞE BAŞARAN

Geri Dön