Meme kanserinin hormonal tedavisinde östrojen reseptör modülatörlerinin etkisinin kuantum mekanik hesaplamalar ve moleküler kenetleme kullanılarak incelenmesi
Investigation of the effect of estrogen receptor modulators on hormonal treatment of breast cancer using quantum mechanical calculations and molecular docking
- Tez No: 658590
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET ATAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Manisa Celal Bayar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Bu tezde Seçici Östrojen Reseptör Modülatör (SERM) moleküllerinin reaktif doğaları kuantum mekanik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Kuantum mekanik hesaplamalar DFT/M06-2X seviyesinde Stuttgart/Dresden ECP (SDD) baz seti ile yapıldı. Hesaplanan özellikler Elektrostatik Potansiyel Yüzeyi (ESP), yük dağılımları, elektrofilik ve nükleofilik bölgeler, dipol moment, ortalama polarlık, polarlık anizotropisi, hiperpolarlık, sınır moleküler orbitaller arası geçişlerde elektron yoğunluğu değişim haritaları, elektronegativite, kimyasal sertlik ve yumuşaklıkları içermektedir. Yapı aktivite ilişkilerini (SAR) ortaya koyan FSP3, Topolojik polar yüzey alanları LogP ve LogS değerleri de hesaplandı. SERM'lerin Östrojen Reseptörü (ER-) ile moleküler kenetleme durumları modellenmiş ve kenetleme bölgesindeki etkileşimleri analiz edilmiştir. Er-'nın aktif ve inaktif formlarına östrojen ve SERM'lerin kenetlenme durumlarına bağlı olarak SERM'lerin agonist/antagonist karakterleri analiz edilmiştir. Hiyerarşik gruplama yöntemi kullanılarak etken maddeler reseptör ile bağlanma bölgesinde etkileşmelerindeki benzerliğe göre gruplanmıştır. Son olarak kantitatif yapı-aktivite ilişkileri (QSAR) kullanılarak SERM'lerin toksik özellikleri belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the reactive nature of Selective Estrogen Receptor Modulator (SERM) molecules has been analyzed using quantum mechanical methods. Quantum mechanical calculations were performed at DFT / M06-2X level with Stuttgart / Dresden ECP (SDD) basis set. Calculated properties include Electrostatic Potential Surface (ESP), charge distributions, electrophilic and nucleophilic regions, dipole moment, average polarity, polarity anisotropy, hyperpolarizability, electron density difference maps at boundary molecular orbital transitions, electronegativity, chemical hardness, and softness. FSP3, Topological polar surface areas, LogP and LogS values, which reveal structure activity relationships (SAR), were also calculated. The molecular docking modes of SERMs with Estrogen Receptor (ER-) were modeled, and their interactions in the docking region were analyzed. The agonist/antagonist characteristics of SERMs were analyzed depending on the docking modes of estrogen and SERMs to the active and inactive forms of Er-. Using the hierarchical grouping method, active molecules were grouped according to the similarity in their interactions with the receptor in the binding site. Finally, using quantitative structure-activity relationships (QSAR), the toxic properties of SERMs were determined.
Benzer Tezler
- Meme kanserinde antiöstrojen ilaçların hipoksik koşullarda VEGF ekspresyonu üzerindeki etkileri
Effect of antiestrogenic drugs on VEGF expression in breast cancer cell lines under hypoxi̇c condi̇ti̇ons
MEHTAP ŞAHİN
- Farklı meme kanseri hücre hatlarının kemoterapi duyarlılıklarının karşılaştırılması ve potansiyel mekanizmaların araştırılması
Comparison of chemotherapy sensitivity of different breast cancer cell lines and investigation of potantial mechanisms
MERVE EROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
OnkolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ÇAÇAN
- Tissue factor isoforms in cancer and blood coagulation
Doku faktörü izoformlarının kanser ve kan pıhtılaşmasındaki yeri
BEGÜM KOCATÜRK
- Mediatör kompleksinin östrojen reseptörü-pozitif meme kanserinin tamoksifen direncindeki rolü
The role of mediator complex in tamoxifen resistance of er-positive breast cancer
PELİN GÜLİZAR ERSAN
Doktora
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ONUR ÇİZMECİOĞLU
- MCF-7 ve NIH-3T3 hücrelerinde quercetin (3,3',4',5,7 pentohidroksiflavon)'in telomeraz enzim aktivitesi yönünden etkilerinin tamoksifen ile kontrollü olarak değerlendirilmesi
Evalaution of effects of quercetin on telomerase activity compared by tamoxifen in MCF-7 and NIH-3T3 cell lines
AYŞE AK
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Tıbbi BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYŞE BAŞARAN