Geri Dön

Ürosepsis etkeni olan escherichia coli izolatlarının virülans genlerinin araştırılması

Investigation of virulence genes of escherichia coli isolates causing urosepsis

PDF İndir

  1. Tez No: 659717
  2. Yazar: EFDAL OKTAY GÜLTEKİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NURAN DELİALİOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 78

Özet

Ekstraintestinal patojenik Escherichia coli (ExPEC), tüm dünyada idrar yolu enfeksiyonlarının ve bakteriyeminin önemli bir nedenidir. Bu çalışmada ExPEC (kan ve idrar) ve sağlıklı gönüllülerin fekal örneklerinden izole edilen Escherichia coli izolatlarının virülans faktör genlerinin ve patojenite adalarının varlığının araştırılması, filogenetik gruplarının belirlenmesi ve elde edilen verilerin antibiyotik direnç durumu ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ocak 2016 ile Aralık 2017 arasında, Mersin Üniversitesi Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarı'nda 25 hastanın idrar ve kan örneklerinden izole edilen 50 Escherichia coli ve 50 adet dışkıdan izole edilen 50 Escherichia coli çalışmaya dahil edildi. ExPEC izolatlarında bulunan virülans faktörler, filogenetik gruplar ve patojenite adaları multiplex PCR yöntemi ile belirlendi. Antimikrobiyal duyarlılık testi, Kirby bauer disk difüzyon yöntemi ile çalışıldı. Genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üretiminin tespiti için kombine disk yöntemi kullanıldı. ExPEC izolatlarında en sık saptanan virülans faktör geni traT (%80) ve diğer virülans faktörlerin dağılımı sırasıyla; iutA (%74.4), papG (%59.5), iroN (%25.5), hlyF (%23.4), ompT (%21.2), cfn1 (%14.8), iss (%12.7), fyuA (%12.7), pap C (%10.6) ve hlyA (%2.1) olarak tespit edilmiştir. ExPEC izolatlarında en yaygın bulunan patojenite adası IV536 (%46.5) ve diğer PAI dağılımı sırasıyla IICFT073 (%48.8), ICFT073 (%40) ve II536 (%8.8) olarak saptanmıştır. PAI I536, IJ96, IIJ96 markırları hiç bir izolatta tespit edilmemiştir. Ekstraintestinal patojenik E. coli izolatlarının 22'si B2 grubunda (%44), 13'ü D grubunda (%26), 11'i A grubunda (%22) ve 4'ü B1 grubunda (%8) saptanmıştır. Kommensal E. coli izolatlarının tümü filogenetik grup A'da olup sadece PAI IV536 tespit edilmiştir. ExPEC izolatlarının 21'i (%42) GSBL pozitif olup çoğunluğu B2 grubuna ait olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, ExPEC izolatlarının çoğunluğu filogenetik B2 grubunda olup %94'ünde virülans faktör geni tespit edilmiştir. En sık saptanan virülans faktör genleri TraT ve iutA'dır. Suşların çoğunluğunda PAI IV536 tespit edilmiştir. GSBL pozitif ExPEC izolatları ve filogenetik grup B2 arasında istatiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) are a significant cause of urinary tract infections and bacteremia around the world. In this study, it was aimed to investigate the presence of virulence factor genes and pathogenicity islands of ExPEC (blood and urine) and E. coli isolates isolated from fecal samples of healthy volunteers, to determine their phylogenetic groups and to compare the obtained data with antibiotic resistance status. Between January 2016 to December 2017 50 Escherichia coli, isolated from the urinary and blood specimens of 25 patients and 50 Escherichia coli isolated from 50 stools were included in the study. The presence of PAI markers and virulence factors, phylogenetic typing in ExPEC strains were determined by multiplex PCR. Antibiotic susceptibility testing was determined by the the Kirby bauer disk-diffusion method. Production of extended spectrum of beta lactamase (GSBLs) was detected by combination disk method. The most predominant virulence gene was traT (80%), followed by iut A (74.4%), papG (59.5%), iron (25.5%), hlyF (23.4%), ompT (21.2%), cfn1 (14.8%), iss (12.7%), fyuA (12.7%), pap C (10.6%), hlyA (2.1%). The most prevalent PAI marker was PAI IV536 (95.5%), followed by IICFT073 (48.8%), ICFT073 (44.4%), and II536 (8.8%). However the PAI I536, IJ96, IIJ96 markers were not detected in any isolates. Only PAI IV536 was detected in commensal E. coli isolates. All of the commensal E. coli isolates were found in phylogenetic group A. Of the extraintestinal pathogenic E. coli isolates, 22 were found in the B2 group (44%), 13 in the D group (26%), 11 in the A group (22%) and 4 in the B1 group (8%). Twenty-one (42%) of the ExPEC isolates were GSBL positive and most of them were found to belong to the B2 group. In conclusion, most of the ExPEC isolates are in the phylogenetic B2 group and the virulence factor gene was detected in 94%. The most common virulence factor genes are traT (serum resistance genes) and iutA (siderophore). PAI IV536 was detected in the majority of strains. As a result, a statistically significant relationship was found between phylogenetic group B2 and the virulence genes and PAI markers investigated (P

Benzer Tezler

  1. Tez No

    460155

    Transrektal prostat iğne biyopsisi yapılan olgularda rektal florada siprofloksasin dirençli ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten enterobacteriaceae ile kolonizasyon ve işlem sonrası gelişen enfektif komplikasyonların değerlendirilmesi

    Evaluation of infectious complications following transrectal ultrasound-guided prostate biopsy and colonisation of cases wi̇th ciprofloxacin resistant and extended spectrum beta lactamase producing enterobacteriaceae

    NESİBE KORKMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN YUNUS GÜRBÜZ

  2. Tez No

    875845

    Isolation and identification of pathogenic microorganism causing urinary tract infections and its relationship with interleukin-6 level and antibiotic resistance in Kirkuk province

    Kerkük ilinde idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan patojenik mikroorganizmaların izolasyonu, tanımlanması ve bunun interlökın-6 düzeyi ve antibiyotik direnci ile ilişkisi

    ALI MOHAMMED ALI TAQI TAQI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİ ORKUN AKGÜN

  3. Tez No

    665639

    Çocuklarda idrar yolu enfeksiyonuna neden olan klebsiella pneumonia'nın invitro antibiyotik duyarlılık durumunun yıllara göre değişimi: Tek merkez deneyimi

    The change in the invitro antibiotic susceptibility pattern of klebsiella pneumoniae causing urinary tract infection in children by following years: A single center experience

    HARUN YILDIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI ÇELEBİ TAYFUR

  4. Tez No

    681971

    Üçüncü basamağa başvuran çocuk hastalarda idrar kültürü bulguları ile akut faz belirteçleri arasında anlamlı bir ilişki var mıdır?

    Is there a relationship between urine culture findings and acute phase markers in pediatric patients referring to third level?

    GÖZDE GÖKTEN KALKANLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Aile HekimliğiTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NAGİHAN YILDIZ ÇELTEK

  5. Tez No

    487010

    Üriner sistem taş hastalarında çoklu ilaca dirençli enfeksiyon oranları

    Multiple drug resistant microbia growth rates in urinary system stone patients

    ERBAY TÜMER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ÜrolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN YALÇIN KAYA EVLİYAOĞLU

Geri Dön