CRISPR/cas9 sistemi ile bcr/abl gen füzyonunun in vitro kalitatif analizi
In vitro qualitative analysis of BCR/ABL gene fusion with crispr/CAS9 system
- Tez No: 663481
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YUNUS KASIM TERZİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Kronik miyeloid lösemi, CRISPR/ Cas9, mutasyon analizi, füzyon, Chronic myeloid leukemia, CRISPR/Cas9, mutation analysis, fusion
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Lösemi, kemik iliği tarafından üretilen beyaz kan hücrelerinin kanseridir. Lösemi akut ve kronik olmak üzere iki gruba ayrılır. Kronik miyeloid lösemi (KML) tüm yetişkin lösemilerin %15'ini oluşturur. Yirmikinci kromozom ile 9. kromozom arasındaki karşılıklı parça değiş tokuşu sonucunda yeni oluşan 22. kromozom Philadelphia kromozomu (Ph) olarak adlandırılır. İlk olarak 1960 yılında KML'li bir hastada tanımlanmıştır. BCR-ABL1 füzyon geni KML patogenezinde önemli rol oynayan tirozin kinaz aktivitesine sahip bir proteindir. Bu onkoproteinin ifadelenmesi, hücre sağ kalımını ve çoğalmasını arttıran sinyal yolağının daha alt basamaklarında yer alan sinyal proteinlerini aktive ederek hematopoetik progenitör hücreleri dönüştürür. Bu çalışmanın amacı BCR-ABL1 füzyon geni varlığını CRISPR/Cas9 sistemini kullanarak saptamaktır. Bu kapsamda BCR-ABL1 füzyon genine sahip iki KML hastasının komplementer DNA (cDNA)'sı, polimeraz zincir tepkimesi (PZR) yöntemi ile çoğaltıldı. Füzyon bölgesini saptamak amacıyla Sanger dizileme yapıldı ve BCR-ABL1 füzyon bölgesinin dizisi çıkarıldı. Bu çalışmada, hastalardan birinden elde edilen BCR-ABL1 füzyon genini hedefleyen kılavuz RNA dizayn edildi. Cas9 endonükleaz ve kılavuz RNA birlikte kullanılarak laboratuvar ortamında BCR-ABL1 füzyon bölgesinin belirlenip, kesim yapılması sağlandı. Yapılan tez çalışması sonucunda elde edilen verilere göre, füzyon dizisi tanıma hassasiyeti %2 olarak tespit edildi. Bu yöntem CRISPR/Cas9 yönteminin sadece genom düzenleme için değil aynı zamanda translokasyon tipi mutasyonlarının da tespit edilmesi amacıyla kullanılabileceğini göstermektedir. İleride yapılacak çalışmalarda testin hassasiyeti ve aynı anda tanıyabileceği füzyon noktalarının sayısının arttırabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
Leukemia is a cancer of white blood cells produced by the bone marrow. Leukemia is divided into two main groups: acute and chronic. Chronic myeloid leukemia (CML) accounts for 15% of adult leukemia. The Philadelphia chromosome (Ph), was first described in a patient with CML in 1960, had a reciprocal translocation between the proto-oncogene tyrosine-protein kinase (ABL1) gene on chromosome 9 to the breakpoint cluster region (BCR) gene on chromosome 22. The product of the BCR-ABL1 fusion gene is a protein with tyrosine kinase activity that plays an important role in the pathogenesis of CML. The characteristic expression of this oncoprotein transforms hematopoietic progenitor cells by activating downstream signaling cascades that increase cell survival and proliferation. This study aims to detect patients who have a BCR-ABL1 fusion gene with the CRISPR / Cas9 system. For this reason, two patients' cDNAs who have the BCR-ABL1 fusion gene is amplified by polymerase chain reaction (PCR). Sanger sequencing was performed to detect the fusion region and its' sequence. In this study, A guide RNA was designed for targeting the BCR-ABL1 fusion region of a patient's cDNA. The fusion region detection sensitivity is calculated as 2%. The CRISPR / Cas9 method can be used not only for genome editing but also to detect translocation type gene rearrangement. In future studies, it is predicted that the sensitivity of the test and the number of fusion regions that can be detected at the same time might be increased.
Benzer Tezler
- Kronik miyeloid lösemide CRISPR/CAS9 aracılı yeni nesil gen tedavisi
A new generation gene treatment of chronic myeloid leukemia through the mediation of CRISPR/cas9
MAKBULE NİHAN SOMUNCU
Doktora
Türkçe
2020
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM
- CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak solanum lycopersıcum'da yağ asidi sentez yolağında yer alan genlerin susturulması
Silencing of genes involved in fatty acid synthesis pathway in solanum lycopersicum using CRISPR/Cas9 system
SİBEL BAHADIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- KCNQ1 geni CRISPR/CAS9 sistemi ile düzenlenmiş insan uyarılmış pluripotent kök hücre kaynaklı kardiyomiyositlerin karakterizasyonu
Characterization of crispr/CAS9 edited kcnq1 gene variants in human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes
TUĞCE TORUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Genetikİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA ÇAĞAVİ
- Generation of CHST6 zebrafish mutants via CRISPR/CAS9 system, and phenotypic analysis of mutants
Zebrabalığı CHST6 geni mutantının CRISPR/CAS9 sistemi ile oluşturulması ve mutantların fenotipik analizi
MERVE BAŞOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
ÖĞR. GÖR. GÜLÇİN ÇAKAN AKDOĞAN
- Kolorektal karsinogenezde rol oynayan tümör baskılayıcı genlerin CRISPR/Cas9 sistemi ile susturulması
Silencing of tumor suppressor genes which are playing role in colorectal carcinogenesis by CRISPR/Cas9 system
ÖZGE ATCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiGazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KANUNİ BARBAROS BALABANLI
DOÇ. DR. AYTEKİN AKYOL