Geri Dön

Lupeol, lupenone ve türevlerinin Alzheimer hastalığında beta secretase 1 (BACE 1) inhibitör aktivitelerinin hesaplamalı kimya yöntemi ile incelenmesi

Investigation of beta secretase 1 (BACE 1) inhibitor activities of lupeol, lupenone and derivatives in Alzheimer's disease by computational chemistry method

  1. Tez No: 676387
  2. Yazar: ARZU DALYANCI
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Son yıllarda, tüm dünyada yaşlı nüfusun artmasıyla Alzheimer hastalığının da görülme sıklığı artmıştır. Alzheimer hastalığı birden fazla sistemin anormalliği ve bozukluğu ile ilgilidir, patogenezi karmaşıktır bu yüzden Alzheimer'ı önlemek ve tedavi etmek için şu an kullanılan ideal bir ilaç yoktur. Alzheimer ile ilgili birçok çalışma devam etmektedir. Bu tezde, Alzheimer hastalığına sebep olan BACE 1 enzimi inhibisyonu üzerinde çalışılmıştır. Öncelikle, Lupeol ve Lupenone bileşiklerinin konformeleri ve geometrik optimizasyonları Spartan'16 yazılımı ile yapılmıştır. Daha sonra, bu bileşiklerden Lupeol'ün bağlanma bölgelerine, fonksiyonel gruplar bağlanarak 32 tane türevi elde edilmiştir. Aynı şekilde, Lupenone bileşiğinin de bağlanma bölgelerine, fonksiyonel gruplar bağlanarak 12 tane türevi elde edilmiştir. Bu türev bileşiklerinin konforme analizleri ve geometrik optimizasyonları Spartan' 16 Yazılımı ile yapılmıştır. Protein Data Bankasından alınan BACE 1 enzimine ait 2WJO proteini kullanılarak, Autodock ve Autodock Vina Yazılımları ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. Discovery Studio Visualer yazılımında ise görselleştirmeler yapılmıştır. Kenetlenme sonucunda, afiniteleri yüksek olan ve hidrojen bağları gerçekleştiren moleküller elde edilmiştir. Elde edilen docking çalışmaları ve aminoasit ligand etkileşimleri ile Bace 1 enzimi için daha iyi bağlanma enerjisine sahip olabilecek yedi adet lupeol türevi ve 3 adet lupenone türevi olan aday molekül bulunmuştur. Konu ile ilgili gelecekteki daha ileri çalışmalarda, bu moleküllerin deneysel olarak incelenmesi önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

In recent years, the incidence of Alzheimer's disease has increased with the increase in the elderly population all over the world. Alzheimer's disease is related to the abnormality and disorder of multiple systems, its pathogenesis is complex, so there is currently no ideal drug used to prevent and treat Alzheimer's. Many studies on Alzheimer's are ongoing. In this thesis, inhibition of BACE 1 enzyme, which causes Alzheimer's disease, was studied. First of all, conformations and geometric optimizations of Lupeol and Lupenone compounds were done with Spartan'16 software. Later, 32 derivatives of these compounds were obtained by attaching functional groups to the binding sites of Lupeol. Likewise, 12 derivatives of the Lupenone compound were obtained by attaching functional groups to the binding sites. The conformation analyses and geometric optimizations of these derivative compounds were performed with Spartan' 16 Software. Molecular coupling study was performed with Autodock and Autodock Vina Softwares using 2WJO protein belonging to BACE 1 enzyme obtained from Protein Data Bank. Visualizations were made in Discovery Studio Visualer software. As a result of docking, molecules with high affinity and hydrogen bonding were obtained. With the obtained docking studies and amino acid ligand interactions, seven lupeol derivatives and 3 lupenone derivatives candidate molecules were found that may have better binding energy for Bace 1 enzyme. Experimental examination of these molecules is recommended in future studies on the subject.

Benzer Tezler

  1. Salvia chrysophylla ve salvia trichoclada bitkilerindeki sekonder metabolitlerin izolasyonu, yari sentetik türevlerinin eldesi, antioksidan ve antikolinesteraz aktivitelerinin incelenmesi

    Isolation of secondary metabolites of salvia chrysophylla stapf and salvia trichoclada bentham plants, preparation of semi-synthetic derivatives and investigation of their antioxidant and anticholinesterase activities

    BURCU ÇULHAOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAÇTI TOPÇU

  2. Scorzonera veratrifolia Fenzl köklerinin petrol eteri ekstresi üzerinde araştırmalar

    Research on petroleum ether extract of the roots of Scorzonera veratrifolia Fenzl

    BETÜL ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmakognozi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYNUR SARI

  3. Labiatae familyasına özgü bazı sekonder metabolitlerin GC-MS ile miktarsal tayini, metot validasyonu ve kemometrik analizi

    Quantification, method validation and chemometric analysis of some secondary metabolites specific to the Labiatae family by GC-MS

    DERYA BAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    KimyaDicle Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULSELAM ERTAŞ

    DOÇ. DR. İSMAİL YENER

  4. Lupeol'un erkek sıçanlarda akut egzersize bağlı oksidatif stres üzerine koruyucu etkileri

    Protective effects of Lupeol on acute exercise-related oxidative stress in male rat

    EMRAH ÖZDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Sağlık EğitimiDüzce Üniversitesi

    Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKKI ÇOKNAZ

  5. Pestisitlerin oluşturduğu oksidatif karaciğer hasarına karşı lupeolün rolü

    The role of lupeol against pesticides induced oxidative liver damage

    MELİS ÇÖREMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAL ÖMÜR BULAN