Lupeol, lupenone ve türevlerinin Alzheimer hastalığında beta secretase 1 (BACE 1) inhibitör aktivitelerinin hesaplamalı kimya yöntemi ile incelenmesi
Investigation of beta secretase 1 (BACE 1) inhibitor activities of lupeol, lupenone and derivatives in Alzheimer's disease by computational chemistry method
- Tez No: 676387
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Son yıllarda, tüm dünyada yaşlı nüfusun artmasıyla Alzheimer hastalığının da görülme sıklığı artmıştır. Alzheimer hastalığı birden fazla sistemin anormalliği ve bozukluğu ile ilgilidir, patogenezi karmaşıktır bu yüzden Alzheimer'ı önlemek ve tedavi etmek için şu an kullanılan ideal bir ilaç yoktur. Alzheimer ile ilgili birçok çalışma devam etmektedir. Bu tezde, Alzheimer hastalığına sebep olan BACE 1 enzimi inhibisyonu üzerinde çalışılmıştır. Öncelikle, Lupeol ve Lupenone bileşiklerinin konformeleri ve geometrik optimizasyonları Spartan'16 yazılımı ile yapılmıştır. Daha sonra, bu bileşiklerden Lupeol'ün bağlanma bölgelerine, fonksiyonel gruplar bağlanarak 32 tane türevi elde edilmiştir. Aynı şekilde, Lupenone bileşiğinin de bağlanma bölgelerine, fonksiyonel gruplar bağlanarak 12 tane türevi elde edilmiştir. Bu türev bileşiklerinin konforme analizleri ve geometrik optimizasyonları Spartan' 16 Yazılımı ile yapılmıştır. Protein Data Bankasından alınan BACE 1 enzimine ait 2WJO proteini kullanılarak, Autodock ve Autodock Vina Yazılımları ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. Discovery Studio Visualer yazılımında ise görselleştirmeler yapılmıştır. Kenetlenme sonucunda, afiniteleri yüksek olan ve hidrojen bağları gerçekleştiren moleküller elde edilmiştir. Elde edilen docking çalışmaları ve aminoasit ligand etkileşimleri ile Bace 1 enzimi için daha iyi bağlanma enerjisine sahip olabilecek yedi adet lupeol türevi ve 3 adet lupenone türevi olan aday molekül bulunmuştur. Konu ile ilgili gelecekteki daha ileri çalışmalarda, bu moleküllerin deneysel olarak incelenmesi önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
In recent years, the incidence of Alzheimer's disease has increased with the increase in the elderly population all over the world. Alzheimer's disease is related to the abnormality and disorder of multiple systems, its pathogenesis is complex, so there is currently no ideal drug used to prevent and treat Alzheimer's. Many studies on Alzheimer's are ongoing. In this thesis, inhibition of BACE 1 enzyme, which causes Alzheimer's disease, was studied. First of all, conformations and geometric optimizations of Lupeol and Lupenone compounds were done with Spartan'16 software. Later, 32 derivatives of these compounds were obtained by attaching functional groups to the binding sites of Lupeol. Likewise, 12 derivatives of the Lupenone compound were obtained by attaching functional groups to the binding sites. The conformation analyses and geometric optimizations of these derivative compounds were performed with Spartan' 16 Software. Molecular coupling study was performed with Autodock and Autodock Vina Softwares using 2WJO protein belonging to BACE 1 enzyme obtained from Protein Data Bank. Visualizations were made in Discovery Studio Visualer software. As a result of docking, molecules with high affinity and hydrogen bonding were obtained. With the obtained docking studies and amino acid ligand interactions, seven lupeol derivatives and 3 lupenone derivatives candidate molecules were found that may have better binding energy for Bace 1 enzyme. Experimental examination of these molecules is recommended in future studies on the subject.
Benzer Tezler
- Salvia chrysophylla ve salvia trichoclada bitkilerindeki sekonder metabolitlerin izolasyonu, yari sentetik türevlerinin eldesi, antioksidan ve antikolinesteraz aktivitelerinin incelenmesi
Isolation of secondary metabolites of salvia chrysophylla stapf and salvia trichoclada bentham plants, preparation of semi-synthetic derivatives and investigation of their antioxidant and anticholinesterase activities
BURCU ÇULHAOĞLU
- Scorzonera veratrifolia Fenzl köklerinin petrol eteri ekstresi üzerinde araştırmalar
Research on petroleum ether extract of the roots of Scorzonera veratrifolia Fenzl
BETÜL ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYNUR SARI
- Labiatae familyasına özgü bazı sekonder metabolitlerin GC-MS ile miktarsal tayini, metot validasyonu ve kemometrik analizi
Quantification, method validation and chemometric analysis of some secondary metabolites specific to the Labiatae family by GC-MS
DERYA BAKIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
KimyaDicle ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULSELAM ERTAŞ
DOÇ. DR. İSMAİL YENER
- Lupeol'un erkek sıçanlarda akut egzersize bağlı oksidatif stres üzerine koruyucu etkileri
Protective effects of Lupeol on acute exercise-related oxidative stress in male rat
EMRAH ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2023
Sağlık EğitimiDüzce ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKKI ÇOKNAZ
- Pestisitlerin oluşturduğu oksidatif karaciğer hasarına karşı lupeolün rolü
The role of lupeol against pesticides induced oxidative liver damage
MELİS ÇÖREMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL ÖMÜR BULAN