Parkinson hastalığında protein-protein etkileşim temelli ilaç yeniden konumlandırma yaklaşımlarıyla yeni ilaç hedefi adaylarının belirlenmesi
Identification of novel drug targets for Parkinson's disease by protein-protein interaction based drug repositioning approaches
- Tez No: 678203
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Nöroloji, Biyoistatistik, Neurology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Parkinson hastalığı, Proteinler, Sistem biyolojisi, Transkriptomlar, İlaç hedefleme, İlaçlar, Parkinson disease, Proteins, Systems biology, Transcriptomics, Drug targeting, Drugs
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoinformatik Sistemler Biyolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Parkinson hastalığı (PH), son yıllarda önemi giderek artan bir nörodejeneratif hastalıktır. Özellikle 60 yaş ve üstü popülasyonda görülme oranı % 1 olup, multifaktöriyel bir hastalık olması nedeniyle kesin tedavisinin olmaması bu alandaki önemini artırmıştır. Bu amaçla PH'de önemli bir faktör olan cinsiyetin hücresel düzeyde etkileri araştırılmıştır. Çünkü erkeklerin görülme sıklığı kadınlara göre 1,6-3 kat arasında değişmekte ve semptomları arasında önemli farklılıklar bulunmaktadır. Hücresel etkilerin belirlenmesinde Protein-Protein Etkileşimi (PPE) tabanlı yaklaşımlar kullanılmıştır. Ayrıca bu alanda kullanılan standart insan PPE ağı yerine, bu çalışma kapsamında oluşturulan bölgeye özgü bölmeli PPE ağı kullanılmıştır. Bu yeni ağ yaklaşımıyla, hastalık ve hücre için daha gerçekçi PPE ağlarıyla ifade edilmiştir. Tez çalışamsında kullanılan transkriptom verileri halka açık transkriptom veritabanlarından indirilmiş olup erkek ve dişi bireylerin farklı beyin bölgelerini ve kontrol-PH koşullarını içeren verilerdir. Cinsiyet ve PH'nin etkilerini birlikte analiz etmek için ANOVA karşılaştırma testi kullanılmıştır. Kernel Diffusion Ranking (KDR), Correlation Diffusion Ranking (CDR) gibi yöntemlerle ile ağlar skorlanmış ve KeyPathwayMiner (KPM) algoritması ile hastalıkla ilişkili subnetworkler elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda cinsiyet faktörünün hücresel PPE ağ düzeyindeki etkileri gösterilmiştir. Çalışma kapsamında ortaya konulan transkriptom ve protein-protein etkileşim ağlarının bütünleştirici analizine dayanan hesaplamalı yaklaşım, literatüre yeni bir bakış açısı sunma potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Parkinson's disease (PD) is a neurodegenerative disease of increasing importance in recent years. Its incidence rate is 1% especially in the population aged 60 and over, and because it is a multifactorial disease, the lack of a definitive treatment has increased its importance in this area. The incidence of PD among men varies between 1.6-3 times compared to women, and there are significant differences between their symptoms. Therefore, the effect of gender was investigated in this thesis study at the cellular level. Protein-Protein Interaction (PPI) -based approaches were used to determine cellular effects. In addition, instead of the standard human PPI network used in this field, the region-specific compartmented PPI network created within the scope of this study was used. With this new network approach, more realistic PPI networks for disease and cell have been created. Transcriptome data used in the analysis were downloaded from public databases, and the data include different brain regions and control-PD conditions of male and female individuals. ANOVA comparison test was used to analyze the effects of Gender and PD together. Networks were scored with methods such as Kernel Diffusion Ranking (KDR) and Correlation Diffusion Ranking (CDR), and disease-related subnetwork was obtained with the KeyPathwayMiner (KPM) algorithm. In line with the results obtained, the effects of the gender factor at the cellular PPI network level have been shown. The computational approach introduced within the scope of the study that is based on integrative analysis of transcriptome and protein-protein interaction networks has a high potential to offer a new perspective to the literature.
Benzer Tezler
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Parkinson hastalığına yönelik bitki tabanlı ilaç adaylarının hesaplamalı yöntemlerle analizi
Analysis of plant-based drug candidates for Parkinson's disease using computational methods
EMRE AKTAŞ
Doktora
Türkçe
2026
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- In Vitro Parkinson hastaliği modelinde herpes simpleks glikoprotein b'nin nekroptozis yolaği üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of herpes simplex glycoprotein b on the necroptosis pathway in In Vitro Parkinson's disease model
BERFU ŞURA GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Farmasötik ToksikolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLFET PINAR ERKEKOĞLU
- Genome-scale metabolic modeling of Drosophila melanogaster to unlock Parkinson's disease-related metabolic processes
Parkinson hastalığıyla ilişkili metabolik süreçlerin aydınlatılması için Drosophila melanogaster'ın genom ölçekli metabolik modellenmesi
MÜBERRA FATMA CESUR
Doktora
İngilizce
2024
Tıbbi BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
PROF. DR. KİRAN RAOSAHEB PATİL
- Parkinson hastalığında nöronal-lipit profili değişimi
Başlık çevirisi yok
ELİF KADIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL