Structural dynamics of wild type and mutant forms of CLIC4 and ezrin
CLIC4 ve ezrinin yabanıl ve mutant formlarının yapısal dinamikleri
- Tez No: 679207
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Hücre bölünmesi genomik bütünlüğü, hücre büyümesini, üremeyi ve yenilenmeyi sürdürmek için tüm canlılarda sürekli olarak meydana gelen yaşamın içindeki son derece hayati bir süreçtir. Yaşlı, hasarlı veya ölü olanları yeni oluşan sağlıklı yavru hücreler ile değiştirerek hücrelerin hayatta kalmasını sağlar. Bu nedenle, çeşitli hücresel protein türleri bölünmenin başarılı bir şekilde tamamlanmasını sağlamak için bu süreçte rol oynar. Sitokinez sırasında sitoplazmik bölünmenin tamamlanması için ezrin ile Chloride Intracellular Channel 4 (CLIC4) proteinin plazma zarındaki etkileşiminin gerekli olduğu gösterilmiştir. Ortak lokalizasyonları plazma zarını ve aktin hücre iskeletini bölünme oluğuna ve orta gövdeye sabitleyerek kortikal stabilite sağlar. CLIC4'ün bölünme oluğuna ve orta gövdeye başarılı bir şekilde translokasyonu korunmuş kalıntıları olan Cys35 and Phe37'ye ihtiyaç duyar. Bu iki kalıntı sırasıyla C35A ve F37D'ye mutasyona uğratıldığında, CLIC4'ün mitotic hücre yüzeyine ve bölünme oluğuna lokalizasyonu ortadan kalkar. Ayrıca, CLIC4 ile etkileşime geçmek için ezrin'in etkinleştirilmesi gerekidir. İlk olarak fosfatidilinositol-(4,5)-bifosfata (PIP2) bağlanmalı ve daha sonra karboksil ucundaki korunmuş kalıntısı treoninden (Thr567) fosforile edilmelidir. Ancak, ezrin ve CLIC4 arasındaki karşılıklı etkileşim hala tam olarak anlaşılamamıştır. Ayrıca, CLIC4'ün korunmuş kalıntısı Cys35'teki veya ezrin'in fosforilasyon bölgesindeki bir mutasyonun yapılarını nasıl değiştirdiği açık değildir. Bu etkileşimin kanser tedavisinde önemli bir rolü olabileceğinden, bu çalışma, bu iki proteinin yapısal bilgilerinin ardındaki gizemi ortaya çıkarmayı amaçlamıştır. CLIC4 ve ezrin proteinlerinin yabanıl yapıları önceden belirlenmiş olmasına rağmen, mutant formlarının, CLIC4 C35A and ezrin T567D, yapıları mevcut değildir. Bu nedenle, bu çalışma CLIC4 ve ezrin'in yabanıl ve mutant formlarının karşılıklı etkileşimleri ile yapısal dinamiklerini analiz etmek için motive edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Cell division is an extremely vital process in life that occurs continuously within all living beings to maintain genomic integrity, cell growth, reproduction and regeneration. It enables the cells to survive by replacing old, damaged, or dead ones with newly formed healthy daughter cells. Therefore, various types of cellular proteins have a role in this process to ensure to complete the division successfully. It has been demonstrated that during cytokinesis, the interaction of ezrin with Chloride Intracellular Channel 4 (CLIC4) protein at the plasma membrane is required for the completion of cytoplasmic division. Their co-localization anchors the plasma membrane and actin cytoskeleton at the cleavage furrow and the midbody providing cortical stability. The successful translocation of CLIC4 to the cleavage furrow and the midbody requires its conserved residues Cys35 and Phe37. When these two residues are mutated to C35A and F37D, respectively, the localization of CLIC4 to the mitotic cell surface and cleavage furrow is abolished. Moreover, ezrin needs to be activated to interact with CLIC4. First, it should bind to phosphatidylinositol-(4,5)-biphosphate (PIP2) and then be phosphorylated from its conserved residue threonine (Thr567) at the carboxyl terminus. However, the mutual interaction between ezrin and CLIC4 is still not well understood. Also, it is not clear how a mutation at the conserved residue Cys35 of CLIC4 or at the phosphorylation site of ezrin changes their structures. Since this interaction might have an important role in cancer therapy, this study aimed at unveiling the mystery behind structural information of these two proteins. Although the wild type structures of CLIC4 and ezrin proteins were previously determined, the structures of their mutant forms, CLIC4 C35A and ezrin T567D, are not available. Thus, this study has been motivated to analyze the structural dynamics of wild type and mutant forms of CLIC4 and ezrin with their mutual interaction.
Benzer Tezler
- Investigation of structural differences between wild-type and mutant forms of mutsα by molecular dynamics simulations
Mutsα heterodimerinin yabanıl tip ve mutant formları arasındaki yapısal farklılıklarının moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
CLARA XAZAL BURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
- Structural studies of wild-type and Val120Thr mutant candida boidinii formate dehydrogenase
Yabanıl tip ve Val120Thr mutant candida boidinii format dehidrojenazın yapısal çalışmaları
MEHMET GÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
- A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view
K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı
SEZEN VATANSEVER
Doktora
İngilizce
2017
BiyofizikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Pharmacological chaperone search for arylsulfatase a enzyme (arsa) and characterization of two novel mutations
Arilsülfataz a enzimi için farmakolojik şaperon arama ve iki özgün mutasyonun nitelendirilmesi
AYŞE EREN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- Structural dynamics studies of wild-type and mutant candida boidinii nad+-dependent formate dehydrogenase
Yabanıl-tip ve mutant candida boidinii nad+-bağımlı formate dehydrogenase enziminin yapısal dinamik çalışmaları
BÜŞRA YÜKSEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ