Geri Dön

In silico analysis of the food allergy-related pathways and the potential role of dietary miRNAs

Gıda alerjisine bağlı yokların in siliko yöntemler ile analizi ve gıdadan tüketilmiş miRNA'ların potensiyel etkisi

  1. Tez No: 680363
  2. Yazar: ASUMAN İNAN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Allerji ve İmmünoloji, Allergy and Immunology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 69

Özet

Food allergy is developed as a reaction of the immune system to certain allergens affecting ~5% of adults and ~8% of children, and the severity of the immune response ranges from mild (i.e. brief itching) to life-threatening (i.e. anaphylaxis). Food allergens that are reported to cause major burden in allergic individuals can be consumed in a regular diet such as peanut, egg, milk, soy, wheat and fish. Such an easy access to common food allergens signifies the importance of understanding patient's food allergy profile. Despite the research efforts worldwide, the World Allergy Organization (WAO) announced that, as of 2019, there is no active treatment against food allergy. Therefore, the patients are utterly encouraged to avoid any possible exposure to the allergen(s). In addition, it has been shown that food allergy is becoming more prevalent in the Western and developing populations for the last ~20 years, which shows a need for better diagnosis and prevention. In our study, we investigated the possible role of dietary miRNAs in food allergy in multiple ways by performing protein activity enrichment analysis and miRNA-target prediction. Initially, we obtained mixed or contradictory pathway enrichment results via traditional Gene Ontology and Gene Set Enrichment Analysis. By employing VIPER statistical method, we were able to account for individual contribution of genes on the development of food allergy. Candidate genes obtained in our in-silico analysis, can be potentially used for biomedical purposes after experimental validation.

Özet (Çeviri)

Besin alerjisi, yetişkinlerin ~%5'ini ve çocukların ~%8'ini etkileyen belirli alerjenlere karşı bağışıklık sisteminin bir tepkisi olarak geliştirilmiştir ve bağışıklık tepkisinin şiddeti hafif (yani kısa süreli kaşıntı) ile yaşamı tehdit edici (yani anafilaksi) arasında değişir. Alerjik bireylerde büyük yük oluşturduğu bildirilen gıda alerjenleri, fıstık, yumurta, süt, soya, buğday ve balıktan oluşan düzenli bir diyetle tüketilebilir. Yaygın gıda alerjenlerine bu kadar kolay erişim, hastanın gıda alerjisi profilini anlamanın önemini gösterir. Dünya Alerji Örgütü, dünya çapındaki araştırma çabalarına rağmen, 2019 yılı itibariyle gıda alerjisine karşı aktif bir tedavi bulunmadığını açıkladı. Bu nedenle, hastalar alerjenlere olası maruziyetten kaçınmaları için kesinlikle teşvik edilir. Buna ek olarak, gıda alerjisinin gelişmiş ve gelişmekte olan popülasyonlarda son ~20 yıldır daha yaygın hale geldiği ve bunun daha iyi bir teşhis ve önleme çağrısında bulunduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada, protein aktivitesi zenginleştirme analizi ve miRNA-hedef tahmini yaparak gıdadan tüketilmiş miRNA'larının gıda alerjisindeki olası rolünü çeşitli şekillerde araştırıldı. Başlangıçta, geleneksel Gen Ontolojisi ve Gen Kümesi Zenginleştirme Analizi yoluyla karışık veya çelişkili yol zenginleştirme sonuçları elde edilmesine rağmen, VIPER istatistiksel yöntemini kullanarak gıda alerjisinin gelişimine genlerin bireysel katkısı tahmin edildi. İn-siliko analizimizde elde edilen aday genler, deneysel doğrulamadan sonra potansiyel olarak biyomedikal amaçlar için kullanılabilir.

Benzer Tezler

  1. Soğuk preslenmiş fındık posalarından enzimatik hidrolizle oluşan peptitlerin biyoaktif özelliklerinin belirlenmesi ve gıda ürünlerinde uygulanması

    Determination of bioactive properties of peptides from cold pressed hazelnut meals by enzymatic hydrolysis and applications in food products

    AYŞE GÜLDEN GÖKSU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM GÜLSEREN

  2. Identification of bioactive and allergen proteins by in silico tools

    Biyoaktif ve alerjen proteinlerin in silico araçlarla tanımlanması

    CEYLAN TÜRKMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Allerji ve İmmünolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT ÇAVAŞ

  3. Fermente gıdalarda bakteriyosin çeşitliliğinin ve bakteriyosin varlığının mikrobiyota ile ilişkisinin in siliko analizi

    In silico analysis of bacteriocin diversity and the relationship between bacteriocin presence and microbiota in fermented foods

    NACİYE AFRANUR KANIBOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Gıda MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER ŞİMŞEK

  4. Kayısı tohum ve depo protein hidrolizatlarının antihipertansif ve antidiyabetik özelliklerinin in silico analizi

    In silico analysis of antihypertensive and antidiabetic properties of apricot seed and storage protein hydrolysates

    MEHMET ALİ YAFEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM GÜLSEREN

  5. Kadmiyum stresi altındaki pamuk bitkisinde (Gossypium hirsurum L.) ifadesi değişen mineral metabolizma genlerinin RNA-seq verisine dayalı in-silico analizi

    In-silico analysis of mineral metabolism genes with altered expression in cotton (Gossypium hirsutum L.) under cadmium stress based on RNA-seq data

    EZGİ ERÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikHaliç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS