In silico analysis of the food allergy-related pathways and the potential role of dietary miRNAs
Gıda alerjisine bağlı yokların in siliko yöntemler ile analizi ve gıdadan tüketilmiş miRNA'ların potensiyel etkisi
- Tez No: 680363
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Allergy and Immunology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Food allergy is developed as a reaction of the immune system to certain allergens affecting ~5% of adults and ~8% of children, and the severity of the immune response ranges from mild (i.e. brief itching) to life-threatening (i.e. anaphylaxis). Food allergens that are reported to cause major burden in allergic individuals can be consumed in a regular diet such as peanut, egg, milk, soy, wheat and fish. Such an easy access to common food allergens signifies the importance of understanding patient's food allergy profile. Despite the research efforts worldwide, the World Allergy Organization (WAO) announced that, as of 2019, there is no active treatment against food allergy. Therefore, the patients are utterly encouraged to avoid any possible exposure to the allergen(s). In addition, it has been shown that food allergy is becoming more prevalent in the Western and developing populations for the last ~20 years, which shows a need for better diagnosis and prevention. In our study, we investigated the possible role of dietary miRNAs in food allergy in multiple ways by performing protein activity enrichment analysis and miRNA-target prediction. Initially, we obtained mixed or contradictory pathway enrichment results via traditional Gene Ontology and Gene Set Enrichment Analysis. By employing VIPER statistical method, we were able to account for individual contribution of genes on the development of food allergy. Candidate genes obtained in our in-silico analysis, can be potentially used for biomedical purposes after experimental validation.
Özet (Çeviri)
Besin alerjisi, yetişkinlerin ~%5'ini ve çocukların ~%8'ini etkileyen belirli alerjenlere karşı bağışıklık sisteminin bir tepkisi olarak geliştirilmiştir ve bağışıklık tepkisinin şiddeti hafif (yani kısa süreli kaşıntı) ile yaşamı tehdit edici (yani anafilaksi) arasında değişir. Alerjik bireylerde büyük yük oluşturduğu bildirilen gıda alerjenleri, fıstık, yumurta, süt, soya, buğday ve balıktan oluşan düzenli bir diyetle tüketilebilir. Yaygın gıda alerjenlerine bu kadar kolay erişim, hastanın gıda alerjisi profilini anlamanın önemini gösterir. Dünya Alerji Örgütü, dünya çapındaki araştırma çabalarına rağmen, 2019 yılı itibariyle gıda alerjisine karşı aktif bir tedavi bulunmadığını açıkladı. Bu nedenle, hastalar alerjenlere olası maruziyetten kaçınmaları için kesinlikle teşvik edilir. Buna ek olarak, gıda alerjisinin gelişmiş ve gelişmekte olan popülasyonlarda son ~20 yıldır daha yaygın hale geldiği ve bunun daha iyi bir teşhis ve önleme çağrısında bulunduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada, protein aktivitesi zenginleştirme analizi ve miRNA-hedef tahmini yaparak gıdadan tüketilmiş miRNA'larının gıda alerjisindeki olası rolünü çeşitli şekillerde araştırıldı. Başlangıçta, geleneksel Gen Ontolojisi ve Gen Kümesi Zenginleştirme Analizi yoluyla karışık veya çelişkili yol zenginleştirme sonuçları elde edilmesine rağmen, VIPER istatistiksel yöntemini kullanarak gıda alerjisinin gelişimine genlerin bireysel katkısı tahmin edildi. İn-siliko analizimizde elde edilen aday genler, deneysel doğrulamadan sonra potansiyel olarak biyomedikal amaçlar için kullanılabilir.
Benzer Tezler
- Soğuk preslenmiş fındık posalarından enzimatik hidrolizle oluşan peptitlerin biyoaktif özelliklerinin belirlenmesi ve gıda ürünlerinde uygulanması
Determination of bioactive properties of peptides from cold pressed hazelnut meals by enzymatic hydrolysis and applications in food products
AYŞE GÜLDEN GÖKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM GÜLSEREN
- Identification of bioactive and allergen proteins by in silico tools
Biyoaktif ve alerjen proteinlerin in silico araçlarla tanımlanması
CEYLAN TÜRKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Allerji ve İmmünolojiDokuz Eylül ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT ÇAVAŞ
- Fermente gıdalarda bakteriyosin çeşitliliğinin ve bakteriyosin varlığının mikrobiyota ile ilişkisinin in siliko analizi
In silico analysis of bacteriocin diversity and the relationship between bacteriocin presence and microbiota in fermented foods
NACİYE AFRANUR KANIBOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER ŞİMŞEK
- Kayısı tohum ve depo protein hidrolizatlarının antihipertansif ve antidiyabetik özelliklerinin in silico analizi
In silico analysis of antihypertensive and antidiabetic properties of apricot seed and storage protein hydrolysates
MEHMET ALİ YAFEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM GÜLSEREN
- Kadmiyum stresi altındaki pamuk bitkisinde (Gossypium hirsurum L.) ifadesi değişen mineral metabolizma genlerinin RNA-seq verisine dayalı in-silico analizi
In-silico analysis of mineral metabolism genes with altered expression in cotton (Gossypium hirsutum L.) under cadmium stress based on RNA-seq data
EZGİ ERÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS