Geri Dön

Türkiye'de SARS-CoV-2'nin tüm genom dizileme

Whole genome sequencing of SARS-CoV-2 in Turkey

PDF İndir

  1. Tez No: 681228
  2. Yazar: NEJAT SIRAJ MOHAMMED
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

SARS CoV-2, hafif ila agresif solunum sistemi enfeksiyonlarından sorumlu olan RNA virüsüdür. Aralık 2019'dan günümüze kadar bu virüs yaklaşık 173 Milyon insanın morbiditesine ve 3.72 Milyon insanın mortalitesine neden oldu. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki hastalardan izole edilen viral suşların tüm genom dizilimini yapmaktadır. Sekanslama işlemi, Illumina Iseq 100'de PARAGON Cleanplex sekanslama paneli kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmamızda 72 örnekler sekanslanabildi ve toplam 84 mutasyon rapor edilmişti. En yaygın görülen nükleotid varyasyonu, genomun ORF1ab, S ve N bölgelerinde mevcuttu. Bu varyasyonlardan bazıları eşanlamlı olmayan amino asit mutasyonları ile sonuçlanmıştır. Çalışmamızda en sık görülen amino asit mutasyonlarından biri olan D614G çoğu örneklerde 14408C>T ve 3037C>T ile birlikte bulunmuştur. Bu birlikte var olan mutasyonlar son zamanlarda Avrupa'da en sık gözlenen varyantlardan birinin karakteristiği olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızdan elde edilen veriler, açıklanan mutasyonların ilaca dirençli viral fenotiplerin ortaya çıkmasına neden olup olmayacağını görmek için kullanılabilir. Bu mutasyonlar ayrıca virüsün patojenitesini, geçişini ve replikasyon oranını da etkileyebilir. Bu nedenle, mutasyonların kesin sonucunu analiz etmek ve virüsün devam eden evrimini izlemek için daha fazla değerlendirme yapılması önermektedir.

Özet (Çeviri)

SARS CoV-2 is the RNA virus responsible for mild to aggressive respiratory infections. From December 2019 to the present, the virus has caused the morbidity of about 173 million and the mortality of 3.74 miollion people worldwide. The aim of this study was to perform full genome sequencing of viral strains isolated from patients in Turkey. Sequencing was performed using the PARAGON Cleanplex sequencing panel in the Illumina Iseq 100. A total of 72 viral strains were sequenced and a total of 84 mutations were reported. The most common nucleotide variation was present in the ORF1ab, S, and N regions of the genome. Some of these variations have resulted in amino acid mutations that are not synonymous. In this study, one of the most commonly reported mutation was D614G. In many samples, this mutation was frequently found together with 14408C>T and 3037C>T. These co-existing mutations have recently been identified as characteristic of one of the most commonly observed variants in Europe. In conclusion, the data from this study could be used to see if the mutations described would lead to the emergence of drug-resistant viral phenotypes. These mutations can also affect the pathogenicity, transmission and replication rate of the virus. Therefore, more detailed research is recommended to assess the exact outcome of these mutations and monitor the ongoing evolution of the virus.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    776518

    Generation of plasmid-based eukaryotic model to investigate biology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and glycoproteins

    Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteinin ve glikoproteinlerinin biyolojisinin çalışılmasında plazmit temelli ökaryotik model oluşturulması

    NESİBE SELMA ÇETİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ

  2. Tez No

    894537

    Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients

    COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması

    FATMA ÖYKÜ ELASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Tez No

    759235

    Türk toplumunda SARS-CoV-2 ile enfekte hastalarda ACE gen polimorfizm ve düzey araştırması

    ACE gene polymorphism and level research in SARS-CoV-2 infected patients in Turkish society

    SEMA ÖZBEK BAYKARA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEL ORDU

    DOÇ. DR. SEMA ALAÇAM

  4. Tez No

    877591

    COVID-19'a karşı nötralizan ve anti-idiyotipik antikorların geliştirilmesi

    Development of neutralizing and anti-idiotypic antibodies against COVID-19

    GAMZE KILIÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiBursa Uludağ Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ELİF DEMİRKAN

    DOÇ. DR. FATIMA YÜCEL

  5. Tez No

    779923

    Covid-19'un KOBİ'ler üzerindeki etkisi (Covid-19 salgının ekonomi üzerindeki etkilerine yönelik işletme sahipleri üzerine araştırma: Batman ili örneği)

    Başlık çevirisi yok

    FATMA AKAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Ekonomiİstanbul Ticaret Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUSUF TUNA

Geri Dön