Studies of molecular dynamics simulations and binding free energy calculations on the aurora A / N-MYC complex towards elucidation of the roles of myc box 0 of N-MYC and the n-terminal lobe of aurora A in the binding event
Bağlanma olayında n-myc'in myc box 0 ve aurora a'nın n-terminal lobunun açıklanmasına yönelik aurora A / N-MYC kompleksi üzerinde moleküler dinamik simülasyonları ve bağlanma serbest enerji hesaplamaları
- Tez No: 681276
- Danışmanlar: DOÇ. EMEL TİMUÇİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyokimya, Biyoteknoloji, Biostatistics, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Bağlanma Olayında N-Myc'in Myc Box 0 ve Aurora A'nın N-Terminal Lobunun Açıklanmasına Yönelik Aurora A / N-Myc Kompleksi Üzerinde Moleküler Dinamik Simülasyonları ve Bağlanma Serbest Enerji Hesaplamaları Kısa süre önce elde edilen Aurora A/N-Myc kompleks yapısı (PDB No: 5G1X). kanser hücrelerinde yüksek ifade edilen N-Myc kararlılığını artıran bir kompleks olarak önce çıkmıştır. Bu kompleks partnerlerinden AurA'yı hedefleyen çok sayıda inhibitör mevcut olmasına rağmen, bu inhibitörlerin N-Myc amplifikasyonu ile karakterize edilen tümörler üzerinde sınırlı etkiye sahip oldukları görülmektedir. Bu durumun sebepleri arasında, AurA/N-Myc bağlanma yüzeyinin katalitik bölgeden farklı bir bölgede olması ve AurA aktivitesinin N-Myc ile etkileşmesinde herhangi bir rol üstlenmemesi sayılabilir. Bu nedenle, AurA/N-Myc bağlanma yüzeyini doğrudan hedefleyecek moleküllerin tasarlanması, tümör oluşumuna artıran N-Myc'nin yıkımını tetiklemek için orijinal bir stratejidir. 5G1X kompleksi, iki MYC kutu (MYC boxes (MB)) motifinden oluşmaktadır. Kristalizasyon deneyindeki yapı her iki motifi de içerse de, sadece MBI yapısına ait koordinatlar elde edilirken MB0, yapıda modellenmemiş olarak raporlanmıştır. Bu sebeple, AurA'nın bilinen ve hali hazırda kullanılan ligandlarla olan yapısal değişimlerin N-Myc bağlanmasına etkisini araştırdık. Bu çalışmada, 5G1X kompleksini, kristalize bir MB motifi ile kompleksin stabilitesini değerlendirmek için moleküler dinamik simülasyonları ile doğrudan analiz etmenin yanı sıra AurA'nın bilinen bir partneri olan TPX2 proteini ile olan interaksiyonunu da bu çalışmaya dahil ettik.
Özet (Çeviri)
The currently published Aurora A/N-Myc complex structure (PDB-ID: 5G1X) states that the complex formation enhances the stability of N-Myc in cancer types where it is highly expressed. As N-Myc overexpression is frequently found in particularly neuroblastoma, targeting to inhibit this complex may be a valid strategy to decrease N-Myc levels. Although AurA has many inhibitors, which currently have already been used in cancer treatment, these inhibitors have a limited effect on tumors characterized by N-Myc amplification. The main reason for that N-Myc binds to AurA between the activation segment and the C-terminal lobe, while all AurA inhibitors are targeted to the ATP binding pocket. Therefore, AurA activity is not essential for interaction with N-Myc. 5G1X complex consists of two MYC boxes (MB) motifs. Although the structure is contained two motifs in the crystallization experiment, only the coordinates of the MBI structure were obtained. Besides, MB0 was reported as unmodeled in the PDB. Therefore, to prevent this characteristic interaction, designing molecules that directly target the AurA/N-Myc binding surface is a unique and original strategy to trigger N-Myc degradation. We aim to investigate the effects of structural alterations of AurA with currently known small chemical inhibitors on N-Myc binding. Therefore, MD simulations of all studied complexes were generated through 500ns. In this study, we also conclude that the interaction with TPX2 protein, a known partner of AurA, as well as directly analyzing the 5G1X complex with molecular dynamics simulations to evaluate the stability of the complex with a crystallized MB motif.
Benzer Tezler
- Fenoksı̇ kalkonların bazı enzı̇m aktı̇vı̇telerı̇ üzerı̇ndekı̇ etkı̇lerı̇nı̇n ı̇n vı̇tro ve ı̇n sı̇lı̇ko yöntemlerle ile incelenmesi
Investigation of the effects of phenoxy chalcones on some enzyme activities by in vitro and in silico methods
ZEYAD ADIL HAMEED HAMEED
Doktora
Türkçe
2025
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEVKİ ADEM
ÖĞR. GÖR. ALİ RIZA TÜFEKÇİ
- FMOC-AA türevleri ve MTX molekülünün tek duvarlı karbon nanotüp ile etkileşimlerinin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak incelenmesi
FMOC-AA derivatives and investigation of the interactions of MTX molecule with single wall carbon nanotubes using molecular dynamic simulations
SILA KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- SARS-CoV-2' 3 CLpro, RdRp, PLpro ve spike proteinlerine karşı sanal tarama yaklaşımlarıyla ilaç adaylarının belirlenmesi: moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik çalışmaları
Identification of drug candidates against SARS-CoV-2' 3 CLpro, RdRp, PLpro ve spike proteins by virtual screeningapproaches: molecular docking and moleculardynamics studies
ALEV ARSLANTÜRK BİNGÜL
- Sodyum kanallarında iyon taşınımının ve toksin bağlanmasının moleküler modellemesi
Molecular modelling of ion transport and toxin binding in sodium channels
ESRA KÖRPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. TURGUT BAŞTUĞ
- Protein-peptid sistemlerinin moleküler dinamik simülasyonları ve serbest enerji hesapları: Nöromüsküler nikotinik asetilkolin reseptörüne α-konotoksin SI bağlanma mekanizması
Molecular dynamics simulations and free energy calculations of protein-peptide systems: binding mechanism of α-conotoxin SI to neuromuscular nicotinic acetylcholine receptor
ONUR TUNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyofizikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ