Development of a polymerase chain reaction based technique for the detection of salmonella
Salmonalla'nu teşhis edilmesinde PCR temelli bir tekniğin geliştirilmesi
- Tez No: 68366
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Salmonella, PCR, RAPD-PCR, teşhis, tanımlama vı, Salmonella, PCR, RAPD-PCR, detection, identification IV
- Yıl: 1997
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
oz SALMONELLA'NIN TEŞHİS EDİLMESİNDE PCR TEMELLİ BBR TEKNİĞİN GELİŞTİRİLMESİ Ören, Nezahat Gülce Yüksek Lisans, Gıda Mühendisliği Bölümü Tez Yöneticisi: Y. Doç. Dr. Zümrüt B. Ögel Yardımcı Tez Yöneticisi: Y. Doç. Dr. Candan Gürakan March 1997, 60 sayfa Bu çalışmada, RAPD-PCR tekniğinin Salmonella serotiplerinin teşhis ve tanımlanmasında uygulanması araştırılmıştır. 8-10 bp büyüklüğünde 10 farklı rastgele seçilmiş oligonükleotit primer 14 Salmonella serotipi ve Salmonella dışındaki 16 suş ile birlikte araştırmanın çeşitli aşamalarında kullanılmıştır. Primerlerin teşhis ve tanımlama yönünden etkinliklerinin analiz edilmesi amacı ile başlangıçta 10 primer S.typhimurium ile birlikte PCR' da kullanılmıştır. Bu primerlerin üç tanesi (primer 7, primer 3 ve primer 6) istikrarlı ve ayırt edilebilir PCR ürünleri vermeleri nedeni ile seçilmiş ve çalışmaların ileri aşamalarında Salmonella ve diğer mikroorganizmalarla RAPD-PCR' da kullanılmıştır. Buna göre, S.typhimurium ve primer 7 ile 550 bp büyüklüğünde güçlü bir amplifikasyon ürünü elde edilmiş ve bu primerin teşhis amacı ile kullanımınındenenmesine karar verilmiştir. Denenen 14 serotipinden 11 'i aynı güçlü 550 bp amplifikasyon bandını vermiş ancak 2 serotip farklı daha küçük bandlar vermiştir. Buna karşılık Salmonella dışındaki bazı suşlarda da aynı primerle 550 bp'lik bir amplifikasyon bandı elde edilmiştir. Diğer yandan, Salmonella dışındaki kontrol suşları arasından bazıları, örneğin Citrobacter 550 bplik amplifikasyon fragmanını vermemiştir. Citrobacter ve Salmonella türlerini immünolojik metotlarla ayırt etmek oldukça zor olduğundan primer 7 nin bu iki türün ayırt edilmesinde kullanılma olasılığı ortaya çıkmıştır. Primer 7 ile yapılan amplifikasy onlarda Clostridium perfiingens' 'in diğer tüm suşlardan farklı, tek ve spesifik bir band verdiği de gözlenmiştir. Primer 3 ve 6'nm PCR'da kullanımı sonucunda her iki primerin de diğer Salmonella serotipleri ile farklı amplifikasyon şekilleri verdikleri ortaya çıkmıştır. Ancak primerler sadece bazı Salmonella serotipleri ile ikna edici bandlar vermişlerdir. Diğer yandan, genotip düzeyinde bile farklı serotiplerden farklı amplifikasyon şekilleri elde edilebildiği için RAPD-PCR Salmonella' nm teşhis ve tanımlamasında kullanılabilecek yararlı bir teknik olarak değerlendirilmiştir. Primer 3 S.typhimurium ile diğer serotiplerden kolaylıkla ayırd edilebilir amplifikasyon bandları vermiştir. Bu bakımdan bu primer daha sonra 11 farklı S.typhimurium izolatına karşı test edilmiştir. Bütün izolatlar, bu primerin S.typhimurium spesifik marker olarak kullanılması olasılığını işaret edecek biçimde aynı amplifikasyon şeklini vermiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DEVELOPMENT OF A POLYMERASE CHAIN REACTION-BASED TECHNIQUE FOR THE DETECTION OF SALMONELLA ören, Nezahat Gülce M. Sc., Department of Food Engineering Supervisor: Asst. Prof. Dr. Zümrüt B. Ogel Cosupervisor: Asst. Prof. Dr. Candan Gürakan March 1997, 60 pages In this study, a research has been done on the application of RAPD-PCR for the detection and identification of Salmonella serotypes. 10 different random oligonucleotide primers, 8-10bp in size, were used in RAPD-PCR with 14 Salmonella serotypes and 16 non-Salmonella strains that were used at different stages of the research. At first 10 random primers were used in RAPD-PCR against S. typhimurium in order to analyze the effectiveness of these primers in yielding distinct bands or band patterns that could be used in the detection and identification of Salmonella serotypes in general. Three of these primers (primer 7, primer 3 and primer 6) were selected based on their ability to produce consistent and distinguishable fragment patterns and were used in RAPD-PCR with other Salmonella and non-Salmonella serotypes. Accordingly, a 550bp strong amplification product was obtained from S. typhimurium and primer 7. It was uidecided to test this primer as a putative detection primer against the other Salmonella serotypes. 11 out of 14 serotypes produced the same 550bp strong amplification product and 2 serotypes gave somewhat smaller products. Although some of the non- Salmonella strains have also produced a distinct 550 bp amplification product with the same primer, others including, a Citrobacter species, have generated different products of possible use in detection and identification studies. Furthermore, Clostridium perfringens has generated a unique and specific amplification product with primer 7, which can be of possible future use for the detection of this organism. Primers 3 and 6 have been selected as putative identification or classification primers because they have produced several distinct bands of different size with S. typhimurium DNA. Both primers yielded different amplification patterns with the other Salmonella serotypes. The primers, however, gave convincing band patterns with only some of the Salmonella serotypes but not all of them. Nevertheless, since different amplification patterns can be obtained from different serotypes and even at the level of genotypes, it appears that RAPD-PCR is a useful technique in the identification and classification of Salmonella serotypes if not with the 10 primers that have been tested. S.typhimurium gave a distinguishable amplification pattern with primer 3 and was further tested against 11 different S.typhimurium isolates. All of the isolates gave the same amplification pattern, indicating the possibility of the use of this primer as a S.typhimurium-spectiic marker.
Benzer Tezler
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection
Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi
EDA ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- Viral tanı kitlerinin geliştirilmesi için moloney murine leukemia virus (MMLV) revers transkriptaz enziminin rekombinant olarak üretilmesi
Expression of recombinant moloney murine leukemia virus (MMLV) reverse transcriptase enzyme for development of viral diagnostic kits
ÖZLEM KAPLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyomühendislikGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE
- Molecular characterization of tomato spotted wilt virus (Orthotospovirus tomatomaculae) and development of resistant tomato (Solanum lycopersicum L.) lines using RNAi technology
Domates lekeli solgunluk virüsü (Orthotospovirus tomatomaculae)'nün moleküler karakterizasyonu ve RNAi teknolojisi aracılığıyla dayanıklı domates (Solanum lycopersicum L.) hatlarının geliştirilmesi
QURAT UL AIN SAJID
Doktora
İngilizce
2024
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ
- Бишкек шаарында COVID-19 инфекциясын пцр методу менен диагностикалоонун жыйынтыктарын талдоо
PCR yöntemi ile bişkek şehrinde COVID-19 teşhisinin sonuçlarının araştırılması
AYCAN SADIRBAEVA
Yüksek Lisans
Kırgızca
2022
BiyolojiKırgızistan-Türkiye Manas ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KADIRBAY CHEKİROV