Complete genome sequencing and analyzing the genes ofpseudomonas Sp. biomig1bac
Pseudomonas Sp. bıomig1bac'ın tüm genomunun çıkartılması ve genlerinin analizi
- Tez No: 684437
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ULAŞ TEZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Çevre Mühendisliği, Microbiology, Computer Engineering and Computer Science and Control, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Genom bilimi, Mikrobiyoloji, Bioinformatics, Genomics, Microbiology
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SARS-CoV-2 ile birlikte dezenfektan tüketimi artmıştır. Piyasadaki çoğu dezenfektan formülasyonunun aktif bileşenininde yaygın olarak dördüncül amonyum bileşikleri (DAB'ler) grubuna dahil olan benzalkonyum klorürler (BAK'ler) kullanılmaktadır. Laboratuvarımızdaki önceden yapılmış bir çalışmada, BAK'leri tamamen mineralize edebilen bir Pseudomonas suşu olan BIOMIG1BAC izole edilmiş ve genomu parçalı olarak dizilenmiştir. Ayrıca, BAC'lerin biyotransformasyonunda anahtar gen olan oxyBAC, genetik deneylerle tanımlanmış ve doğrulanmıştır. Bu araştırmanın temel amacı, BIOMIG1BAC suşunun ve oxyBAC geninin genomik düzeyde ekolojik öneminin belirlenmesidir. Pseudomonas sp. BIOMIG1BAC'in tüm genomu Illumina kısa dizileme ve Oxford Nanopore uzun dizileme teknolojilerini birleştiren hibrit bir yöntemle oluşturuldu. Pseudomonas sp. BIOMIG1BAC 7,675,262 bp uzunluğunda tek bir kromozomdan oluşan bir genoma sahiptir. Filogenetik analizler sonucunda BIOMIG1BAC suşunun Pseudomonas protegens alt grubunda yer alan yeni bir tür olduğu ve Pseudomonas alexanderii olarak adlandırılabileceği gösterildi. Yapılan analizler sonucunda oxyBAC da dahil olmak üzere BAK parçalamadaki anahtar genlerin transpozonlarla ilişkili olduğu görüldü. Ek olarak, oxyBAC ve beraberindeki genleri taşıyan iki transpozon motifi, diğer (DAB parçalayıcı) mikroorganizmaların oxyBAC içeren genomlarında da yer almaktadır. Bu çalışma oxyBAC'ın filogenetik olarak çeşitli bakteri gruplarında bulunduğunu ve dezenfektanların stresi altında plazmitler ve faj genomları aracılığıyla yatay olarak diğer bakterilere transfer olma potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Disinfectant consumption has increased with the pandemic of SARS-CoV-2. Benzalkonium chlorides (BACs), which are a group of quaternary ammonium compounds (QACs), are widely used as active ingredients in many of those disinfectants in the market. Previously, a strain of Pseudomonas, i.e. BIOMIG1BAC, that can completely mineralize BACs was isolated, and its draft genome was sequenced. Moreover, the oxyBAC, which is the key gene in the biotransformation of BACs, was identified and verified through genetic experiments. The main objective of this research was to understand the ecological significance of the strain BIOMIG1 and its oxyBAC gene at genomic level. The complete genome of the Pseudomonas sp. BIOMIG1BAC was obtained with a hybrid method that combines Illumina short-read sequencing and Oxford Nanopore long-read sequencing technologies. Pseudomonas sp. BIOMIG1BAC has a genome composed of a single circular chromosome with a 7,675,262 bp length. Phylogenomic analysis showed that the strain BIOMIG1BAC is a new species classified under Pseudomonas protegens subgroup, which is tentatively named as Pseudomonas alexanderii sp. nov. The key genes of the BAC biodegradation pathway, including oxyBAC, are associated with transposons therefore they can be horizontally transferred among bacteria. Two transposon motifs that carry the oxyBAC and its accompanying genes, were identified in the oxyBAC containing genomes of other (QAC degrading) microorganisms. The outcomes of this study suggest that oxyBAC is present in phylogenetically diverse group of bacteria and has a potential to horizontally transfer within bacteria via transposition to plasmids and phage genomes in communities under the stress of disinfectants.
Benzer Tezler
- Recombinant production and characterization of chitinase enzyme from Pseudomonas mandelii KGI_MA19
Pseudomanas mandelii KGI_MA19 organızmasına ait kitinaz enziminin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
EMİNE TUĞÇE SARAÇ CEBECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- High-performance meta-genomic gene identification
Başlık çevirisi yok
İBRAHİM SAVRAN
Doktora
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUnıversıty Of South CarolıneBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. JOHN R. ROSE
- Evaluating the role of housekeeping gene sequencing as a complementary approach to MALDI-TOF analysis for species identification
Tür tanımlamasında MALDI-TOF analizine tamamlayıcı bir yaklaşım olarak referans (housekeeping) gen dizilemesinin rolünün değerlendirilmesi
MOHAMED ABDULSALAM IBRAHIM ALGUSBI
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
BiyoteknolojiKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KIVANÇ BİLECEN
- Moğolistan tilkilerinin (Vulpes, Canıdae, Carnıvora) mitogenom karakterizasyonu ve filogenetik ilişkileri
Mitochondrial genome characterization and phylogenetic relationships of Mongolian foxes (Vulpes, Canidae, Carnivora)
BAT-ONOL BAT-ERDENE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ