Geri Dön

Determination of cyanobacteria diversity from hot springs around aydin province by culture independent methods

Kültürden bağımsız metotlarla aydın ili ve çevresindeki sıcak su kaynaklarında siyanobakteri çeşitliliğin belirlenmesi

  1. Tez No: 685196
  2. Yazar: RUTH MASEKO PHIRI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GAMZE BAŞBÜLBÜL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Siyanobakteriler, Kültürden Bağımsız Yöntem, Kaplıcalar ve 16S rDNA, Cyanobacteria, Culture Independent Method, Hot Springs and 16S rDNA
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 82

Özet

Amaç: Bu tezin amacı, Aydın ili ve çevresindeki kaplıcalardan kültürden bağımsız yöntemlerle siyanobakteri çeşitliliğini belirlemektir. Materyal ve Metodlar: Toplam genomik DNA'lar su, çamur veya toprak örneklerinden izole edildi ve ekstrakte edilmiş çevresel DNA'lardan 16S rDNA genleri PCR yöntemi ile amplifiye edildi. Amplikonlar daha sonra E.coli hücrelerine klonlandı, mavi-beyaz koloniler arasından transforme olmuş beyaz koloniler seçildi ve M13 primerleri kullanılarak PCR reaksiyonları yapıldı. M13 PCR ile elde edilen amplikonlar dizilendi ve GenBank veri tabanında BLAST analizine göre diğer bakteriyal gruplar ile olan homolojiler belirlendi. Bulgular: Klonlama sonucu elde edilen fragmanların toplam sayısı 298 olup, yapılan sekans analizi sonucunda 201 tanesinin siyanobakteriler ile, 97 tanesinin ise diğer bakteriyal filumlar ile en yüksek homolojileri gösterdikleri belirlenmiştir. BLAST analizi sonucu bulunan yüzde özdeşlik %78 ila %100 aralığındadır. En sık tespit edilen taksonlar, Planktothricoides raciborskii, Trichocoleus desertorum, Spirulina subsalsa, Gleobacter violaceus, Leptolyngbya laminosa, Synechococcus sp. ve Alkalima pantanalense olarak belirlenmiştir. Sonuç: Çalışmamız, Türkiye'de Aydın İli ve çevresindeki termal ortamlardan termofilik siyanobakterilerin belirlenmesinde kültürden bağımsız bir yaklaşım içermesi açısından önemlidir ve ekstrem habitatlardaki siyanobakteri araştırmalarına yeni bakış açıları sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

Objectives: The thesis's objectives were to determine the cyanobacterial diversity from hot springs around Aydın province and surrounding using culture independent methods. Material and Methods: Total genomic DNAs were isolated from water, mud or soil samples and 16S rDNA genes were amplified from extracted environmental DNAs. Amplicons were then cloned into E.coli cells, transformed cells were chosen and PCR reactions were done using M13 primers. Amplicons obtained by M13 PCR, were sequenced and according to BLAST analyses homologies were determined in GenBank database. Results: In this study we highlighted the Cyanobacterial diversity of hot springs in Aydın and its surroundings using culture independent methods as well as cloning of PCR amplified fragments of 16S rRNA genes. The total number of cloned colonies were 298 of which 201 belonged to Cyanobacteria phylum while 97 other phylum and the percentage identity found were in the range of 78% to 100%. Most abundant species detected were, Planktothricoides raciborskii, Trichocoleus desertorum, Spirulina subsalsa, Gleobacter violaceus, Leptolyngbya laminosa, Synechococcus sp. and Alkalinema pantanalense. Conclusion: Our study is important for being first culture- independent approach to determine thermophilic cyanobacteria from thermal environments in Aydın Province and surrounding area, Turkey and may provide new insights into the Cyanobacteria researches from extreme habitats.

Benzer Tezler

  1. Aydın ili ve çevresindeki sıcak su kaynaklarında arke çeşitliliğinin belirlenmesi

    Determination of archaeal diversity of hot water sources inAydin

    RÜMEYSA GÜLSU ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GAMZE BAŞBÜLBÜL

  2. Ladik gölü siyanobakteri çeşitliliğinin yağ asit analizi ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi

    Determination of cyanobacteria diversity in Ladik lake by fatty acid analysis and molecular methods

    MELİKE KARATAŞ YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiAmasya Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖNDER İDİL

  3. Dipsiz–Çine Çayı'nın epilitik ve epifitik alg türlerine göre ve fizikokimyasal yöntemlerle su kalitesinin belirlenmesi

    Determination of water quality in Dipsiz-Çine (Muğla-Aydin) stream according to epilithic and epiphytic algaes and physicochemical methods

    RIDVAN KIZILKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT BARLAS

  4. Almus barajının Yeşilırmak nehri besin ağı yapısına etkilerinin duraylı izotop yöntemi ile belirlenmesi

    Determination of the effect of Almus dam on Yesilirmak river food web structure with stable isotope analysis

    NEHİR KAYMAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEKERİYA ALTUNER

    PROF. DR. ŞENOL AKIN

  5. Pınargözü kaynağı (Yenişarbademli, Isparta) su niteliğinin fizikokimyasal değerlere ve epilitik alglere göre belirlenmesi

    The determination water quality of Pinargözü spring (Yenişarbademli, Isparta) according to physicochemical parameters and epilithic algae

    HÜLYA ATEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER OSMAN ERTAN