Salmonella typhimurium seqA mutantlarında biyofilm regülasyonununtranskriptomik analizi
Transcriptomic analysis of biofilm regulation in Salmonella typhimurium seqA mutants
- Tez No: 686140
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Bu tez çalışmasının ilk aşamasında, S. Typhimurim 14028 doğal suşu ve onun seqA geni bakımından delesyonlu mutantının biyofilm oluşturma özelliklerinin farklı antimikrobiyal ajanlara ve metabolitlere karşı verdiği yanıtlar incelendi. Bu denemelerden elde edilen verilerden; artan glukoz (% 1-% 3) ve safra tuzu (% 0,1-0,9) konsantrasyonlarında doğal suş ve mutantta biyofilm oluşumunun yüksek oranda engellendiği saptandı. Ayrıca antimikrobiyal ajanların tanımlanan farklı antibiyofilm etkinliklerinin, 1 mg/mL nisin + 10 mM EDTA + 5 µg/mL CIP (siprofloksasin) kombinasyonu kullanılarak en yüksek düzeye ulaştığı belirlendi. Çalışmanın ikinci aşamasında, S. Typhimurium dağal suşu ve seqA mutantında karşılaştırmalı transkriptomik (mRNA ve miRNA) analizler yürütülerek; seqA geninin biyofilm oluşumunun yanında, genel metabolizma üzerindeki regülasyon karakteristikleri incelendi. Bu çalışmalar söz konusu genlerin biyofilm oluşumu ile ilişkili genler yanında, merkezi metabolizmada rol oynayan proteinleri kodlayan birçok genin regülasyonunda rol oynadığını kanıtladı. Bu global regülatör özellikleri, bilimsel açıdan yeni verilerdir ve Salmonella ile mücadelede söz konusu SeqA proteininin inhibitörleri kullanılabileceğine işaret etmesi açısında da kritik bir önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
In the first stage of this study, the responses of the biofilm-forming properties of S. Typhimurium 14028 wild-type strain and its seqA gene mutants against different antimicrobial agents and metabolites were examined. From the data obtained from these trials; biofilm formation was found to be highly inhibited in wild-type strain and mutant with increasing glucose (1-3%) and bile salt (0,1-0,9%) concentrations. In addition, the different antibiofilm activities of antimicrobial agents were determined to reach the highest level using the combination of 1 mg/mL nisin + 10 mM EDTA + 5 µg/mL CIP (ciprofloxacin). In the second stage of the study, by conducting comparative transcriptomic (mRNA and miRNA) analyzes on S. Typhimurium wild-type strain and mutants, besides biofilm formation, regulation characteristics of seqA gene on general metabolism were examined. These studies proved that this gene plays a role in the regulation of many genes that encode proteins involved in central metabolism, as well as genes associated with biofilm formation. These global regulatory properties are scientifically new data and are critical to indicating that inhibitors of the SeqA protein can be used to combat Salmonella.
Benzer Tezler
- Laktik asit bakterilerinin Salmonella biyofilmi üzerine inhibisyon etkisi
Inhibition effect of lactic acid bacteria on Salmonella biofilm
ŞEYMA GÖKSEL
- Salmonella typhimurium'da pagn geninin biyofilm oluşturma yeteneği üzerine etkisi
Effect of pagn gene on biofilm forming ability in Salmonella typhimurium
ASİYE NUR KARACA
- Sağlıklı ve Salmonella ile enfekte ratlarda yeni nesil sekanslama yöntemi ile mikrobiyota analizi
Microbiota analysis by next generation sequencing method in healthy and Salmonella-infected rats
HAFİZE DİLŞAD YANIK
- Salmonella typhimurium ve salmonella enteritidis suşlarının bazı biyolojik özellikleri üzerine bir çalışma
A study on some biological features of salmonella typhimurium and salmonella enteritidis strains
SEMA TİRYAKİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MİNE ANĞ KÜÇÜKER
- Salmonella typhimurium biyofilm yapılarında eDNA' nın rolü ve biyofilm ile mücadelede enzim ve antibiyotik uygulaması yoluyla biyofilm yapılarının zayıflatılması
The role of eDNA on biofilm structures of salmonella typhimurium and combat with biofilm structures via enzyme and antibiotic treatment to weakening of the biofilm
ÇİĞDEM ELİF ÇELİK