Geri Dön

Salmonella typhimurium dam mutantlarında biyofilm regülasyonunun transkriptomik analizi

Transcriptomic analysis of biofilm regulation in identification of molecular regulation in Salmonella typhimurium dam mutants

  1. Tez No: 686165
  2. Yazar: SELMA KEÇELİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Bu çalışmada, S. Typhimurium 14028 doğal suşu ve onun dam geni delesyona uğratılmış mutantında biyofilm oluşumunun engellenmesi için etkin preparatların dizaynı yanında, söz konusu suşların stres koşullarında verdiği yanıtlar ve RNA ifade düzeyleri, karşılaştırmalı bir şekilde araştırıldı. Bu denemeler sonucunda; nisin 1 mg/mL + EDTA 10 mM + CIP 5 µg/mL kombinasyonu test edilen antibiyofilm ajanları arasında en etkin antibiyofilm kombinasyonu olarak belirlendi. Diğer yandan glukoz ve safra tuzları ile yaratılan stres koşulları altında doğal suş ve dam mutantında biyofilm oluşumunun inhibisyonu belirgin bir şekilde meydana geldi. dam mutantında ayrıca hareketlilik (swimming ve swarming), selüloz ve selülaz üretimlerinin yüksek oranda engellendiği fenotipik testler sonucu tanımlandı. S. Typhimurium 14028 doğal suşu ile onun dam geni bakımından mutant suşunun ürettiği biyofilm formları kullanılarak yürütülen karşılaştırmalı RNA seq analizleri sonucunda; dam geninin söz konusu organizmada stres yanıtı, biyofilm üretimi ve merkezi metabolizmaya dahil çok sayıda genin regülasyonuna doğrudan, ya da miRNA sentezini regüle etmek suretiyle dolaylı bir şekilde katıldığı tespit edildi. Bu veriler dam geninin Salmonella'da global regülatör olduğuna dair ilk kanıtları teşkil etmektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, the design of effective preparations for the prevention of biofilm formation in S. Typhimurium 14028 wild strain and its dam gene deleted mutant, as well as the responses and RNA expression levels of these strains under stress conditions were investigated comparatively. As a result of these trials, nisin 1 mg / mL + EDTA 10 mM + CIP 5 µg / mL combination was determined as the most effective antibiofilm combination among the tested antibiofilm agents. On the other hand, under stress conditions created by glucose and bile salts, inhibition of biofilm formation in wild-type and dam mutant occurred significantly. In addition, it was identified as a result of phenotypic tests that mobility (swimming and swarming), cellulose and cellulose production was highly inhibited in the dam mutant. As a result of comparative RNA, seq analyzes conducted using the biofilm forms produced by the wild type strain S. Typhimurium 14028 and its mutant strain in terms of its dam gene, the dam gene can directly regulate the stress response, biofilm production, and central metabolism of a large number of genes in the organism in question, or indirectly by regulating miRNA synthesis, were determined. These data constitute the first evidence that the dam gene is a global regulator in Salmonella.

Benzer Tezler

  1. Laktik asit bakterilerinin Salmonella biyofilmi üzerine inhibisyon etkisi

    Inhibition effect of lactic acid bacteria on Salmonella biofilm

    ŞEYMA GÖKSEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK

  2. Salmonella typhimurium'da tip 1 fimbriyanın biyofilm oluşumu üzerine etkisi

    Effect of type 1 fimbriae on biofilm formation in Salmonella typhimurium

    TUBA NUR SÜRKAÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK

  3. Sağlıklı ve Salmonella ile enfekte ratlarda yeni nesil sekanslama yöntemi ile mikrobiyota analizi

    Microbiota analysis by next generation sequencing method in healthy and Salmonella-infected rats

    HAFİZE DİLŞAD YANIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK

  4. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında metil patern farklılıklarının belirlenmesi

    The determination of methyl pattern differences Escherichia coli strains isolated from different clinical samples

    ÖZLEM KIVANÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    MikrobiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ZEYNEP SÜMER

  5. Kırmızı çamur, bentonit ve aktif karbon katkılı çimentolu kompozitler ile içme suyu arıtımı

    Drinking water purification using red mud, bentonite and activated carbon blended cementitious composites

    İNCİ SEVGİLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Kimya MühendisliğiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BARIŞ ŞİMŞEK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK DİLMAÇ