Salmonella typhimurium dam mutantlarında biyofilm regülasyonunun transkriptomik analizi
Transcriptomic analysis of biofilm regulation in identification of molecular regulation in Salmonella typhimurium dam mutants
- Tez No: 686165
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Bu çalışmada, S. Typhimurium 14028 doğal suşu ve onun dam geni delesyona uğratılmış mutantında biyofilm oluşumunun engellenmesi için etkin preparatların dizaynı yanında, söz konusu suşların stres koşullarında verdiği yanıtlar ve RNA ifade düzeyleri, karşılaştırmalı bir şekilde araştırıldı. Bu denemeler sonucunda; nisin 1 mg/mL + EDTA 10 mM + CIP 5 µg/mL kombinasyonu test edilen antibiyofilm ajanları arasında en etkin antibiyofilm kombinasyonu olarak belirlendi. Diğer yandan glukoz ve safra tuzları ile yaratılan stres koşulları altında doğal suş ve dam mutantında biyofilm oluşumunun inhibisyonu belirgin bir şekilde meydana geldi. dam mutantında ayrıca hareketlilik (swimming ve swarming), selüloz ve selülaz üretimlerinin yüksek oranda engellendiği fenotipik testler sonucu tanımlandı. S. Typhimurium 14028 doğal suşu ile onun dam geni bakımından mutant suşunun ürettiği biyofilm formları kullanılarak yürütülen karşılaştırmalı RNA seq analizleri sonucunda; dam geninin söz konusu organizmada stres yanıtı, biyofilm üretimi ve merkezi metabolizmaya dahil çok sayıda genin regülasyonuna doğrudan, ya da miRNA sentezini regüle etmek suretiyle dolaylı bir şekilde katıldığı tespit edildi. Bu veriler dam geninin Salmonella'da global regülatör olduğuna dair ilk kanıtları teşkil etmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, the design of effective preparations for the prevention of biofilm formation in S. Typhimurium 14028 wild strain and its dam gene deleted mutant, as well as the responses and RNA expression levels of these strains under stress conditions were investigated comparatively. As a result of these trials, nisin 1 mg / mL + EDTA 10 mM + CIP 5 µg / mL combination was determined as the most effective antibiofilm combination among the tested antibiofilm agents. On the other hand, under stress conditions created by glucose and bile salts, inhibition of biofilm formation in wild-type and dam mutant occurred significantly. In addition, it was identified as a result of phenotypic tests that mobility (swimming and swarming), cellulose and cellulose production was highly inhibited in the dam mutant. As a result of comparative RNA, seq analyzes conducted using the biofilm forms produced by the wild type strain S. Typhimurium 14028 and its mutant strain in terms of its dam gene, the dam gene can directly regulate the stress response, biofilm production, and central metabolism of a large number of genes in the organism in question, or indirectly by regulating miRNA synthesis, were determined. These data constitute the first evidence that the dam gene is a global regulator in Salmonella.
Benzer Tezler
- Laktik asit bakterilerinin Salmonella biyofilmi üzerine inhibisyon etkisi
Inhibition effect of lactic acid bacteria on Salmonella biofilm
ŞEYMA GÖKSEL
- Salmonella typhimurium'da tip 1 fimbriyanın biyofilm oluşumu üzerine etkisi
Effect of type 1 fimbriae on biofilm formation in Salmonella typhimurium
TUBA NUR SÜRKAÇ
- Sağlıklı ve Salmonella ile enfekte ratlarda yeni nesil sekanslama yöntemi ile mikrobiyota analizi
Microbiota analysis by next generation sequencing method in healthy and Salmonella-infected rats
HAFİZE DİLŞAD YANIK
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında metil patern farklılıklarının belirlenmesi
The determination of methyl pattern differences Escherichia coli strains isolated from different clinical samples
ÖZLEM KIVANÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ZEYNEP SÜMER
- Kırmızı çamur, bentonit ve aktif karbon katkılı çimentolu kompozitler ile içme suyu arıtımı
Drinking water purification using red mud, bentonite and activated carbon blended cementitious composites
İNCİ SEVGİLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Kimya MühendisliğiÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ ŞİMŞEK
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK DİLMAÇ