Cloning of astacus leptodactylus ryanodine receptor gene
Astacus leptodactylus ryanodin reseptör geninin klonlanması
- Tez No: 707019
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Sitoplazmik Ca2+ konsantrasyonu, çizgili kas liflerinde elektro-mekanik bağlantı gibi birçok hücresel fonksiyonda önemli bir rol oynamaktadır. Ryanodin reseptörü (RyR), sarkoplasmik retikulumdan (SR) Ca2+ salınımına aracılık eden, 4 eş alt birimli yapıya sahiptir. 2.2MDa büyüklüğüyle en büyük iyon kanalıdır. Omurgalı ve omurgasız RyR kanalları yapısal ve fonksiyonel olarak benzerdir. Astacus leptodactylus, dar pençeli kerevit, nörobilim gibi birçok çalışmada kullanılan yaygın bir model hayvan olmasına karşın genetik bilgileri oldukça kısıtlıdır. Bu çalışma, en büyük kanalı kodlayan kerevitRyR mRNA molekülünün de novo klonlaması üzerine odaklanmaktadır. RyR mRNA molekülleri arasındaki homoloji ve yeni nesil sekanslama verisinin hesaplamalı birleştirilmesiyle ifade edilen hibrid klonlama metodu kullanılmıştır. 15236 bp uzunluğunda mRNA molekülü klonlandı. 5042 amino asitlik varsayılan RyR proteini, diğer türlerden elde edilen sekanslarla önemli bir benzerliğe sahiptir. Ayrıca, varsayılan RyR sekansı, RyR kanalına spesifik birçok korunmuş alanlara sahiptir. Böylece, bu çalışmada, RyR kanalını kodlayan mRNA molekülünün özgün biçimde klonlandığı ileri sürülmektedir. Ortaya çıkarılan bu genetik bilginin yardımıyla üç boyutlu protein yapısı da belirlenebilir ya da ilerideki mutasyon çalışmaları tasarlanabilir.
Özet (Çeviri)
Cytoplasmic Ca2+ concentration plays an essential role in many types of cellular function including electro-mechanical coupling in striated muscle fibers. Ryanodine receptor channels (RyR), mediating Ca2+ release from sarcoplasmic reticulum (SR), has a homotetrameric structure. It is the largest ion channel with a size of 2.2 MDa. Vertebrate and invertebrate RyR channels are structurally and functionally similar. Although Astacus leptodactylus, narrow-clawed crayfish, is a widely used model animal in neuroscience, information about genetic properties of the animal is rather limited. The present study is focused onto de novo cloning of the mRNA of the crayfish RyR channel which encodes the largest ion channel. A hybrid cloning method has been used, referring to the homology between RyR mRNA molecules and the computational assembly of the next generation sequencing data. A mRNA molecule of 15236 bp in size has originally been cloned. The putative RyR protein, with 5042 amino acids, has a significant similarity to the sequences reported in other species. Furthermore, the putative sequence possessed many of the conserved domains specific to the RyR channel. Thus, it has been proposed that a mRNA coding RyR channel has originally been cloned in the present study. The 3D protein structure can also be determined by the help of this revealed genetic information, or future mutation studies can be designed.
Benzer Tezler
- Cloning and determination of tissue specific expression pattern of Astacus leptodactylus Na+/Ca 2+ exchanger gene
Astacus leptodactylus Na+/Ca 2+ karşı değiştirici geninin klonlanması ve doku spesifik ifade deseninin belirlenmesi
BORA ERGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyofizikHacettepe ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUHAN PURALI
- Mekanosensitif iyon kanalı adayı genlerin Astacus leptodactylus türünde klonlanması ve ilgili proteinlerin fonksiyonel ve yapısal özelliklerinin belirlenmesi
Cloning of candidate mechanosensitive ion channel genes and determining the functional and structural properties of the related proteins in Astacus leptodacylus
KAAN ARSLAN
- Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Cloning putative voltage gated sodium channel alpha subunit gene in the crayfish (astacus leptodactylus) and molecular characterization of the channel protein
ÇAĞIL COŞKUN
- Cloning putative voltage-gated calcium channel gene in Astacus Leptodactylus and determination of structural and functional properties of related protein
Astacus Leptodactylus türünde voltaj kapılı kalsiyum kanalına ait genlerinin klonlanması ve ilgili proteinlerin yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
BERK SAĞLAM
- Bacillus subtilis'e ait selülaz genlerinin e.coli'de klonlanması
Cloning of Bacillus subtilis cellulase genes in e.coli
BAHRİ DEVRİM ÖZCAN
