Cloning putative voltage-gated calcium channel gene in Astacus Leptodactylus and determination of structural and functional properties of related protein
Astacus Leptodactylus türünde voltaj kapılı kalsiyum kanalına ait genlerinin klonlanması ve ilgili proteinlerin yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
- Tez No: 813260
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Astacus leptodactylus, Biyoinformatik, Docking, Elektrofizyoloji, Kerevit, Klonlama, Tatlı su istakozu, İletişim kanalları, Astacus leptodactylus, Bioinformatics, Docking, Electrophysiology, Crayfish, Cloning, Freshwater crayfish, Communication channels
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyofizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Voltaj kapılı kalsiyum kanalları, elektrik sinyali, kasılma salgısı ve gen ifadesi gibi birçok hücresel işlemlerin gerçekleşmesinde temel unsurlardır. Memeli türlerinde kalsiyum kanallarının işlevsel ve yapısal özellikleri hakkında oldukça fazla bilgi bulunmaktadır. Kerevit, birçok deney türü için model hayvan görevi görür. Ancak kerevitlerdeki kalsiyum kanallarının moleküler ve genetik özellikleri ile ilgili herhangi bir bilgi bulunmamaktadır. Konvansiyonel klonlama yöntemleri, üç boyutlu yapısal hesaplar, docking deneyleri yapılmıştır. 7791 bp boyutunda bir mRNA klonlanmıştır. Kodlama bölgesi, 1942 amino asitli bir alfa peptidine çevrilmiştir. Klonlanmış protein sekansı, komşu türlerden gelen diğer L-tipi voltaj kapılı kalsiyum kanalı sekansları ile benzerliğe sahiptir. Üç boyutlu yapı, insan L tipi voltaj kapılı kalsiyum kanalına göre hesaplanmıştır. Bilinen kalsiyum kanal blokerleri; nifedipin, verapamil ve diltiazem, hesaplanan üç boyutlu modele başarıyla bağlandı. NCBI platformundaki benzerlik analizi, üç boyutlu yapısal hesaplamalar ve docking deneyleri göz önüne alındığında, klonlanmış mRNA'nın kerevitte varsayılan voltaj kapılı kalsiyum kanalı proteini için bir alfa peptidi kodladığı sonucuna varıldı. Mevcut çalışmada, geleneksel moleküler biyoloji yöntemleri kullanılarak, varsayılan voltaj kapılı kalsiyum kanalını kodlayan mRNA tam olarak de novo klonlanmıştır. İlgili proteinin üç boyutlu yapısı hesaplanmıştır ve kanalı bloke eden birkaç farmakolojik ajan belirlenen reseptör bölgelerine yerleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Voltage-gated calcium channels are essential elements in development of many cellular processes like electrical signaling, contraction secretion and gene expression. There has been a fair amount of information about the functional and structural properties of the calcium channels in mammalian species. Crayfish serves as a model animal for many types of experiments. However, there has been no information related to the molecular and genetic properties of the calcium channels in the crayfish. Conventional cloning methods, three-dimensional structural calculations, docking experiments have been conducted. An mRNA 7791 bp in size has been cloned. The coding region has been translated into an alpha peptide with 1942 residues. The cloned protein sequence has similarity to other L-type voltage-gated calcium channel sequences from the neighboring species. Three-dimensional structure, in reference to human L-type voltage-gated calcium channel, has been calculated. Known calcium channel blockers; nifedipine, verapamil and diltiazem have been successfully docked on the calculated three-dimensional model. Considering the similarity assay in the NCBI platform, the three-dimensional structural calculations and the docking experiments it was concluded that the cloned mRNA codes an alpha peptide for a putative voltage-gated calcium channel protein in the crayfish. In the present work by using the conventional molecular biology methods complete mRNA coding a putative calcium channel was de novo cloned. Three-dimensional structure of the related protein was calculated and several pharmacological agents blocking the channel were docked to the identified receptor sites.
Benzer Tezler
- Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Cloning putative voltage gated sodium channel alpha subunit gene in the crayfish (astacus leptodactylus) and molecular characterization of the channel protein
ÇAĞIL COŞKUN
- Cloning of alpha and beta subunit genes of 20 S proteasome from thermoplasma volcanium
Thermoplasma volcanium'un 20 S proteazom alfa ve beta altünite genlerinin klonlanması
GÖNÜL SEYİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
DOÇ. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Cloning, expression and purification of the recombinant DNA polymerase I from the hyperthermophilic bacteria Geobacillus anatolicus
Hipertermofilik Geobacillus anatolicus bakterilerinde rekombinant DNA polimeraz I'in klonlanması, ekspresyonu ve saflaştırılması
MELİKE ÇAĞLAYAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. NEŞE BİLGİN
- Cloning of wheat trehalose-6-phosphate synthase gene and microarray analysis of wheat gene expression profiles under abiotic stress conditions
Trehaloz-6-fosfat sentaz geninin buğdaydan izolasyonu ve buğday gen ifade profillerinin abiyotik stres koşullarında mikroarray yöntemi ile incelenmesi
BERAY GENÇSOY ÜNSAL
Doktora
İngilizce
2008
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK HAMAMCI
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Cloning of astacus leptodactylus ryanodine receptor gene
Astacus leptodactylus ryanodin reseptör geninin klonlanması
NAZLI COŞKUN JIHAD
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikHacettepe ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUHAN PURALI
