Cloning putative voltage-gated calcium channel gene in Astacus Leptodactylus and determination of structural and functional properties of related protein
Astacus Leptodactylus türünde voltaj kapılı kalsiyum kanalına ait genlerinin klonlanması ve ilgili proteinlerin yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
- Tez No: 813260
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyofizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Voltaj kapılı kalsiyum kanalları, elektrik sinyali, kasılma salgısı ve gen ifadesi gibi birçok hücresel işlemlerin gerçekleşmesinde temel unsurlardır. Memeli türlerinde kalsiyum kanallarının işlevsel ve yapısal özellikleri hakkında oldukça fazla bilgi bulunmaktadır. Kerevit, birçok deney türü için model hayvan görevi görür. Ancak kerevitlerdeki kalsiyum kanallarının moleküler ve genetik özellikleri ile ilgili herhangi bir bilgi bulunmamaktadır. Konvansiyonel klonlama yöntemleri, üç boyutlu yapısal hesaplar, docking deneyleri yapılmıştır. 7791 bp boyutunda bir mRNA klonlanmıştır. Kodlama bölgesi, 1942 amino asitli bir alfa peptidine çevrilmiştir. Klonlanmış protein sekansı, komşu türlerden gelen diğer L-tipi voltaj kapılı kalsiyum kanalı sekansları ile benzerliğe sahiptir. Üç boyutlu yapı, insan L tipi voltaj kapılı kalsiyum kanalına göre hesaplanmıştır. Bilinen kalsiyum kanal blokerleri; nifedipin, verapamil ve diltiazem, hesaplanan üç boyutlu modele başarıyla bağlandı. NCBI platformundaki benzerlik analizi, üç boyutlu yapısal hesaplamalar ve docking deneyleri göz önüne alındığında, klonlanmış mRNA'nın kerevitte varsayılan voltaj kapılı kalsiyum kanalı proteini için bir alfa peptidi kodladığı sonucuna varıldı. Mevcut çalışmada, geleneksel moleküler biyoloji yöntemleri kullanılarak, varsayılan voltaj kapılı kalsiyum kanalını kodlayan mRNA tam olarak de novo klonlanmıştır. İlgili proteinin üç boyutlu yapısı hesaplanmıştır ve kanalı bloke eden birkaç farmakolojik ajan belirlenen reseptör bölgelerine yerleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Voltage-gated calcium channels are essential elements in development of many cellular processes like electrical signaling, contraction secretion and gene expression. There has been a fair amount of information about the functional and structural properties of the calcium channels in mammalian species. Crayfish serves as a model animal for many types of experiments. However, there has been no information related to the molecular and genetic properties of the calcium channels in the crayfish. Conventional cloning methods, three-dimensional structural calculations, docking experiments have been conducted. An mRNA 7791 bp in size has been cloned. The coding region has been translated into an alpha peptide with 1942 residues. The cloned protein sequence has similarity to other L-type voltage-gated calcium channel sequences from the neighboring species. Three-dimensional structure, in reference to human L-type voltage-gated calcium channel, has been calculated. Known calcium channel blockers; nifedipine, verapamil and diltiazem have been successfully docked on the calculated three-dimensional model. Considering the similarity assay in the NCBI platform, the three-dimensional structural calculations and the docking experiments it was concluded that the cloned mRNA codes an alpha peptide for a putative voltage-gated calcium channel protein in the crayfish. In the present work by using the conventional molecular biology methods complete mRNA coding a putative calcium channel was de novo cloned. Three-dimensional structure of the related protein was calculated and several pharmacological agents blocking the channel were docked to the identified receptor sites.
Benzer Tezler
- Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Cloning putative voltage gated sodium channel alpha subunit gene in the crayfish (astacus leptodactylus) and molecular characterization of the channel protein
ÇAĞIL COŞKUN
- Mekanosensitif iyon kanalı adayı genlerin Astacus leptodactylus türünde klonlanması ve ilgili proteinlerin fonksiyonel ve yapısal özelliklerinin belirlenmesi
Cloning of candidate mechanosensitive ion channel genes and determining the functional and structural properties of the related proteins in Astacus leptodacylus
KAAN ARSLAN
- Zeytin tahmini bZIP transkripsiyon faktörünün moleküler karakterizasyonu
Molecular characteriztion of olive putative bZIP transcription factor
GAMZE YENER
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
- Lipaz geninin termofilik Geobacillus kaustophilus'tan klonlanması, ekspresyonu ve saflaştırılması
Cloning, expression and purification of thermophilic lipase from Geobacillus kaustophilus
DAVUT ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
GenetikGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA İNCİ ÖZDEMİR
- Staphylococcus saprophyticus bakterisinden fosfotransasetilaz (PTA) geninin klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Cloning, expression, and characterization of phosphotransacetylase from staphylococcus saprophyticus
İLKNUR AKSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
KimyaGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ TÜRKAN