Formalinle fikse edilmiş ve parafine gömülmüş mide biyopsi örneklerinde maldı-görüntüleme yöntemi optimizasyonu
Maldi-imaging method optimization in formalin-fixed and paraffin-embedded gastric biopsy tissues
- Tez No: 708137
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN UÇAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) görüntüleme kütle spektrometresi (MSI) yöntemi, kütle spektrometresinden elde edilen yüksek çözünürlük ve doğruluğu histolojik bilgilerle birleştirerek analitlerin doku üzerindeki uzamsal dağılımını belirler. Son yıllarda kullanımı hızla artan MALDI-MSI yöntemi için laboratuvarlar arasında standart operasyon prosedürleri açısından farklılık olması yöntemin kliniğe adaptasyonunda zorluklara neden olmaktadır. Bununla birlikte formalinle fikse edilip parafine gömülmüş (FFPE) doku biyopsilerinin örnek miktarındaki yetersizlik, özellikle MALDI-MSI tabanlı proteomik çalışmalar için farklı optimizasyon yaklaşımlarını ortaya çıkarmaktadır. Tez çalışmasında, biyopsi örneklerinin hem az miktarda doku içermesi ve hem de literatürde optimize edilmiş protokollerin yer almaması sebebi ile FFPE mide biyopsi örnekleri kullanılarak MALDI-MSI yöntemi için uygun parametrelerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda dokulara uygulanacak tripsin ve matriks konsantrasyonu, yıkama koşulları, kesit kalınlığı ve antijen geri kazanım basamakları ayrı aşamalarda optimize edilmiştir. Tez çalışması sonucunda, optimize edilmiş parametrelerle MALDI-MSI yöntemi kullanılarak farklı antijen geri kazanım tampon çözeltileri ve farklı enzim konsantrasyonları karşılaştırılarak analiz edilmiştir. Ek olarak, bu analizlerin m/z değerlerine karşılık gelen protein tanımlamaları LC-MS/MS yöntemi ile değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, FFPE mide biyopsi örneklerinde çok sayıda ortak protein bulunmuştur. Tanımlanan proteinler arasında aktin iskelet proteinleri, protein katlanması ve stabilizasyonunda yer alan şaperon proteinleri ve hücresel metabolik süreçlerde yer alan proteinlerin önemli rol oynadığı gösterilmiştir
Özet (Çeviri)
Matrix assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry imaging (MSI) combines the high resolution and high mass accuracy obtained from mass spectrometry with histological information to determine the spatial distribution of tissue analytes. The differences in MALDI-MSI standard operating procedures between laboratories, which has been rapidly used in recent years, causes difficulties in the clinical adaptation of the method. However, the insufficient sample size of formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissue biopsies reveals different optimization approaches, especially for MALDI-MSI-based proteomic studies. In this study, we aimed to determine the appropriate sample preparation parameters for MALDI-MSI optimization by focusing on FFPE gastric biopsy samples due to the insufficient sample size and lack of information in the literature. For this purpose, trypsin, and matrix concentration to be applied to the tissues, washing conditions, section thickness, and antigen retrieval steps were optimized in separate stages. As a result of the study, different antigen retrieval buffer solutions and different enzyme concentrations were compared and analyzed using the MALDI-MSI method with optimized parameters. In addition, protein identifications corresponding to the m/z values of these analyzes were evaluated by LC-MS/MS method. According to the results obtained, numerous common proteins were found in FFPE gastric biopsy samples. Among the identified proteins, actin skeleton proteins, chaperone proteins involved in protein folding and stabilization, and proteins involved in cellular metabolic processes have been shown to play important roles.
Benzer Tezler
- Mide kanserinde immünohistokimya ve floresan in situ hibridizasyon yöntemiyle cerb-b2 değerlendirilmesi
İnterpretati̇on of cerb-b2 in gastric cancerby immunohistochemistry and fluorescent in situ hybridization methods
DÖNDÜ NERGİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARSENAL SEZGİN ALİKANOĞLU
- Papiller tiroid karsinomlarında braf V600E mutasyonunun realtime PZR analizi
Realtime PCR analysis of braf V600E mutation in papillary thyroid carcinomas
SERPİL ÇAKIR
- Formalinle fikse edilmiş parafine gömülü dokularda iki farklı hızlı doku şeffaflandırma yönteminin etkinliğinin karşılaştırılması
Comparison of the efficacy of two different rapid tissue clearing methods in formalin-fixed paraffin-embedded tissues
GÜLŞAH GÜRBÜZ ALVER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Histoloji ve EmbriyolojiMersin ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAVAŞ AKTAŞ
ÖĞR. GÖR. AYLA BATU ÖZTÜRK
- Endometrium karsinomunda mikrosatellit instabilite: İmmünohistokimyasal belirteçler ile saptanması ve klinik ölçütler ile ilişkisi
Microsatellith instability in endometrium carcinoma: Detection with immunohistochemical markers and its relationship with clinical meters
GONCHA KAMALLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumEge ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA COŞAN TEREK
DOÇ. DR. İSMET HORTU
- Küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde 'Excision Repair Cross-Complementing Group 1' (ERCC1) Geni T19007C ve C8092A tek nükleotid polimorfizmlerinin klinikopatolojik parametrelerle ilişkilerinin belirlenmesi
The determination of relationship between 'Excısıon Repaır Cross-Complementıng Group 1' (ERCC1) Gene T19007c And C8092a single nucleotide polymorphisms and clinicopathological parameters in non-small cell lung cancer
ESİN KOÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
GenetikPamukkale ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN CANER