Geri Dön

Genomic characterization of cephalosporin, quinolone and macrolide resistance in Salmonella enterica

Salmonella enterica'da sefalosporin, kinolon ve makrolid direnci genomik karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 708643
  2. Yazar: DIALA KONYALI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. TUBA HANDE BAYRAMOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 119

Özet

Salmonella enfeksiyonları gelişmiş ülkelerde olduğu kadar gelişmekte olan ülkelerde de önemli bir yük olarak görülmektedir. Tifoidal olmayan Salmonella (NTS), her yıl %85'i gıda kaynaklı olmak üzere 90 milyondan fazla gastroenterit vakasına neden olur. Salmonelloz, sağlıklı yetişkinlerde genellikle kendi kendini sınırlar, ancak risk gruplarında şiddetli olabilir. Antimikrobiyal tedavi gerektiğinde florokinolonlar, makrolidler ve sefalosporinler önerilir. Salmonella, DNA Giraz ve Topoizomerazdaki kromozomal mutasyonlar ve plazmit aracılı kinolon direnci (PMQR) vererek bu antimikrobiyallere artan direnç gösterir ve ayrıca blaCTX ve blaCMY gibi bazı geniş spektrumlu beta-laktamaz genlerine sahiptir. Bu çalışmada 2005-2020 yılları arasında gıda, hayvan, insan ve çevreden izole edilen 373 Salmonella izolatının direnci belirlenmiştir. Bu direncin fenotipik incelemesi, ampisilin, seftiofur, sefoksitin, seftriakson, sefalotin, siprofloksasin, pefloksasin, nalidiksik asit, trimetoprim-sülfametoksazol, sülfizoksazol, azitromisin ve kanamisin disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Sonrasında siprofloksasin, pefloksasin, seftriakson ve azitromisin antibiyotiklerinden herhangi birine direnç gösteren izolatların yanı sıra PCR ve jel elektroforezi ile kinolon ve makrolid direnç genleri ve beta laktamaz genlerinin varlığı açısından test edilmiştir. Florokinolonlara direnç gösteren izolatlar %32'den fazlaydı (122/373). Kinolon direncinden sorumlu olan mutasyona uğramış parC ve gyrA genlerinin prevalansının arttığını gözlendi. Seftriakson'a direnç gösteren izolatlar %2 olarak (8/373) gözlemlendi. Makrolidlerin ise, %42'si (106/250) fenotipik olarak direnç gösterdi ve %10'unda mphA geni tespit edildi. Direnç genlerine sahip olan MDR izolatları daha sonra dizelendi ve karakterize edildi.

Özet (Çeviri)

Salmonella infections are considered a significant burden in developing and developed countries. Each year, Non-Typhoidal Salmonella (NTS) causes more than 90 million cases of gastroenteritis, 85% of which are food-borne. Salmonellosis is usually self-limiting in healthy adults but might be severe in risk groups. Fluoroquinolones, macrolides, and cephalosporins are recommended when antimicrobial treatment is necessary. However, Salmonella is increasingly showing resistance to these antimicrobials by chromosomal mutations in DNA Gyrase and Topoisomerase, conferring plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) as well as having some of the extended-spectrum beta-lactamase genes, such as blaCTX and blaCMY. This study determined the resistance of 373 Salmonella isolates, isolated from food, animals, humans, and the environment between 2005 and 2020. Phenotypic examination of this resistance was carried out by disk diffusion method against ampicillin, ceftiofur, cefoxitin, ceftriaxone, cephalothin, ciprofloxacin, pefloxacin, nalidixic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole, sulfisoxazole, azithromycin, and kanamycin. Then isolates that show resistance to any of the following antibiotics: ciprofloxacin, pefloxacin, ceftriaxone, and azithromycin were tested by PCR and gel electrophoresis for the presence of quinolone resistance genes and beta-lactamase genes as well as macrolide resistance gene. Isolates that conveyed resistance to fluoroquinolones were more than 32% (122/373). We observed an increased prevalence of mutated parC and gyrA genes accounting for the quinolone resistance. On the other hand, isolates that exhibited resistance to ceftriaxone were 2% accounting for 8/373. As for macrolides, 42% (106/250) showed resistance phenotypically, of which 10% harbored mphA gene. MDR isolates that possessed resistance genes were then further sequenced and characterized.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    153576

    Cloning and characterization of Streptomyces clavuligerus meso-diaminopimelate decarboxylase (lysA) gene

    Streptomyces clavuligerus mezo-diaminopimelik asit dekarboksilaz (lysA) geninin klonlanması ve karakterizasyonu

    ÇİĞDEM YAĞCIOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

  2. Tez No

    371729

    Genomic characterization of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates by pulsed field gel electrophoresis method

    Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşların'da PFGE yöntemi ile genomik profil araştırması

    NADER ALIPOUR GHORBANI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH YILDIZ

    PROF. DR. RIZA DURMAZ

  3. Tez No

    478508

    Trakya bölgesinde sivrisinek flavivirüslerinin tespiti ve kısmi genomik karakterizasyonu

    Identification and partial genomic characterization of mosquito flaviviruses in Thrace region

    CEREN ÖNCÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH BÜLENT ALTEN

    DOÇ. DR. KORAY ERGÜNAY

  4. Tez No

    879420

    Çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı litik bakteriyofajın izolasyonu, karakterizasyonu ve fajın n-asetil sistein ile biyofilm üzerindeki etkisi

    Isolation and characterization of a lytic bacteriophage against multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa isolates and its effect on n-acetyl cysteine and biofilm

    MAJDA LICINA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN

  5. Tez No

    806598

    Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains

    Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri

    İSMAİL GÜMÜŞTOP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikAbdullah Gül Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI

Geri Dön