Genomic characterization of cephalosporin, quinolone and macrolide resistance in Salmonella enterica
Salmonella enterica'da sefalosporin, kinolon ve makrolid direnci genomik karakterizasyonu
- Tez No: 708643
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. TUBA HANDE BAYRAMOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Salmonella enfeksiyonları gelişmiş ülkelerde olduğu kadar gelişmekte olan ülkelerde de önemli bir yük olarak görülmektedir. Tifoidal olmayan Salmonella (NTS), her yıl %85'i gıda kaynaklı olmak üzere 90 milyondan fazla gastroenterit vakasına neden olur. Salmonelloz, sağlıklı yetişkinlerde genellikle kendi kendini sınırlar, ancak risk gruplarında şiddetli olabilir. Antimikrobiyal tedavi gerektiğinde florokinolonlar, makrolidler ve sefalosporinler önerilir. Salmonella, DNA Giraz ve Topoizomerazdaki kromozomal mutasyonlar ve plazmit aracılı kinolon direnci (PMQR) vererek bu antimikrobiyallere artan direnç gösterir ve ayrıca blaCTX ve blaCMY gibi bazı geniş spektrumlu beta-laktamaz genlerine sahiptir. Bu çalışmada 2005-2020 yılları arasında gıda, hayvan, insan ve çevreden izole edilen 373 Salmonella izolatının direnci belirlenmiştir. Bu direncin fenotipik incelemesi, ampisilin, seftiofur, sefoksitin, seftriakson, sefalotin, siprofloksasin, pefloksasin, nalidiksik asit, trimetoprim-sülfametoksazol, sülfizoksazol, azitromisin ve kanamisin disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Sonrasında siprofloksasin, pefloksasin, seftriakson ve azitromisin antibiyotiklerinden herhangi birine direnç gösteren izolatların yanı sıra PCR ve jel elektroforezi ile kinolon ve makrolid direnç genleri ve beta laktamaz genlerinin varlığı açısından test edilmiştir. Florokinolonlara direnç gösteren izolatlar %32'den fazlaydı (122/373). Kinolon direncinden sorumlu olan mutasyona uğramış parC ve gyrA genlerinin prevalansının arttığını gözlendi. Seftriakson'a direnç gösteren izolatlar %2 olarak (8/373) gözlemlendi. Makrolidlerin ise, %42'si (106/250) fenotipik olarak direnç gösterdi ve %10'unda mphA geni tespit edildi. Direnç genlerine sahip olan MDR izolatları daha sonra dizelendi ve karakterize edildi.
Özet (Çeviri)
Salmonella infections are considered a significant burden in developing and developed countries. Each year, Non-Typhoidal Salmonella (NTS) causes more than 90 million cases of gastroenteritis, 85% of which are food-borne. Salmonellosis is usually self-limiting in healthy adults but might be severe in risk groups. Fluoroquinolones, macrolides, and cephalosporins are recommended when antimicrobial treatment is necessary. However, Salmonella is increasingly showing resistance to these antimicrobials by chromosomal mutations in DNA Gyrase and Topoisomerase, conferring plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) as well as having some of the extended-spectrum beta-lactamase genes, such as blaCTX and blaCMY. This study determined the resistance of 373 Salmonella isolates, isolated from food, animals, humans, and the environment between 2005 and 2020. Phenotypic examination of this resistance was carried out by disk diffusion method against ampicillin, ceftiofur, cefoxitin, ceftriaxone, cephalothin, ciprofloxacin, pefloxacin, nalidixic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole, sulfisoxazole, azithromycin, and kanamycin. Then isolates that show resistance to any of the following antibiotics: ciprofloxacin, pefloxacin, ceftriaxone, and azithromycin were tested by PCR and gel electrophoresis for the presence of quinolone resistance genes and beta-lactamase genes as well as macrolide resistance gene. Isolates that conveyed resistance to fluoroquinolones were more than 32% (122/373). We observed an increased prevalence of mutated parC and gyrA genes accounting for the quinolone resistance. On the other hand, isolates that exhibited resistance to ceftriaxone were 2% accounting for 8/373. As for macrolides, 42% (106/250) showed resistance phenotypically, of which 10% harbored mphA gene. MDR isolates that possessed resistance genes were then further sequenced and characterized.
Benzer Tezler
- Cloning and characterization of Streptomyces clavuligerus meso-diaminopimelate decarboxylase (lysA) gene
Streptomyces clavuligerus mezo-diaminopimelik asit dekarboksilaz (lysA) geninin klonlanması ve karakterizasyonu
ÇİĞDEM YAĞCIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Streptomyces alboniger BA2'nin yeni doğal ürünlerinin karakterizasyonu ve biyolojik aktiviteleri
Characterization and biological activity of new natural products from Streptomyces alboniger BA2
EVLİN MIZRAKLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiDicle ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU İNCE BOSTANCI
- Genomic characterization of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates by pulsed field gel electrophoresis method
Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşların'da PFGE yöntemi ile genomik profil araştırması
NADER ALIPOUR GHORBANI
Doktora
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH YILDIZ
PROF. DR. RIZA DURMAZ
- Türkiye'de dolaşım gösteren sivrisinek orthoflavivirüslerinin kısmi genomik karakterizasyonu
Partial genomic characterization of mosquito orthoflaviviruses circulating in türki̇ye
TALAGBE WILFRID SEWADE
Doktora
Türkçe
2025
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGE ERİŞÖZ KASAP
DOÇ. DR. CEYLAN POLAT
- Trakya bölgesinde sivrisinek flavivirüslerinin tespiti ve kısmi genomik karakterizasyonu
Identification and partial genomic characterization of mosquito flaviviruses in Thrace region
CEREN ÖNCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH BÜLENT ALTEN
DOÇ. DR. KORAY ERGÜNAY