Cloning and characterization of Streptomyces clavuligerus meso-diaminopimelate decarboxylase (lysA) gene
Streptomyces clavuligerus mezo-diaminopimelik asit dekarboksilaz (lysA) geninin klonlanması ve karakterizasyonu
- Tez No: 153576
- Danışmanlar: PROF.DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Streptomyces clavuligerus, Gene cloning, DAP decarboxylase, Cephamycin C, antibiotic biosynthesis
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
oz STREPTOMYCES OLA VULIGERVS MEZO-DIAMINOPIMELIK ASIT DEKARBOKSİLAZ (LYSA) GENİNİN KLONLANMASI VE KARAKTERİZASYONÜ Yağcıoğlu, Çiğdem Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gülay Özcengiz Eylül 2004, 72 sayfa Streptomyces clavuligerus, da. a-aminoadipik asit (a- AAA) biyosentezi, antibiyotik üretiminde görev yapan sentetazlar için karbon akışını sağlayan önemli bir primer metabolik yoldur. Bu karbon akışı, aspartat metabolik yolunun Lizin-spesifik dalından gelmekte olup, organizmanın ürettiği ve ikincil kuşak sefalosporin olarak da bilinen sefamisin C biyosentezinde hız sınırlayıcıdır. Bu çalışmada, Streptomyces clccvııligerus NRRL 3585'in aspartik asit amino asit yolunun anahtar enzimlerinden birisi olan, mezo-diaminopimelik asit (DAP) dekarboksilaz (E.C.4.1.1.20)'ı kodlayan lysA geni ilk kez klonlanmış ve karakterize edilmiştir. lysA genini S. clavuligerus genomik DNAsının kütüphanelerini oluşturup bu kütüphaneleri homolog problama vıveya komplementasyon yaklaşımı ile tarama yöntemiyle klonlama çalışmaları olumlu sonuç vermemiştir.Bunun üzerine PCR'ı temel alan klonlama yöntemine başvurulmuş ve fysA geninin korunmuş bölgelerine karşılık gelen primer çiftleri kullanılarak genin birbiriyle çakışan bölgelerine sahip iki farklı parçası (620 ve 983 bp) PCR ile çoğaltılmıştır. Nükleotid dizi analizi sonuçlan eksiksiz bir open reading frame'in (ORF) varlığım göstermiştir. Bu ORF, 463 amino asitlik (Mr 49, 907) bir proteini kodlamaktadır. fysA geninin GC içeriği % 70.98 olarak belirlenmiştir. Gen sekansı
Özet (Çeviri)
ABSTRACT CLONING AND CHARACTERIZATION OF STREPTOMYCES CLAVULIGERUSMESO-DIAMINOV1MELATE DECARBOXYLASE (LYSA) GENE Yağcıoğlu, Çiğdem M.Sc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Gülay Özcengiz September 2004, 72 pages In Streptomyces clavuligerus, the route to the biosynthesis of a- aminoadipic acid (a-AAA) represents an important primary metabolic pathway providing carbon flux to the synthetases of antibiotic formation. This carbon flow comes through the lysine-specific branch of the aspartate pathway and is rate limiting in the formation of cephamycin C, a second generation cephalosporin produced by this organism. In this study, the lysA gene which encodes for an important key enzyme of aspartate pathway; meso-diaminopimelic acid (DAP) decarboxylase (E.C.4.1.1.20) catalyzing the conversion of diaminopimelate to lysine was cloned and IVcharacterized for the first time from S. clavuligerus NRRL 3585. The attempts to clone the gene by constructing libraries of S. clavuligerus genomic DNA and screening of the libraries either by homologous probing or complementation approach gave no positive results. Then, PCR-based cloning was taken as the approach and the gene was amplified with PCR using the primers derived from the conserved sequences of lysA genes in two fragments (620 and 983 bp) which had overlapping regions. Fragments were then cloned and nucleotide sequencing revealed a complete open reading frame (ORF) encoding a protein of 463 aa (Mr 49, 907). The GC content of the gene was identified as 70.98 %. The gene sequence showed 83 % identity to the sequence of S. coelicolor lysA gene and 81 % identity to S. avermitilis lysA gene. By comparing the amino acid sequence of this protein to those available in database, the sites of the enzyme important for catalysis were identified.
Benzer Tezler
- Cloning, characterization and heterologons expression of the aspartokinase and aspartate semialdehyde dehydrogenase genes from the cephamycin C producer streptomyces clavuligerus
Sefamisin C üreticisi streptomyces davuligerus'un aspartokinaz ve aspartat semialdehid dehidrojenaz genlerinin klonlanması, karakterizasyonu ve heterolog ekspresyonu
SEDEF TUNCA
Doktora
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
PROF. DR. JACQUELİNE PİRET
- Halofilik ve halotolerant aktinomisetlerin izolasyonu, karakterizasyonu, NRPS ve PKS Gen kümelerinin moleküler tanımlanması
Isolation, characterization of halophilic and halotolerant actinomycetes and molecular identification of their NRPS and PKS Gene clusters
DEMET TATAR
- Cloning and characterization of a lipase enzyme isolated from metagenomic libraries
Metagenomik kütüphanelerinden izole edilen bir lipaz enziminin klonlanması ve karakterizasyonu
FATMA FEYZA ÖZGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
- Cloning and characterization of novel NOD like receptors as cytoplasmic immune sensors
Sitoplazmik bağışıklık alıcıları olarak yeni NOD ailesi alıcıların klonlanması ve karakterizasyonu
YETİŞ GÜLTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Cloning and characterization of trehalose-6-phosphate synthase gene from Rhizopus oryzae
R. oryzae dan trehaloz-6-fosfat sentaz geninin klonlanmasi ve karakterizasyonu
GÜLSÜM EBRU ÖZER UYAR
Doktora
İngilizce
2009
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK HAMAMCI
PROF. DR. MERAL YÜCEL
