New protocol for scanning minor and major grooves along DNA to find best interaction mode with drug molecules
DNA molekülünün büyük ve küçük oluklarının tamamını tarayarak en iyı ligand ve DNA etkileşimini bulmak üzere metot geliştirilmesi
- Tez No: 712969
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ANTOINE MARION
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 148
Özet
Major and minor groove binder drugs could function as possible treatment agents in genetic disorders or cancer. DNA is recognized by different proteins during replication, translation, and transcription. Basically, by binding to the grooves of DNA, small drug molecules can change the helical structure of DNA, interfere with protein binding and prevent replication, translation or transcription. To alter and inhibit DNA - protein interactions, especially sequence specific ligands should be designed. Accordingly, we investigated the interactions of different anticancer drugs binding to specific DNA sequences via minor or major grooves by a novel, automatizated protocol as a combination of docking and molecular mechanics refinement. With this methodology, we obtained best interaction modes of the drug molecules with given DNA sequences and most preferred sequences.
Özet (Çeviri)
DNA'nın büyük ve küçük oluklarına bağlanan ilaçlar, kanser veya genetik hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır. Replikasyon, translasyon ve transkripsiyon sırasında, DNA farklı proteinler tarafından tanınır. Temel olarak, ilaç molekülleri DNA'nın oluklarına bağlanarak DNA'nın sarmal yapısını değiştirir ve replikasyon mekanizmasını engeller. Farklı DNA ve protein etkileşimlerini inhibe edecek yeni ilaçlar ve yöntemler geliştirmek için, farklı sekanslarla etkileşim gösteren spesifik moleküller geliştirilmelidir. Bu nedenle yeni geliştirdiğimiz hızlı protokol ile DNA moleküllerine ilaç yerleştirme ve moleküler mekanik ile farklı dizilerin küçük ve büyük oluklarının, farklı ligandlarla etkileşimleri incelenmiştir. Bu method ile, seçilen ilaçların DNA ile en iyi etkileşime sahip olduğu bağlanma konformasyonları ve seçici oldukları DNA sekansları elde edilmiştir.
Benzer Tezler
- HIV/AIDS olgularında kemik metabolizması ve kemik hastalıklarının yönetimi
Management of bone metabolism and bone diseases in HIV/AIDS cases
SEICHAN KETENTZI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiEge ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE DENİZ GÖKENGİN
- Titanyum implant yüzeylerinin hipokloröz asit ile detoksifikasyonu sonrası yüzey morfolojisinin değerlendirilmesi
Evaluation of surface morphology of titanium implant surfaces after detoxification with hypochlorous acid
İLAYDA GÜNEY
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2024
Diş HekimliğiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURAY ERCAN
- Akut pyelonefritli çocuklarda intravenöz kontrastlı power doppler sonografinin tanıya katkısı
Diagnostic value of intravenous contrast enhanced power doppler sonography in children with acute pyelonephritis
GONCA ERBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
Radyoloji ve Nükleer TıpGazi ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN ÖZDEMİR
- Yerel görünüm ve derin modeller kullanarak hibrit bir yüz tanıma yaklaşımı
A hybrid face recognition approach using local appearance and deep models
MERT ARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAZIM KEMAL EKENEL
- New approaches for the preparation of polymer/clay nanocomposites
Polimer/kil nanokompozitlerin hazırlanmasında yeni yöntemler
MUHAMMED AYDIN
