Geri Dön

Research on the cloning of a newly detected virus on grapevine and determination of genetic properties

Asmada belirlenen yeni bir virüsün klonlanması ve genetik özelliklerinin belirlenmesi üzerine araştırmalar

  1. Tez No: 714716
  2. Yazar: PRINCE-CHARLES KULEKEY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Secovirus, virus genom klonlama, yeni asma virüsü, karakterizasyon, Secovirus, virus genome cloning, new grapevine virus, characterization
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

Sosyo-ekonomik açıdan önemli bir ürün olan asma, çeşitli bitki hastalıklarına karşı hassas olup, bu durum verimde azalmaya neden olmaktadır. Bitki hastalıklarıyla etkin mücadele, öncelikle teşhis ve tanı işlemlerinin gerçekleştirilmesiyle sağlanır. Daha önceki araştırmalarda, bir HTS-Illumina dizileme verisi içerisinde Secoviridae familyasının dört viral RNA'sı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, bağlarda yeni tespit edilen bu viral etmenin mekanik taşınması, klonlanması ve biyoinformatik araçlar aracılığıyla genetik özelliklerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır. RT-PCR ve DNA elüsyonundan elde edilen viral transkriptlerin amplikonları, TA vektörlerine (pTZ57R/T) aktarılmış ve Top 10 bakteri hücresine transforme edilerek klonlanmıştır. RNA2 (tüm genom contig 1759) TA vektöründe (pTZ57R/T) klonlanmış ve sonuçta hedef viral dizi kopyaları varlığı vektörde kanıtlanmıştır, ancak klonlamadan sonraki dizileme sonuçları düşük benzerlik göstermiştir (farklı viral dizi bölgelerinde %44.43 ve %41.62 benzerlik). Ayrıca, biyoinformatik yoluyla illumina dizi verilerinin analizi, viral contig 1759'un hem Fabavirus hem de Comovirus'a benzerlik düzeyini ortaya koymuş, ancak Comovirus altında kategorize etmek için yeterli olmamıştır. Bu nedenle, yeni cins yaratılması gerektiği düşünülmektedir. Daha sonraki çalışmalarda, infektif virus klonları üretilerek Koch'un postulatları yerine getirilmelidir.

Özet (Çeviri)

Grapevine being socio-economically important commodity is sensitive to diverse plant diseases, causing reduction in yield. The effectiveness in managing these plant pathogens, is achieved by foremost carrying out identification processes. In view of the prior researches, four viral RNAs of Secoviridae family were newly sequenced by the rise of illumina in grapevine. This study aimed at mechanically transmitting, cloning the viruses and also analyzing genetic properties through bioinformatics tools. The amplicons of viral transcripts from RT-PCR and DNA elution were introduced in TA vectors (pTZ57R/T) cloned by transforming into Top 10 bacterial cells. The RNA2 (whole genome contig 1759) was cloned in TA vector (pTZ57R/T) and the outcomes revealed the presence and existence of the target sequence, signifying replicates of the viruses, however, the sequencing results after cloning were inconsistent (though, giving 44.43% and 41.62% match in different sequences). Also analysis on the illumina sequence data through bioinformatics portrayed the similarity level of the viral contig 1759 to both Fabavirus and Comovirus is not enough to categorize it under Comovirus therefore, there is the need for creation of new genus. This research for further studies, is at the verge of fulfilling Koch`s postulates whenever the infective virus clones are produced.

Benzer Tezler

  1. Kronik miyeloid lösemide CRISPR/CAS9 aracılı yeni nesil gen tedavisi

    A new generation gene treatment of chronic myeloid leukemia through the mediation of CRISPR/cas9

    MAKBULE NİHAN SOMUNCU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM

  2. Çiftlik hayvanlarında biyoteknolojiden yararlanma olanakları

    Başlık çevirisi yok

    TURGUT ALTUĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Veteriner HekimliğiEge Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA KAYMAKÇI

  3. Sigortada dağıtım ve tutundurma metodları

    Başlık çevirisi yok

    BANU GÖNENÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    SigortacılıkMarmara Üniversitesi

    Sigortacılık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN GÜRBÜZ

  4. Mekansal ve toplumsal açıdan katılım sorunsalı

    A spatial and social assessment of the participation problem

    SERRA ER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaYıldız Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE NUR ÖKTEN

  5. Bazı α,ß-konjuge karbonil bileşiklerinin diazobiskarbonil bileşikleriyle reaksiyonları

    Reactions of α,ß-conjugated carbonyl compounds with diazobiscarbonyl compounds

    GÖKÇE MEREY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. OLCAY ANAÇ