Bisfenol türevlerinin asetilkolinesteraz enzimi üzerindeki inhibisyon etkisinin in vitro ve in silico modellenmesi
In vitro and in silico modelling of inhibitory effects ofbisphenol derivatives on acetylcholinesterase enzyme
- Tez No: 714945
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Bisfenol türevleri, imalat endüstrisinde kullanılan sentetik organik bileşiklerdir. Bisfenol A (BPA), özellikle plastik malzemelerde bulunan ve dünyanın hemen hemen tüm ekosistemleri için tehlikeli ve yaygın bir kirleticidir. Bisfenol S (BPS), BPA'nın çevre dostu bir alternatifi olarak sunulmuştur ve geniş bir kullanım alanına sahiptir. Bu çalışmada, BPA ve BPS'nin Electrophorus electricus'un asetilkolinesteraz enzimi üzerindeki inhibitör etkisini araştırmak için Ellman'ın yöntemi kullanılmış ve BPA ve BPS'nin bu enzim üzerindeki inhibitör etkilerinin moleküler mekanizmasını ortaya çıkarmak için AutoDock Tools 1.5.6 ve UCSF Chimera1.14, UCSF ChimeraX 1.2.5 ve CB-Dock 12/2020 kullanılarak moleküler kenetleme analizi yapılmıştır. Daha sonra, bazı çevrimiçi araçlar ve, MEGA7 ve Jalview yazılımı ile AChE için homoloji testi tamamlandı. Her iki ksenobiyotik için inhibisyon modeli, tam yarışmasız tiptedir. BPA'nın W286, Y124, Y341, Y337, F338, F297 ve I294 ile hidrofobik etkileşimler oluşturduğu bulunmuştur. W286 ile pi-pi yığınlaması da yapmaktadır. BPA, Y72 ile hidrojen bağı kurmaktadır. BPS, W286, Y337, F338, F297 ve G121 ile hidrofobik etkileşimlere sahiptir. Ayrıca Y124 ve F297 ile pi-pi yığınlamasına sahiptir. Analiz sonuçları, BPS ile R296, S203 ve Y124 arasında hidrojen bağları olduğunu ortaya koymuştur ve bu BPS'nin enzime bağlanmasının BPA'dan daha güçlü olduğu şeklinde yorumlanmıştır. Yöntemin diğer bölümlerinde, teleost balıkların AChE protein dizileri hizalandığında, α/β hidrolaz alanındaki dar geçit gibi kritik kısımlarda yüksek yüzde tanımlamalarla %80'in üzerinde özdeşlik tespit edildi. Bu gerçek, BPA ve BPS'nin çeşitli ekosistemlerdeki diğer teleost balık türlerinin AChE'leri üzerinde aynı veya çok benzer inhibitör etkilerini önermek için destekleyici veriler olarak kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Bisphenol derivatives are synthetic organic compounds employed in the manufacturing industry. Bisphenol A (BPA) is a dangerous and common pollutant, which is found, especially, in plastic materials, for almost all ecosystems of the world. Bisphenol S (BPS) was presented as an environmentally-friendly alternative of BPA and it has a wide usage area. In this study, Ellman's method was used to investigate the inhibitory effect of BPA and BPS on acetylcholinesterase of Electrophorus electricus and molecular docking analysis were run by using AutoDock Tools 1.5.6 and UCSF Chimera1.14, UCSF ChimeraX 1.2.5 and CB-Dock 12/2020 to uncover the molecular mechanism of inhibitory effects of BPA and BPS on this enzyme. Then, homology testing for AChE was completed by some online tools and MEGA7 and Jalview software. The inhibition model for both of the xenobiotics was full-noncompetitive type. It was found that BPA formed hydrophobic interactions with W286, Y124, Y341, Y337, F338, F297 and I294. It had pi-pi stacking with W286, too. BPA formed hydrogen bond with Y72. BPS had hydrophobic interactions with W286, Y337, F338, F297 and G121. It, also, had pi-pi stacking with Y124 and F297. Analysis results stated that there were hydrogen bonds between BPS and R296, S203 and Y124, which might be interpreted that the binding of BPS to enzyme was stronger than BPA. In further parts of the method, when the AChE protein sequences of teleost fishes were aligned, over 80% identity with high percent identifications at critical parts, such as the narrow gorge in α/β hydrolase domain, were detected. This fact was used as supportive data to suggest the same or very similar inhibitory effects of BPA and BPS on AChEs of most other teleost fish species from diverse ecosystems
Benzer Tezler
- Bisfenol türevlerinin PAN katkılı nanofiberlerin üretimi ve kromat ekstraksiyonda kullanılması
Production of PAN-added nanofibers and use of bisphenol derivatives in chromate extraction
MUSTAFA MOHAMMED KAREEM KAREEM
- Bisfenol türevlerinin oksidatif stres parametreleri üzerine etkilerinin HEPG2 hücrelerinde karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Comparative evaluation of oxidative stress parameters the effects on bisphenol derivatives in HEPG2 cells
BÜŞRA ÖZYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜLFET PINAR ERKEKOĞLU
- Bisfenol A ve türevlerinin toksisitelerinin insan prostat normal hücre hattında değerlendirilmesi
Evaluation of toxicity of bisphenol A and derivatives in human prostate normal cell line
ÖZGE KÖSE
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELMA GÜMÜŞEL
- Bir üniversite hastanesinde doğan yeni doğanların kordon kanında bisfenol-A, F, S ile tiroit stimulan hormon ve serbest T4 hormonu düzeylerinin belirlenmesi
Detection of bisphenol-A, F, S and thyroid stimulating hormone and free T4 hormone levels in cord blood in a university hospital, public health specialization thesis
MERVE BÜKE ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Halk SağlığıHacettepe ÜniversitesiHalk Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAVİT IŞIK YAVUZ
- Bisfenol A ve S'nin sıçan gastrointestinal sistemindeki histopatolojik etkileri ve idrar kütle spektrometrik değerlendirilmesi
The evaluation of histopathologic effects of Bisphenol A and S on gastrointestinal systems of rats and their urinary mass spectrometric results
ABDULLAH MAHİROĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Histoloji ve EmbriyolojiGaziantep ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURAY BOSTANCIERİ