Identification of Signatures of Tissue-Specific Gene Expression in Bos Taurus
Sığırda (Bos Taurus) Dokuya-Özgü Gen Ekspresyonlarinin Belirlenmesi
- Tez No: 732950
- Danışmanlar: PROF. DR. CHRIS CREEVEY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Genetik, Veteriner Hekimliği, Science and Technology, Genetics, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Aberystwyth University / Prifysgol Aberystwyth
- Enstitü: Prifysgol Aberystwyth
- Ana Bilim Dalı: Yurtdışı Enstitü
- Bilim Dalı: Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 230
Özet
'Omic' bilimlerindeki son gelişmeler sayesinde birçok sığır dokusundan büyük miktarlarda transkriptomik bilgi üretilmiştir. Buna rağmen, sınırlı sayıda çoklu doku çalışması yapılmış olup ekonomik ve fonksiyonel olarak hayatı olabilecek dokular arasındaki benzerlikler ve farklılıklar hala tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışma adipoz, beyin, endometrium, karaciğer ve kas gibi beş temel sığır dokusuyla yapılacak genomik seçim çalışmalarında performans artışları için hedeflenebilecek genleri belirlemeyi amaçlamıştır. Bu amaçla Galaxy yazılım platformu, uluslararası dergilerde yayınlanan çalışmalardan toplanan RNA-Seq verilerinin kalite kontrolü, hizalamaları ve nicelleştirilmesini içeren analizleri gerçekleştirmek için kullanıldı. İstatistiksel yazılım DESeq2 paketi, doku numuneleri arasında farklı şekilde eksprese edilen genlerin istatistiksel analizini gerçekleştirmek için kullanıldı ve dokuya özgü gen ekspresyonlari tanımlandı. Analiz edilen beş doku arasında, beynin en fazla sayıda (2278 özgün gen); yağ dokusunun ise en az sayıda dokuya-özgü gene (344 özgün gen) olduğunu bulduk. Bu çalışmada, CDC42, NEFL, SELE, TOP2A ve ACTB gibi en fazla doku özgüllüğünü gösteren genlere özellikle dikkat edildi. Ayrıca PRL, ABCG2, TG, STAT5A, MC4R ve CAST gibi biyomarker olarak kullanılan genlerin tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) de belirlendi. Genel olarak dokuya-özgü genlerin tanımlanması, bu genlerin benzersiz moleküler işlevleri ve biyolojik süreçleri, bu beş dokunun ayırt edici transkriptomik profillerinin ortaya çıkmasını sağladı. Bu çalışma ile tanımlanmış genlerden bilinen SNP'lere dayalı genomik seçimin, arzu edilen dokuya özgü fenotipleri elde etmek için gelecekteki ıslah programlarına dahil edilmesi için faydalı olabileceği önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Large amounts of transcriptomic information from many bovine tissues have been produced thanks to recent improvements in 'omic' sciences. Despite this, few multi-tissue studies have been conducted and as a result, the similarities and differences between tissues that may be economically and functionally vital still remain poorly understood. This study aimed to address this, by identifying genes that could be targeted in genomic selection studies for increases of performance related to five bovine tissues such as adipose, brain, endometrium, liver and muscle. The Galaxy software platform was used to carry out analyses, which included quality control, alignments and quantification of RNA-Seq data, which was collected from published experiments from all around the world. Statistical software DESeq2 package was used to carry out statistical analysis of differentially expressed genes across tissue samples and tissue-specific gene expression was identified. We found that the brain was contained the largest numbers of tissue-specific genes (2278 unique genes), while adipose had the least (344 unique genes) among five tissues analysed. In this study, particular attention was given to the genes that showed the greatest tissue-specificity including CDC42, NEFL, SELE, TOP2A and ACTB. Additionally, single nucleotide polymorphism (SNP) of genes that have been used as biomarkers, such as PRL, ABCG2, TG, STAT5A, MC4R, and CAST were identified. Overall, identification of tissue-specific genes, unique molecular functions and biological processes of these genes revealed distinctive transcriptomic profiles of these five tissues. We propose that genomic selection based on known SNPs from these identified genes may useful for incorporating into future breeding programmes to obtain desired tissue-specific phenotypes.
Benzer Tezler
- Survival analysis and its applications in identifying genes, signatures, and pathways in human cancers
Gen, im ve yolak saptanmasında sağkalım analizi ve uygulamaları
AYŞE ÖZHAN
Doktora
İngilizce
2021
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- In silico validation of a prognostic mRNA signature in gastric cancer and identification and validation of novel gastric tissue specific reference genes for quantitative PCR
Gastrik kanserde prognostik mRNA imzalarının in silico olarak doğrulanması ve kantitatif PCR için gastrik doku spesifik, özgün referans genlerin tanımlanması ve doğrulanması
MARZANA ISHRAQ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Kolorektal kanserde transkriptomik meta analiz ve yeni biyobelirteçlerin keşfi
Transcriptomic meta-analysis and discovery of new biomarkers in colorectal cancer
HAKIIMU KAWALYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Transcript variants of CELF2 gene as unique prognostic indicators in breast cancer
Meme kanserinde CELF2 geninin özel prognostik göstergeler olarak transkrip çeşitleri
SHİLA AZİZOLLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. ALİ OSMAY GÜRE
- Identification of epigenetic changes in prostate tissues with premalignant characteristics
Premalign özellikli prostat dokularında epigenetik değişikliklerin karakterizasyonu
CEREN ŞEREF
Doktora
İngilizce
2020
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NATHAN LACK