In silico validation of a prognostic mRNA signature in gastric cancer and identification and validation of novel gastric tissue specific reference genes for quantitative PCR
Gastrik kanserde prognostik mRNA imzalarının in silico olarak doğrulanması ve kantitatif PCR için gastrik doku spesifik, özgün referans genlerin tanımlanması ve doğrulanması
- Tez No: 686807
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Gastrik adenokarsinom erken evrelerinde teşhis edilmediğinde feci sonuçlara neden olabilen, moleküler ve histolojik olarak heterojen bir neoplazmdır. Gastrik kanser oranlarındaki küresel düşüş içerisinde, gastrik adenokarsinom tüm kanser türleri arasında en yaygın 5.en kötü sonucu olan 4. malignite olmaya devam etmektedir. Muazzam heterojenliği nedeniyle gastrik kanserde öngörücü ve prognostik biyobelirteçler oldukça limitli sayıdadır. Gastrik kanser için özgün biyobelirteçlerin tanımlanması gelişmekte olan bir alandır. Daha önce laboratuvarımızda, gastrik kanser hastalarını kötü ve iyi prognozlar olarak başarıyla sınıflandıran 20 gen mRNA imzası geliştirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 20 genden oluşan bu listeyi, hastaları benzer kümelere başarılı bir şekilde sınıflandıracak beş gen imzasına indirgemeye çalıştık. Bu 5 gen HEYL, CALD1, ACTA2, TAGLN ve TPM2 olarak bulgulandı. Tez çalışmasının ikinci yarısı, gastrik dokuya özgü bir dizi referans genin yüksek verimli gen ifadelenmesi veri analizi ile tanımlanmasına odaklanmaktadır. En yaygın kullanılan referans genler, kanser dokularında değişken ifadeye sahiptir ve bu kanser araştırmalarında sıklıkla tekrarlanabilirlik ile ilgili soruna yol açmaktadır. Belirli bir doku tipindeki stabil transkriptlerin listesini tanımlayan bir algoritma dizayn etmeyi amaçladık. Hem normal hem de kanserli gastrik dokuda stabil ifadelenme gösteren 3 geni, EWSR1, SF1 ve HNRNPK olarak, in silico çalışmalarla belirledik. Gastrik tümöre ve bitişik normal dokuya ait RNA kullanılarak gerçekleştirilen ex vivo doğrulama deneyleri, GAPDH ve B2M ile karşılaştırıldığında bu 3 genin etkinlikleri açısından umut vaad ettiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Gastric adenocarcinoma is a molecularly and histologically heterogeneous neoplasm with a predictively disastrous outcome if undiagnosed at early stages. Amidst global declines of gastric cancer rates, it remains the 5th most common malignancy with the 4th worst outcome of all cancers. Predictive and prognostic clinical biomarkers are scarce in gastric cancer due to its immense heterogeneity. Identifying novel biomarkers for gastric cancer is an emerging field. Previously in our lab, a 20 gene mRNA signature was developed which successfully stratified gastric cancer patients into poor and good prognosis. In this thesis, we attempted to shorten this list to a five gene signature which will successfully stratify patients into similar clusters as the 20 genes. The 5 genes being, HEYL, CALD1, ACTA2, TAGLN and TPM2. Moreover, we validated the efficacy of our 5-gene signature to stratify patients based on their prognoses in silico. The second half of the thesis focuses on identifying a set of gastric tissue specific reference genes by analyzing high-throughput gene expression data. Most commonly used reference genes are known to have varying expression in cancer tissue which often leads to an issue with reproducibility in cancer research. We aimed to design an algorithm which identifies a list of stable transcripts within a particular tissue type. We identified 3 genes EWSR1, SF1 and HNRNPK which showed stable expression throughout gastric tissue, both in normal and cancer in silico. Ex vivo validation experiments using gastric tumor and adjacent normal RNA show promise for the efficacy of our genes compared to GAPDH and B2M.
Benzer Tezler
- Prediction of prognosis and chemosensitivity in gastrointestinal cancers
Gastrointestinal kanserlerde prognoz ve tedavi cevabı tahmini
SEÇİL DEMİRKOL
Doktora
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Bisfenol a ile ilişkili meme kanseri gelişiminde rol oynayan aday tanısal genlerin ın sılıco olarak tanımlanması ve doğrulanması
In silico identification and validation of candidate diagnostic genes involved in bisphenol a-associated breast cancer development
MERVENUR AKKUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAMİD CEYLAN
- Transcript variants of CELF2 gene as unique prognostic indicators in breast cancer
Meme kanserinde CELF2 geninin özel prognostik göstergeler olarak transkrip çeşitleri
SHİLA AZİZOLLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. ALİ OSMAY GÜRE
- Identification of theranostic gene markers in cancers and prognostic validation in colorectal cancer
Kanserde prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen gen belirteçlerinin belirlenmesi ve kolorektal kanserde prognoz belirteçlerinin doğrulama çalışması
MURAT İŞBİLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Insan pankreas kanserinin biyoinformatik araçlar ile genom boyu ifade analizi
Genome wide expression analysis of human pancreatic cancer with bioinformatics tools
LÜTFİYE KADIOĞLU DALKILIÇ