Klinik örneklerden izole edilen candida norvegensis izolatlarının moleküler epidemiyolojisi, virülans faktörleri ve antifungal duyarlılık paternlerinin araştırılması
Investigation of the molecular epidemiology, virulance factors and antifungal sensitivity patterns of candida norvegensis isolates isolated from clinical samples
- Tez No: 734354
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATMA MUTLU SARIGÜZEL, PROF. DR. AYŞE NEDRET KOÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 135
Özet
Amaç: Candida norvegensis özellikle immunsuprese bireylerde, başta solunum yolu enfeksiyonları olmak üzere çeşitli enfeksiyonlara neden olmaktadır. Flukonazole karşı azalmış duyarlılık göstermesiyle son zamanlarda önemi gittikçe artan bu patojen, fenotipik açıdan Candida inconspicua ile yüksek düzeyde benzerlik gösterdiği için konvansiyonel tanı yöntemleriyle bu iki türün ayrımında çoğunlukla hatalı tanımlamalar olmaktadır. Bu çalışmada, çeşitli örneklerden izole edilen C. norvegensis izolatlarının moleküler epidemiyolojisi, virülans faktörleri ve antifungal duyarlılık paternlerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Gereç ve yöntem: Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri'nde Ocak 2015-Temmuz 2021 tarihleri arasında takip edilmiş 40 hastadan alınan klinik örnekler çalışmaya dahil edildi. İzolatlar rutin konvansiyonel yöntemlerle tanımlandı. Ayrıca, rutin tanımlamada bulunmayan eskülin hidroliz aktivitesi de değerlendirildi. Bu izolatlardan 30 tanesi için rDNA'daki üç gen bölgesi kullanılarak dizi analizi gerçekleştirildi. Evrimsel yakınlığın belirlenmesi için çalışmadaki suşlarla birlikte Genbank veri tabanında kayıtlı Pichia captophilia kladındaki bazı referans suşlar ve dış grup olarak C. krusei referans suşu kullanılarak neighbour-joining yöntemiyle filogenetik ağaç oluşturuldu. Virülans faktörleri fenotipik olarak araştırıldı. Suşların MİK (Minimum inhibitör konsantrasyon) değerleri, CLSI M60-Ed2 rehberinin önerdiği sıvı mikrodilüsyon ve kolorimetrik temelli Sensititre™ YeastOne™ AST Plate (Thermo Fisher Scientific™, ABD) ticari mikrodilüsyon yöntemleriyle belirlendi. Verilerin analizinde SPSS v28.0 (IBM Co, New York, ABD) programı kullanıldı.Değişkenlerin ortalama, ortanca ve yüzde değerleri hesaplandı. Kategorik değişkenler için“Fisher exact ki kare”ve“ki kare”testleri; parametrik olmayan sayısal değişkenler için ise“Wilcoxon T”testi kullanıldı. p
Özet (Çeviri)
Objective: Candida norvegensis causes various infections, especially respiratory tract infections, in particular immunosuppressed individuals. This pathogen, which has become increasingly important recently due to its decreased susceptibility to fluconazole, has a high level of similarity with Candida inconspicua in terms of phenotypic, so there are often erroneous definitions in the distinction of these two species by conventional diagnostic methods. In this study, it was aimed to evaluate the molecular epidemiology, virulence factors and antifungal sensitivity patterns of C. norvegensis isolates isolated from various samples. Materials and methods: Clinical samples taken from 40 patients followed in Erciyes University Medical Faculty Hospitals between January 2015 and July 2021 were included in the study. Isolates were identified by conventional methods in the routine diagnostic process. In addition, esculin hydrolysis activity, which is not included in the routine identification, was also evaluated. Sequence analysis was performed for thirty of all isolates using three gene regions in the rDNA. In order to determine evolutionary closeness was used to the neighbor-joining method. Phylogenetic tree was created using some reference strains from the clade Pichia captophilia registered in the Genbank database, together with the strains in the study, and the C. krusei reference strain as the outgroup. Virulence factors were investigated by phenotypically. MIC (Minimum inhibitory concentration) values of the strains were obtained by broth microdilution and colorimetric-based Sensititre™ YeastOne™ AST Plate (Thermo Fisher Scientific™, USA) commercial microdilution methods recommended by the CLSI M60-Ed2 guideline. SPSS v28.0 (IBM Co, New York, USA) program was used in the analysis of the data. Mean, median and percentage values were calculated for the variables.“Fisher exact chi-square”and“chi-square”tests for categorical variables;“Wilcoxon T”test was used for non-parametric numerical variables. A p value of
Benzer Tezler
- Non-albicans candida türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Molecular typing of non-albicans candida species and determination of antifungal susceptibilities
HULUSİ GÜVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FİLİZ ORAK
- Klinik örneklerden izole edilen candida'ların karakterizasyonu ve antifungal duyarlılıkları
Characterization and antifungal susceptibilities of candida species isolated from clinical samples
MİNE AYDIN KURÇ
- Klinik örneklerden izole edilen candida suşlarının PCR-RFLP yöntemiyle identifikasyonu
Identification of candida strains isolated from clinical samples by using PCR-RFLP method
HAMDULLAH SUPHİ BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiMustafa Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİZAMİ DURAN
- Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans türlerinde virulans faktörlerinin fenotipik ve genotipik olarak araştırılması
Investigation of virulence factors of Candida albicans species isolated from clinical specimens phenotypically and genotypically
DENİZ TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ KİRAZ
- Klinik örneklerden izole edilen candida suşlarının başlıca antifungallere duyarlılıklarının araştırılması
Başlık çevirisi yok
SANİYE DİLEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1994
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıUludağ ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı