Implementation of krona into QIIME 2
Krona'nın QIIME 2 için uyarlanması
- Tez No: 735054
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Microbiology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Mikrobiyom çalışmaları temel olarak iki farklı yaklaşım kullanır: metagenomik veya amplicon analizi. Metagenomik analiz tüm genom shotgun yöntemi üzerine temellendirilmiştir. Türlere ve suşlara ulaşabilecek taksonomik çözünürlük elde etmek mümkündür; fakat yüksek işlem gücü gerektirmektedir ve maliyetlidir. Amplikon analizinde 16S, 18S, ITS gibi marker genler kullanılarak sekanslar tanımlanmaktadır. Bu genler yüksek oranda korunumludur; fakat aşırı değişken bölgeler içermektedir, bu sayede araştırmacılar cins seviyesine kadar taksonomik çözünürlük elde edebilmektedir. Bu yaklaşımın dezavantajı PCR sapması sebebiyle yüksek hata oranı olmasıdır. QIIME 2 amplikon analizi için birçok eklentiden oluşan bir araçtır. QIIME 2 ekibi, üçüncü tarafların yeni eklentiler geliştirebilmesi ve bunları topluluk ile paylaşabilmesi için merkezi olmayan bir geliştirme yaklaşımına sahiptir. QIIME 2'de görselleştirmeler için farklı seçenekler bulunsa da tek bir örnek için özellikler tablosunun içeriğini görselleştirmeye yönelik bir araç bulunmamaktadır. Öte yandan Krona, hiyerarşik verileri çok katmanlı pasta grafikleri olarak görselleştirebilen bir araçtır. Bu görselleştirme talep ediliyor olsa da QIIME 2 ve Krona aynı veri formatlarını paylaşmadığı için bu basit bir görev değildir. Çalışmada amplikon analizi sırasında ek bir komut dosyası veya manipülasyon olmadan QIIME 2 ile elde edilen analiz sonuçlarının kolayca görselleştirilebilmesi için QIIME 2 çıktılarını Krona'ya aktaracak bir eklentinin geliştirilmesi hedeflenmiştir.
Özet (Çeviri)
Microbiome studies mainly use two different approaches: metagenomic and amplicon analysis. The metagenomic analysis is based on a whole-genome shotgun approach. It is possible to acquire taxonomic resolution to species and strain level but requires high computational power and is expensive. In the amplicon analysis approach, marker genes like 16S, 18S, and ITS are used to identify the sequences. These genes are highly conserved but contain hypervariable regions, allowing researchers to acquire taxonomic resolution at the genus level. The downside of this approach is due to the biases introduced with PCR and its high error rate. QIIME 2 is a tool consisting of many plugins for amplicon analysis. QIIME 2 team has a decentralized development approach so that third parties can develop new plugins and share them with the community. Although there are different options for visualizations in QIIME 2, there is no tool for visualizing the contents of the features table for a single sample. On the other hand, Krona is a tool that visualizes hierarchical data as multi-layered pie charts. While this visualization is desired, it is not a straightforward task, as the QIIME 2 and Krona do not share the same data formats. This study aims to fill this gap by developing a plugin that will transfer QIIME2 outputs into Krona to ease the visualization of QIIME 2 analysis results with Krona without additional script or manipulation during amplicon analysis.
Benzer Tezler
- Başlangıç çürük lezyonlarında farklı içerikli materyallerin mineye etkisinin in-vitro değerlendirilmesi
İnvitro evaluation of the effect on enamel of different materials at white spot lesions
RABİA BİLGİÇ
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2016
Diş HekimliğiAtatürk ÜniversitesiRestoratif Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİLGÜN AKGÜL
- Aşırı madde kayıplı süt azı dişlerinin restorasyonlarında prefabrik kompozit kronların klinik başarısının değerlendirilmesi
The clinical evaluation of prefabricated composite crowns in restorations of severely decayed primary molar teeth
NEZATE DADAKOĞLU
- Sincap kafesli asenkron makinenin rotor alan yönlendirmeli kontrolü
Rotor field-orientation control of a squirrel cage induction machine
SAFFET ALTAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. M. EMİN TACER
- Public perception towards children's COVID-19 vaccination with natural language processing
Doğal dil işlemeyle çocukların COVID-19 aşısına ilişkin kamuoyu algısı
ELİF DELİCE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Mühendislik Bilimleriİstanbul Medipol ÜniversitesiSağlık Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN TOZAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİS ALMULA KARADAYI
- Design, implementation, and evaluation of a process-based peer observation model for online instructors teaching English as a foreign language in higher education
Yüksek öğrenimde İngilizceyi yabancı dil olarak öğreten çevrimiçi eğitmenler için süreç temelli bir akran gözlem modelinin tasarımı, uygulanması ve değerlendirilmesi
VOLKAN İNCEÇAY
Doktora
İngilizce
2022
Eğitim ve ÖğretimYeditepe Üniversitesiİngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KENAN DİKİLİTAŞ