Tordylium L. (Apiaceae) cinsine ait taksonların kloroplast trnL intron ve trnL-F IGS bölgelerine dayalı moleküler sistematik analizi
Molecular systematic analysis of Taxa tordylium L. (Apiaceae)based on chloroplast trnL intron and trnL-F IGS regions
- Tez No: 735603
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇETİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Filogeni, Kloroplast DNA, Tordylium, Umbelliferae, Chloroplast DNA, Phylogeny Tordylium, Umbelliferae
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Apiaceae familyasında yer alan Tordylium L. cinsi Türkiye'de 18 tür ile temsil edilmektedir. Bu çalışmada, ülkemizde yayılış gösteren Tordylium cinsine ait türlerin cpDNA trnL intron ve trnL-trnF dizilerine dayalı moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Tordylium cinsine ait örnekler 2015-2021 yıllları arasında yapılan arazi çalışmaları ile doğal habitatlarından toplanmıştır. Örnekler silika jel içinde kurutularak muhafaza edilmiştir. DNA izolasyonları ticari DNA izolasyon kiti kullanılarak yapılmıştır. cpDNA trnL intron, tRNA-(Leu) ve tRNA(Phe) genler arası bölgenin çoğaltılması için trnL-c (5ˈCGAAATCGGTAGACGCTACG3ˈ) ve trnL-f (5ˈATTTGAACTGGTGACACGAG3ˈ) primerleri kullanılmıştır. Elde edilen dizilerin işlenmesi için Bioedit programı, dizilerin hizalanması için ClustalW programı kullanılmıştır. Kontrol edilmiş ve hizalanmış bu diziler nexus formatına MEGA programı ile dönüştürüldükten sonra PAUP* 4.0a152 ve Mr. Bayes v.3.2.7 programları kullanılarak filogenetik ağaçlar elde edilmiştir. Heracleum, Pastinaca ve Angelica cinslerine ait taksonlar dış grup olarak seçilmiştir. Bu çalışma ile Tordylium cinsinde yer alan taksonların filogenetik akrabalık ilişkileri incelenmiştir. Tordylium cinsine ait türlerin trnL intron ve trnL/F genler arası bölgesinin uzunluğu 880bç ile 930bç arasında değiştiği görülmüştür. Tordylium cinsine ait türlerin trnL intron ve trnL-F genler arası bölgesinde biriken mutasyonlar (indel, transisyon, transversiyon) ayrıntılı olarak incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
The genus Tordylium L. is placed in the Apiaceae, and it consists of 18 species in Turkey. Molecular systematics analysis of Tordylium based on cpDNA trnL intron ve trnL-trnLF sequences has been conducted. Species belongs to the genus Tordylium have been collected from natural habitats between 2015-2021 vegetation season. Collected samples have been dried and stored in silica gel. Genomic DNAs have been extracted using plant DNA isolation kit. The chloroplast intergenic spacer between tRNA(Leu) and tRNA(Phe) region have been amplified using trnL-c/trnF-f universal primers. Alignment of the ITS sequence has been done with Bioedit software and then aligned using ClustalX with the default parameters. Aligned sequences have been converted to nexus format using MEGA 6.0. Then PAUP* 4.0a152 have been used to construct the phylogenetic tree. Heracleum, Pastinaca L., Angelica have been used as outgroups. Within this research, phylogenetics analyses of Tordylium taxa have been conducted to detect relationship between species and phylogenetic relationships of genera in Tordylieae tribe were investigated. Among the examined species for trnL intron and trnL/F sequence variation, the length of the trnL intron and trnL/F regions varied from 880 to 930 base pairs. Accumulated mutations (indel, transition, transversion) in the trnL intron and the trnL-F intergeneric region were examined in detail. When the phylogenetic tree obtained using the trnL intron and the trnL-F intergeneric region has been examined, it has been observed that morphologically similar species were grouped together.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yayılış gösteren Heracleum L. (Apiaceae) cinsine ait taksonların nrDNA ITS ve cpDNA trnL ıntron ve trnL-F IGS bölgelerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of Heracleum L. (Apiaceae) taxa in Turkey based on nrDNA ITS and cpDNA trnL intron and trnL-F IGS sequences
LEYLA GÜRLÜK KIZILÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇETİN
- Halk Arasında Kullanımı Olan ve Trakya'da Yetişen Apiaceae Familyası Üyeleri Üzerinde Farmasötik Botanik Araştırmalar
Pharmaceutical Botany Investigations on Apiaceae Plants Which Have Recorded Usages and Growing in Thrace Region
ÇAĞLA KIZILARSLAN HANÇER
Doktora
Türkçe
2016
Botanikİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Botanik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE AKALIN URUŞAK
- Acıpayam Tarım İşletmesi meralarında bazı organik kökenli materyal kullanımı ve üstten tohumlamanın botanik kompozisyonuna, verime ve toprağa organik etkileri üzerine bir araştırma
An Investigation of effects of some organic materials and broadcasting on botanical composition, yield and organic materials of soil of Acıpayam State Farm Rangers
HALİL KIYBAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. UĞUR BÜYÜKBURÇ
- Altınbeşik Mağarası Milli Parkı'nın (İbradi-Akseki/Antalya) flora ve vejetasyonu
Flora and vegetation of Altınbeşik Cavern National Park (İbradi-Akseki/Antalya)
İLKER ÇİNBİLGEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUSTAFA GÖKÇEOĞLU
- Trakya bölgesinde selektörden önce ve sonra buğday ürününe karışan yabancı ot tohumlarının ve yoğunluklarının belirlenmesi
Determination of presence and incidence of weed seeds in wheat before and after treatment in wheat in Thrace region
MİNE ÖZKİL