Characterization of patient-derived colorectal cancer organoids
Hasta kaynaklı kolorektal kanser organoidlerinin karakterizasyonu
- Tez No: 741168
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
Hassas onkoloji, her hasta için ayrı ve etkili tedaviler bulmayı amaçlamaktadır. Hastadan türetilen tümör ksenogreftleri (PDTX'ler) gibi klinik öncesi modeller, tedavi yanıtlarını tahmin etme konusunda birçok teknik sorun sunmaktadır. Hasta kaynaklı organoidler (PDO'lar) ise kişiselleştirilmiş tıp için umut vaat etmektedir. PDO'lar, bireysel kanser hastalarından elde edilebilen ve orijinal tümörün morfolojik ve genetik özelliklerini 3D kültür sistemleri arasında özetleyebilen yapılardır. Bununla birlikte, standartlaştırılmamış ve kötü tanımlanmış kültür prosedürleri, kanser organoid araştırmalarında eksikliktir. Bu çalışma, kurum içi bir protokol kullanarak kolorektal kanser hastalarının organoidlerini oluşturmayı ve orijinal dokuya histolojik ve genetik benzerlikleri göstermeyi amaçlamaktadır. Hasta onamı alındıktan sonra, 18 yaş üstü kolorektal kanser hastalarından (n=17) taze doku rezeksiyonu örnekleri (tümör ve kanserli olmayan komşu örnekler) alınmıştır. Dokuların mekanik ve kimyasal parçalanmasından sonra, hücreler sayılarak matrigel içine gömülmüştür. Sonuç olarak, tümör biyopsilerinden ve sağlıklı dokulardan %90'ın üzerinde başarılı oranlarda organoidler üretebildik. Bağımsız bir patoloji danışmanına göre, organoidler orijinal tümör örneklerinde olduğu gibi kribriform yapı gibi CRC özelliklerine sahipti. Son olarak, biyoinformatik analiz, hasta ve eşleşen hastalık modelinin, özellikle tümörün iyi tanınan mutasyona uğramış genleriyle ilgili mutasyonlar için benzer somatik mutasyon profillerini paylaştığını göstermiştir. Bu nedenle, kurum içi optimizasyonlarımız bize PDO kurulumu için sağlam ve verimli bir protokol sunmuş ve bunları kişiselleştirilmiş tedavi yaklaşımlarında bir araç olarak uygun bir şekilde kullanmayı mümkün kılmıştır.
Özet (Çeviri)
Precision oncology aims to find effective treatments for each patient individually. Preclinical models, such as patient-derived tumor xenografts (PDTXs), present a lot of technical issues with regard to predicting therapy responses. Patient-derived organoids (PDOs) offer promise for personalized medicine. PDOs are structures that can be obtained from individual cancer patients and can recapitulate morphological and genetic features of the original tumor among the 3D culture systems. However, non-standardized and ill-defined culture procedures are a lack of in cancer organoid research. This study aims to establish the organoids of colorectal cancer (CRC) patients by using an in-house protocol and to demonstrate histological and genetic similarities to the original tissue. After obtaining patient consent, fresh tissue resection samples (tumor and non-cancerous adjacent counterparts) were acquired from colorectal cancer patients (n=17) over the age of 18. Cells were counted and embedded in matrigel after mechanical and chemical dissociation of tissues. As a result, we were able to generate organoids from tumor biopsies and healthy tissues with over %90 successful rates. According to an independent pathology consultant, organoids have characteristics of CRC such as cribriform structure as in their original tumor samples. Finally, bioinformatics analysis demonstrated that a patient and matching disease model share similar somatic mutation profiles, particularly for mutations pertaining to well-recognized mutated genes of the tumor. Therefore, our in-house optimizations have provided us with a robust and efficient protocol for PDO establishment and made it possible to use them as a tool in personalized treatment approaches in a proper way.
Benzer Tezler
- Identification and characterization of CDNF in an early onsetneurodegeneration
Erken başlangıçlı bir nörodejenerasyonda CDNF'in tanımlanması vekarakterizasyonu
AYBİKE ŞEHRİBAN BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
GenetikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiGenom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA BİLGÜVAR
- Generation and characterization of familial mediterranean fever (FMF) disease-specific induced pluripotent stem cells (iPSCs)
Ailesel Akdeniz ateşi hastalığına spesifik uyarılmış pluripotent kök hücrelerin üretimi ve karakterizasyonu
KEREM FİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Characterization of stem like cells in a new astroblastoma cell line
Yeni bir astroblastoma hücre hattında kök hücre karakterizasyonu
ESRA AYDEMİR ÇOBAN
Doktora
İngilizce
2016
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
- Akciğer kanseri hastalarında kanser kök hücresinin karakterizasyonu
Characterization of cancer stem cell in cell lung cancer patients
ESRA ATAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEÇİL YILMAZ
- Characterization of allogeneic reactions against an SV40 Large-T immortalized human dermal microvascular endothelial cell line
SV40 Large-T ile immortalize edilmiş bir insan dermal mikrovasküler endotel hücre dizisine karşi geliştirilen allojenik reaksiyonlarin karakterizasyonu
SACİT ALTUĞ KESİKLİ
Doktora
İngilizce
2010
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN KANSU
PROF. DR. ERNST HOLLER