Geri Dön

Identification and characterization of CDNF in an early onsetneurodegeneration

Erken başlangıçlı bir nörodejenerasyonda CDNF'in tanımlanması ve karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 845883
  2. Yazar: AYBİKE ŞEHRİBAN BULUT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA BİLGÜVAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Genetics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Erken başlangıçlı nörodejenerasyon, tüm ekzom dizileme, keratinosit kültürleme, RNA sekanslama, Ekzom dizileme, Genler, Genom, Moleküler genetik, Nörodejeneratif hastalıklar, Nörogenetik, Nörogenez, Nörotrofinler, RNA dizileme, Sinir büyüme faktörleri, Early-onset neurodegeneration, whole exome sequencing, cultivation of keratinocytes, RNA sequencing, Exome sequencing, Genes, Genome, Molecular genetic, Neurodegenerative diseases, Neurogenetics, Neurogenesis, Neurotrophins, Nerve growth factors
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Nörodejeneratif hastalıklar (NDH), sinir sistemindeki nöronal ve nöronal olmayan hücrelerin ilerleyici işlev bozukluğu ve kaybı olarak tanımlanır. NDH'nin etiyolojisi karmaşıktır ve tam olarak anlaşılamamıştır; özellikle erken başlangıçlı Mendel formlarında gelişimsel defektlere neden olan genetik mutasyonlar dikkat çekmektedir. Bugüne kadar, tüm ekzom dizileme (WES) öncelikle nadir hastalıklarda sporadik formların yanı sıra Mendel kalıtımı ile hastalığa neden olan genetik varyasyonları ortaya çıkarmak için uygulanmıştır. Bu çalışmaya, akraba bir Türk çiftten doğan ve erken nörodejenerasyon belirtileri gösteren iki kız kardeş dahil edilmiştir. WES verileri analiz edilerek erken başlangıçlı nörodejenerasyonu olan kardeşlerde yeni bir gen olan CDNF tanımlanmıştır. Tanımlanan homozigot CDNF:c.136C>T anlamsız mutasyonu, ER stres yanıt mekanizmalarının işlevsizliği ile ilişkili hastalıklarda görülen nörodejenerasyon fenotiplerinin çeşitli ayırt edici özelliklerini yansıtmakta ve belirtilen mekanizma ile ilişkili hastalık gruplarının altını çizmektedir. Gelecekteki hastalık modelleme hedeflerimize yönelik olarak CDNF:c.136C>T mutasyonunu karakterize etmek için, hasta kaynaklı keratinositlerin birincil kaynak olarak yetiştirilmesine yönelik basit, güvenilir ve optimal bir protokol geliştirdik. Son olarak, yabanıl tip ve CDNF nakavt farelerin thalamus, striatum ve korteks bölgelerinden elde edilen toplu RNA-seq verileri analiz edilerek kardeşlerde görülen fenotipin patolojisi hakkında bilgi edinilmiştir. Striatum ve kortekse kıyasla en büyük varyasyon kaynağı talamusta tespit edilmiştir; bu da bozulmuş bazal ganglia ağının bir sonucu olarak motor işlev bozukluğuyla ilişkilendirilebilir. Diferansiyel olarak ifade edilen genler özellikle bağışıklık tepkisi, nörotransmitter alımı/salgılanması ve beyindeki taşıyıcı sistem ile ilgili mekanizmalarda zenginleşmiştir.

Özet (Çeviri)

Neurodegenerative diseases (NDD) are defined as progressive dysfunction and loss of neuronal and non-neuronal cells in the nervous system. The etiology of NDD is complex and not fully understood, with genetic mutations causing developmental defects notably drawing attention, especially in early-onset Mendelian forms. To date, whole exome sequencing (WES) has primarily been applied to reveal disease-causal genetic variations with Mendelian inheritance along with sporadic forms in rare diseases. In this work, two sisters with early signs of neurodegeneration born in a consanguineous Turkish couple were recruited. A novel gene, CDNF, was identified in the siblings with early-onset neurodegeneration by analyzing WES data. Identified homozygous CDNF:c.136C>T stop-gained mutation reflects the several hallmarks of neurodegeneration phenotypes that is seen in the diseases associated with the dysfunction of ER stress response mechanisms, underscoring the indicated mechanism-associated disease groups. To characterize CDNF:c.136C>T mutation for our future disease-modeling goals, we developed a simple, reliable, and optimal protocol for the cultivation of patient-derived keratinocytes as a primary source. Lastly, bulk RNA-seq data from the thalamus, striatum, and cortex regions of wild-type and CDNF knockout mice was analyzed, leading us to gain insight into the pathology of the phenotype seen in siblings. The major source of variation was detected in the thalamus compared to the striatum and cortex, which may be associated with motor dysfunction as a result of the impaired basal ganglia network. Differentially expressed genes were particularly enriched in the mechanisms related to immune response, neurotransmitter secretion/uptake, and transporter system in the brain.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    180987

    Identification and characterization of hydrolytic enzymes of sunn pest (eurygaster integriceps) and cotton bollworm (helicoverpa armigera)

    Süne (eurygaster integriceps) ve pamukta yeşilkurt (helicoverpa armigera) zararlılarının hidrolitik enzimlerinin belirlenmesi ve karakterizasyonu

    EBRU ÖZGÜR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

    PROF. DR. MERAL YÜCEL

  2. Tez No

    202132

    Identification and characterization of boron tolerant genes in Hordeum vulgare (barley) by using mRNA differential display and RT-PCR techniques

    Bor toksisitesine tolerans gösteren arpa çeşidindeki genlerin mRNA farklılığın gösterimi tekniği ve RT-PCR kullanarak izolasyonu ve karakterizasyonu

    ERSİN AKINCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR

    YRD. DOÇ. DR. ÇAĞLAR KARAKAYA

  3. Tez No

    223334

    Identification and characterization of chicken neuronal p80 katanin

    Tavuk nöronal p80 kataninin tanımlanması ve karakterizasyonu

    AYŞEGÜL YILDIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  4. Tez No

    223782

    Identification and characterization of a cDNA encoding zip transporter protein in Triticum dicoccoides

    Yabani buğdayda, Triticum dicoccoides, zıp tasıyıcı proteini sentezleyen cDNA dizisinin tanımlanması ve karakterizasyonu

    CEYDA ÇORUH

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HİKMET BUDAK

  5. Tez No

    252246

    Identification and characterization of nickel tolerance genes in beta maritima

    Beta maritima bitkisinde nikel tolerans genlerinin tanımlanması ve karakterizasyonu

    GÖNENSİN OZAN BOZDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. H. ÇAĞLAR KARAKAYA

Geri Dön