Identification and characterization of CDNF in an early onsetneurodegeneration
Erken başlangıçlı bir nörodejenerasyonda CDNF'in tanımlanması vekarakterizasyonu
- Tez No: 845883
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA BİLGÜVAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Erken başlangıçlı nörodejenerasyon, tüm ekzom dizileme, keratinosit kültürleme, RNA sekanslama, Early-onset neurodegeneration, whole exome sequencing, cultivation of keratinocytes, RNA sequencing
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Nörodejeneratif hastalıklar (NDH), sinir sistemindeki nöronal ve nöronal olmayan hücrelerin ilerleyici işlev bozukluğu ve kaybı olarak tanımlanır. NDH'nin etiyolojisi karmaşıktır ve tam olarak anlaşılamamıştır; özellikle erken başlangıçlı Mendel formlarında gelişimsel defektlere neden olan genetik mutasyonlar dikkat çekmektedir. Bugüne kadar, tüm ekzom dizileme (WES) öncelikle nadir hastalıklarda sporadik formların yanı sıra Mendel kalıtımı ile hastalığa neden olan genetik varyasyonları ortaya çıkarmak için uygulanmıştır. Bu çalışmaya, akraba bir Türk çiftten doğan ve erken nörodejenerasyon belirtileri gösteren iki kız kardeş dahil edilmiştir. WES verileri analiz edilerek erken başlangıçlı nörodejenerasyonu olan kardeşlerde yeni bir gen olan CDNF tanımlanmıştır. Tanımlanan homozigot CDNF:c.136C>T anlamsız mutasyonu, ER stres yanıt mekanizmalarının işlevsizliği ile ilişkili hastalıklarda görülen nörodejenerasyon fenotiplerinin çeşitli ayırt edici özelliklerini yansıtmakta ve belirtilen mekanizma ile ilişkili hastalık gruplarının altını çizmektedir. Gelecekteki hastalık modelleme hedeflerimize yönelik olarak CDNF:c.136C>T mutasyonunu karakterize etmek için, hasta kaynaklı keratinositlerin birincil kaynak olarak yetiştirilmesine yönelik basit, güvenilir ve optimal bir protokol geliştirdik. Son olarak, yabanıl tip ve CDNF nakavt farelerin thalamus, striatum ve korteks bölgelerinden elde edilen toplu RNA-seq verileri analiz edilerek kardeşlerde görülen fenotipin patolojisi hakkında bilgi edinilmiştir. Striatum ve kortekse kıyasla en büyük varyasyon kaynağı talamusta tespit edilmiştir; bu da bozulmuş bazal ganglia ağının bir sonucu olarak motor işlev bozukluğuyla ilişkilendirilebilir. Diferansiyel olarak ifade edilen genler özellikle bağışıklık tepkisi, nörotransmitter alımı/salgılanması ve beyindeki taşıyıcı sistem ile ilgili mekanizmalarda zenginleşmiştir.
Özet (Çeviri)
Neurodegenerative diseases (NDD) are defined as progressive dysfunction and loss of neuronal and non-neuronal cells in the nervous system. The etiology of NDD is complex and not fully understood, with genetic mutations causing developmental defects notably drawing attention, especially in early-onset Mendelian forms. To date, whole exome sequencing (WES) has primarily been applied to reveal disease-causal genetic variations with Mendelian inheritance along with sporadic forms in rare diseases. In this work, two sisters with early signs of neurodegeneration born in a consanguineous Turkish couple were recruited. A novel gene, CDNF, was identified in the siblings with early-onset neurodegeneration by analyzing WES data. Identified homozygous CDNF:c.136C>T stop-gained mutation reflects the several hallmarks of neurodegeneration phenotypes that is seen in the diseases associated with the dysfunction of ER stress response mechanisms, underscoring the indicated mechanism-associated disease groups. To characterize CDNF:c.136C>T mutation for our future disease-modeling goals, we developed a simple, reliable, and optimal protocol for the cultivation of patient-derived keratinocytes as a primary source. Lastly, bulk RNA-seq data from the thalamus, striatum, and cortex regions of wild-type and CDNF knockout mice was analyzed, leading us to gain insight into the pathology of the phenotype seen in siblings. The major source of variation was detected in the thalamus compared to the striatum and cortex, which may be associated with motor dysfunction as a result of the impaired basal ganglia network. Differentially expressed genes were particularly enriched in the mechanisms related to immune response, neurotransmitter secretion/uptake, and transporter system in the brain.
Benzer Tezler
- Identification and characterization of novel mammalian autophagy proteins
Memeli otofajisinde yeni proteinlerin saptanması ve karakterize edilmesi
SEÇİL ERBİL BİLİR
- Identification and characterization of exonic variants related with familial essential tremor
Ailesel esansiyel tremor ile ilişkili ekzonik varyantların belirlenmesi ve karakterizasyonu
İSLAM OĞUZ TUNCAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYŞE BEGÜM TEKİNAY
- Çanakkale ilinde elma mozaik virüsü (apple mosaic virus; ApMV) izolatlarının tanılanması ve karakterizasyonu
Identification and characterization of apple mosaic virus (ApMV) isolates in Çanakkale province
ESRA KUNDAKÇI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAVAŞ KORKMAZ
- Solanaceae familyasındaki bazı kültür bitkilerinde potato virus Y (PVY)'nin ırklarının belirlenmesi ve karakterizasyonu
Identification and characterization of potato virus Y (PVY) strains in some Solanaceous plants
AYŞE ÇANDAR
- Erzurum ilinde kayısı ağaçlarından izole edilen Pseudomonas türlerinin tanısı, karakterizasyonu ve çeşit reaksiyonları
Identification and characterization of Pseudomonas spp. isolated from apricot trees in Erzurum province, and evaluation of cultivar resistance
ARZU GÖRMEZ