Geri Dön

A graph theoretical approach for aligning cell lines and tumors

Hücre hatlarının ve tümörlerin hizalanması için çizge teorimsel yaklaşımlar

PDF İndir

  1. Tez No: 742568
  2. Yazar: MUHAMMET EDİP AKAY
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL KAZAN, PROF. DR. CESİM ERTEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Antalya Bilim Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Hücre hatları, klinik öncesi kanser araştırmaları için en önemli kilit araçlar olduğu artık birçok araştırmada ortaya konulmuştur, ancak hasta tümör örneklerini ne kadar iyi temsil ettikleri belirsizliğini korumaktadır. Tümör ve hücre hattı transkripsiyonel profillerinin doğrudan karşılaştırılması, tümör numunelerinde normal hücrelerin değişken mevcudiyeti dahil olmak üzere çeşitli faktörlerle karmaşık hale gelmektedir. Bu nedenle, denetimsiz bir hizalamayı network ağları kullanarak çizge tabanlı metod geliştirdik ve bunu birkaç büyük ölçekli hücre hattını ve tümör RNA-Seq veri setlerini entegre etmek için uygulamaktayız. Geliştirdiğimiz metod hücre dizilerinin büyük çoğunluğunun aynı kanser tipindeki tümör örnekleriyle hizalamış olsa bile, hücre dizileri arasında tümör benzerliğinde farklılıklar olduğunu da ortaya koymaktadır. Ayrıca tumor ve hücre hattı RNA dizileme veri setlerinin entegrasyonundaki zorluk noktasında, esas olarak hücre popülasyonlarını ayrı tutarken, veri kümelerinin yerel yapısını koruyarak veri setlerinin birleştirmesiydi. Bu aşamada yığın etkisinin düzeltilmesi metodlarından biri olan SciTuna(Marouf, et al., 2021)'nın yinelemeli düzeltme bölümü kullanılarak aşılmıştır. Bu tezde, hücre hatları ve tümör RNA dizileme veri setlerinin hizalanmasi için çizge teorimsel yaklaşimlar sonucu ortaya koyduğumuz CellTuNeter'ı tanıtıyoruz.

Özet (Çeviri)

Cell line have now been shown in lots of research to be the most important primary tool for preclinical cancer research, but their representative quality in patient tumor samples remains unclear. The comparison of RNA-seq of tumor and cell line without any step is complex with various factors, consisting of different presence of regular cells in the tumor samples. Therefore, we developed an alignment method without any outside information using graph-based method using the networks and applied it to integrate multiple extensive tumor and cell lines RNA-seq dataset. Our approach also showed that there are diversity in tumor correlation between cell lines, even though the vast bulk of cell lines are aligned with tumors of the identical cancer type. Furthermore, the challenge in integrating tumor and cell line RNA sequencing datasets is essentially combining the datasets while keeping the cell populations separate while preserving the originality of the data. In this regard, it has been overcome by using the iterative correction part of SciTuna (Marouf, et al., 2021), which is one of the batch effects correction methods. In this thesis, we introduce CellTuNeter, which we have developed as a result of graph theoretic approaches for the alignment of cell lines and tumor RNA sequencing datasets.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    338462

    An efficient graph-theoretical approach for interactive mobile image and video segmentation

    Etkileşimli gezgin imge ve video bölütleme için çizge temelli etkin bir yaklaşım

    OZAN ŞENER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULLAH AYDIN ALATAN

  2. Tez No

    287385

    A recursive graph bipartitioning algorithm by vertex separators with fixed vertices for permuting sparse matrices into block diagonal form with overlap

    Seyrek matrislerin örtüşen blok köşegen biçime düzenlenmesi için düğüm ayıracı ve sabit düğümleri kullanan özyineli bir çizge bölümleme algoritması

    SEHER ACER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. CEVDET AYKANAT

  3. Tez No

    393050

    Nehir tipi hidroelektrik santrallerin tasarımında yeni bir yaklaşım

    A new approach for designing run-of-river power plants

    OZAN KARAHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİHRAT ÖNÖZ

  4. Tez No

    75589

    Demiryolu ağında trafik sayımlarından O-D matrisi tahmini

    Başlık çevirisi yok

    ZEYNEP AĞCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Ulaştırma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK GERÇEK

  5. Tez No

    66526

    Değiştirilmiş düğüm yöntemi kullanılarak durum denklemlerinin elde edilmesi

    Obtoining of state equations using modified nodal analysis

    BAHADIR ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Devreler ve Sistemler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FUAT ANDAY

Geri Dön