Hidrojen bağı kurabilen moleküler sıvıların yapısal özelliklerinin moleküler simülasyonlarla incelenmesi
Investigation of the structural properties of molecular liquids forming hydrogen bonds via molecular simulations
- Tez No: 750574
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KAÇAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Alkoller, Fizikokimyasal özellikler, Moleküler dinamik, Moleküler modelleme, Alcohols, Physicochemical properties, Molecular dynamic, Molecular modeling, Water
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Su ve suya benzer davranışa sahip alkoller basit kimyasal yapılara sahiptirler. Buna rağmen, saf halde ve karışımlarda tahmin edilmesi zor olan çeşitli fiziksel özellikler barındırırlar. Özellikle su, farklı sıcaklıklarda sıvı-sıvı geçişleri olarak bilinen, farklı yoğunluktaki alanları içeren faz geçişleri sergiler. Buna benzer şekilde, basit alkollerden metanolün yoğunluk anomalileri gösterdiği bilinmektedir. Bu davranışların temelinde van der Waals, elektrostatik ve hidrojen bağı gibi bağsız kuvvetler olduğu kabul edilse de hangi koşullar altında nasıl davranacağını öngörmek için gereken bilimsel bir bilgi kısıtlıdır. Bu bağlamda tez kapsamında, bu tür anormal davranışlara sahip temel sıvıları daha iyi anlamak için kaba-taneli bir simülasyon yaklaşımı geliştirmek amaçlanmıştır. Diğer bir deyişle, tezin amacı bilgisayar simülasyonlarını kullanarak su-su ve alkol-alkol karışımlarında görülen yapısal anormallikleri araştırmak için bir kaba-taneli hesaplama yöntemi geliştirip sunmaktır. Bu araştırma kapsamında geliştirilecek araçlarla moleküler düzeyde bu tür davranışlar hakkında sağlıklı bilgi edinmek mümkün olacaktır. Ayrıca, deneysel araştırmaların yetersiz kaldığı durumlarda moleküler modelleme araçları kullanılabilir hale gelecektir.
Özet (Çeviri)
The chemical structures of water and alcohols with water-like behavior are simple. However, they have various physical properties that are difficult to predict in their pure form and in mixtures. In particular, water exhibits phase transitions involving areas of different densities, known as liquid-liquid transitions at different temperatures. Similarly, methanol of simple alcohols is known to show density anomalies. Although it is accepted that these behaviors are based on non-bonded forces such as van der Waals, electrostatics and hydrogen bonding, the scientific knowledge required to predict how it will behave under which conditions has not yet been developed. In this context, this thesis aims to establish a coarse-grained simulation approach to better understand these elementary fluids with such strange behavior. The aim of the thesis is to develop and present a computational tool to investigate the structural anomalies seen in water-water and alcohol-alcohol mixtures using computer simulations. With the tools to be developed within the scope of this thesis, it will be possible to obtain viable information about such behaviors at the molecular level. In addition, molecular modeling tools will become available, where experimental research is insufficient.
Benzer Tezler
- Moleküler modelleme çalışmalarıyla ABL1 protein hedefli ajanların keşfi
Discovery of ABL1 protein-targeting agents through molecular modeling studies
SELİN KAYMAZ
Doktora
Türkçe
2025
Eczacılık ve Farmakolojiİstinye ÜniversitesiMoleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİLLA AKDEMİR
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Malik asit ile çapraz bağlı karboksimetil selüloz ve κ- karagenan filmlerinin hazırlanması ve bazı fiziksel testleri
Preparation and some physical tests of malic acid cross-linked, carboxymethyl cellulose and κ- carrageenan based films
EZGİ FİDAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BEDİA BERKER
- Synthesis and characterization of novel environment-friendly lignin-based adhesives
Yeni çevre dostu lignin bazlı yapıştırıcıların sentezi ve karakterizasyonu
ALI ASGHARIAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SENİHA GÜNER
DR. AYDA YARİ-İLKHCHİ
- (HNO3)...(X)m (X=H2O, CH3Oh ve m=1-2) moleküler kümelerinin hidrojen bağı özelliklerinin teorik olarak incelenmesi
Theoretical investigation of the hydrogen bonded (hno3)...(x)m (HNO3)...(X)m (X=H2O, CH3Oh ve m=1-2) clusters
HASAN ÖZSOY