Predicting the impact of cancer somatic mutations on protein-protein interactions
Kanser somatik mutasyonlarının protein-protein etkileşimleri üzerindeki etkisinin tahmini
- Tez No: 751878
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL KAZAN, PROF. DR. CESİM ERTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Antalya Bilim Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Kanser, en büyük ölüm sebepler arasında yer alan karmaşık bir hastalıktır. Kanser araştırmalarında çözüm bekleyen bir sorun, kansere yol açan mutasyonların bulunduğu sürücü genlerin ayrıştırılmasıdır. Birçok biyolojik süreçler protein-protein etkileşimleri ile yürütülür. Bu nedenle, hangi somatik mutasyonların bu etkileşimlerde bir bozuculuğa sebep olduğunun anlaşılması kanser araştırması için oldukça önemlidir. Mevcut yöntemlerin çoğunda karşılaşan bir sorun, proteinde gerçekleşen bir mutasyonun, diğer tüm etkileşimlerinde aynı etkiyi gösterdiği varsayımıdır. Belirli bir mutasyonun oluşturduğu etkinin her etkileşimin ayrı tahmin edilmesi, hastalıkların gelişiminin anlanması açısından büyük bir öneme sahiptir. Bu tezde, Predator isimli model önerilmektedir. Predator, alternatif yöntemlerden daha iyi tahmin yapabilmektedir. Geliştirilen model, TCGA'de yer alan kanser verileri üzerinde uygulanmıştır. Predator, bu kanser mutasyonlarının protein-protein etkileşimleri üzerindeki etkisinin tahminini bozucu ve bozucu olmayan şeklinde sınıflandırması ve kansere yönelik analizleri yönüyle yenilikçidir. Bu analizler, kanser gruplarındaki bozucu etkisi olduğu tahmin edilen mutasyonla ilgili yeni bilgileri bulmada fayda sağlayabilecektir.
Özet (Çeviri)
Cancer is a complex disease with one of the highest mortality rates. An existence challenge in cancer research is to identify the cancer driver mutation that causes cancer progression. Many biological processes are governed by protein-protein interactions. As such understanding which somatic mutations lead to a disruption in these interactions is critical for cancer research. A drawback common to most of the existing models is the assumption that a mutation in a protein causes the same effect on all of its interactions. Predicting how each interaction is affected by a mutation of interest is crucial for understanding disease development. In this thesis, we propose a model named Predator. Predator provides better prediction accuracy than the alternatives. The developed model is applied on the cancer data in the TCGA. Proposed approach is a novel study to analyze the effects of cancer mutations from TCGA on protein-protein interactions by classifying the impacts into disruptive/nondisruptive classes and having analyses specific to cancer. Such analyses may be beneficial for providing new insights regarding the mutations that are predicted to have a disruptive effect on cancer groups.
Benzer Tezler
- Kas (detrusor) invazyonu göstermeyen (PTA ve PT1) mesane karsinomlarında histolojik derecelendirme, P53, PHH3 ve Kİ-67 immünhistokimyasal belirleyicileri ve FGFR3 mutasyonunun prognoz ile ilişkisi
Histological grading, p53, phh3, ki-67 immunhistochemical markers and FGFR3 mutation relationship wi̇th prognosis in nonmuscle invasi̇ve (PTA and PT1) bladder cancers
SERAP TAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Patolojiİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUDE YASEMİN ÖZLÜK
- The body keeps the score: Childhood adversity andsomatic symptoms in adulthood
Başlık çevirisi yok
BESTE AYDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
University of Groningen (Rijksuniversiteit Groningen)DR. MARİJE AAN HET ROT
PROF. DR. ISABELLA NİESTEN
- Mantle hücreli lenfoma hastalarında sarkopeninin prognostik önemi
The prognostic significance of sarcopenia in mantle cell lymphoma patients
BAYRAM CENGİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
HematolojiAkdeniz Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ UTKU ILTAR
- Nöroblastom tanılı çocuk hastalarda izositrat dehidrogenaz 1 ve 2 mutasyonlarının genetik analiz ile araştırılması
Investigation of isocitrate dehydrogenase 1 and 2 mutations by genetic analysis in pediatric patients with neuroblastoma
EMRE LEVENTOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRSES ŞAHİN
- Computational investigation on structural and functional impact of oncogenes and tumor suppressor genes on cancer
Onkojenlerin ve tümör baskılayıcı genlerin kanserine yapısal ve fonksiyonel etkisi üzerinde hesapsal incelemesi
ABDOULIE K. CEESAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA