Investigation of inflammasome activation by SARS-CoV-2 proteins
Inflamazomun SARS-CoV-2 proteinleri tarafindan aktivasyonunun belirlenmesi
- Tez No: 752793
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF EREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Enfeksiyon sırasında doğal ve edinilmiş bağışıklık sistemleri birlikte çalışarak patojenlerden kurtulmak için hücresel mekanizmalar harekete geçirirler. Doğal bağışıklık sistemi algaçları virüsün tanınması ve yok edilmesinde önemli rolü olan sitoplazmik proteinlerdir. Bu doğal algaçlardan olan inflamazomlar, patojeni tanıyıp IL-1beta salımı ve piroptoz hücre ölümünü tetikleyerek enflamasyonu oluşturmaktadır. Bakteri ve mantar yanı sıra, virüslerin de inflamazomlar tarafından tanınabileceği ortaya konmuştur. Aralık 2019'da SARS-CoV-2 adında yeni bir virüsün ortaya çıkması ve bu virüs COVID-19 pandemisine yol açması, bilim camiasının bu öngörülmemiş salgınla acilen mücadele etmeye zorlamış ve virüsün yayılmasının sınırlandırmaya yöneltmiştir. Çok kısa zaman içerisinde farklı yayınlar bu virüs inflamazomlar tarafından tanındığını ve bu komplekslerin COVID-19 gelişiminde önemli görevlerinin olduğunu ortaya koymuştur. Bu nedenle, SARS-CoV-2'nin inflamazomları nasıl tetiklediğinin araştırılması önemli hale gelmiştir. Bu tezin amacı inflamazom aktivasyonunu sağlayan SARS-CoV-2 proteinlerinin tanımlanmasıdır. Bu doğrultuda, inflamazom kompleksleri yapay olarak insan fibroblast hücreleri olan HEK293FT hücrelerinde oluşturulmuş ve farklı viral proteinlerin transfeksiyonu ile IL-1beta ve Kaspaz-1 kesimleri western blot yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Elde ettiğimiz bulgular, bazı SARS-CoV-2 proteinlerinin IL-1beta ve Kaspaz-1 kesimine yol açabileceği göstermiştir. Bu bulgular, test edilen SARS-CoV-2 proteininin inflamazomu tetiklediğini öne sürmektedir. Yeni yayınlar ile aynı doğrultuda olan bu verilerin endojen sistemlerde de doğrulanması, SARS-CoV-2 enfeksiyonunun ve bu virüsün hücre içinde doğal bağışıklık tarafından yok edilmesinin moleküler mekanizmalarının anlaşılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Upon infection, both the innate and adaptive immunity defense systems of an organism cooperate to activate several downstream mechanisms to get rid of the invading pathogens. Innate immune sensors are essential cytosolic proteins involved in virus detection and elimination. Among them, inflammasomes are innate immune sensor and receptor that recognize different pathogens and trigger inflammation through the secretion of the pro-inflammatory cytokine IL-1beta and the induction of a pyroptotic cell death. Besides bacteria and fungi, viruses were also shown to activate inflammasomes. In December 2019, the emergence of the new SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19 led to a pandemic and urged the scientific community to develop new treatments and preventive measures to limit the spread of this virus and prevent severe conditions and death. Very rapidly, different studies demonstrated that the SARS-CoV-2 virus is detected by different inflammasomes that contribute to the pathogenesis of COVID-19. Because of their importance, understanding how SARS-CoV-2 triggers inflammasomes is essential. Thus, the goal of this thesis is to determine the SARS-CoV-2 protein(s) involved in inflammasome activation. To that purpose, we artificially reconstructed the inflammasome complex in human fibroblast HEK293FT cells, co-transfected them with different viral proteins and monitored Caspase-1 and IL-1beta activations by Western blotting. We found that in the overexpression system we used, some SARS-CoV-2 proteins trigger higher IL-1beta and Caspase-1 cleavages than the controls. These results suggest that the SARS-CoV-2 protein tested may activate inflammasome upon transfection. Being in line with recent publications, the confirmation of these results in endogenous systems will contribute to the understanding of the molecular mechanisms of SARS-CoV-2 infection and of the detection of the virus by the innate immune system inside the cells.
Benzer Tezler
- Bdnf'nin NLRP3 inflamazomu ve NLRP3 aracılı piroptoz üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of bdnf on NLRP3 inflammasome and NLRP3 mediated pyroptosis
ŞENİZ ERDEM
Doktora
Türkçe
2024
BiyokimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ALVER
- Investigation of alterations created by NLRP3 activation on perineuronal nets
NLRP3 inflamazom aktivasyonunun perinöronal ağlarda yarattığı değişikliklerin incelenmesi
EMRE TARAKÇIOĞLU
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERMİN GENÇ
DOÇ. DR. KEMAL UĞUR TÜFEKCİ
- Investigation of NLRP13-Driven Innate Immune Responses
NLRP13 Kaynaklı Doğal İmmün Yanıtın İncelenmesi
AÇELYA YILMAZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Otoinflamatuvar hastalıklarda inflamazom bileşenlerinin hücre göçü sürecinde incelenmesi
Investigation of inflammasome components during cell migration process in autoinflammatory diseases
TAYFUN HİLMİ AKBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU PEYNİRCİOĞLU
- Nöroinflamasyonda rol oynayan mekanizmaların terapötik hedef olarak araştırılması
Investigation of mechanisms involved in neuroinflammation as therapeutic targets
DERVİŞ BİRİM