Otoinflamatuvar hastalıklarda rolü olan MRNA ve MİRNA moleküllerinin meta-analizi
Meta analysis of MRNA and MİRNA molecules in autoinflammatory diseases
- Tez No: 754593
- Danışmanlar: PROF. DR. BANU PEYNİRCİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Otoinflamatuvar hastalıklar, doğal bağışıklık sisteminin etkilenmesi sonucunda inflamasyon yanıtlarının arttığı bir hastalık grubudur. Bu hastalıklar genetik özellikleri açısından monogenik ve poligenik olarak gruplandırılabilmektedir. Bu hastalıklar içerisinde tez kapsamında incelenen; PFAPA poligenik olarak, AAA, CAPS, TRAPS, MKD hastalıkları ise farklı genlerde oluşan mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır, ancak bu hastalıklarda görülen benzer fenotip, benzer yolakların ve moleküllerin etkilendiğini düşündürmektedir. Literatürde otoinflamatuvar hastalıklar ile ilişkili omik temelli çalışmalar mevcuttur. Tez kapsamında, bu verilerin birlikte değerlendirilmesi amaçlanmış, mRNA ve miRNA temelli omik çalışmaların mikrodizin veri setleri R (4.0.5), BRB-ArrayTools ve MeV gibi programlar kullanılarak analiz edilmiştir. İfadesi değişen genler, DAVID ve InnateDB programlarıyla analiz edilerek inflamasyonla ilişkili olanlar belirlenmiştir. Sonrasında, bu hastalıklarda ortak olarak ifadesi değişen mRNA'lar, ifadesi değişen miRNA'ların hedef genleri olabileceğinden, veri setlerinden elde edilen mRNA ve miRNA'ların bağlanma olasılıkları TargetScan veri tabanı kullanılarak gösterilmiştir. Son aşamada, anlamlı olarak ifadesi değişen mRNA ve miRNA'ların hedeflediği proteinler tanımlanmış, bu proteinlerin arasındaki protein-protein ilişkileri STRING analizleri ile belirlenmiştir. Analizler sonucunda, inflamasyon açısından önemli proteinler olan STAT1, NAIP, FAS, MAPK14 proteinleri öne çıkmış ve seçilen hastalıklara sebep olan genlerin kodladığı proteinler ile ilişkisi oldukları gösterilmiştir. Elde edilen bu ön bilgiler, seçilen hastalıklarda ortak moleküllerin patogenezi etkilediği hipotezini desteklemiş, bu bulguların laboratuvar ortamında incelenmesi önem kazanmıştır. Bu tez, otoinflamatuvar hastalıklarda inflamasyona sebep olan yolakların aydınlatılarak hastalıkların daha iyi sınıflandırılması ve uzun vadede tedavi hedefi olabilecek moleküllerin belirlenmesine yönelik önemli katkılar sağlayabilecektir.
Özet (Çeviri)
Autoinflammatory diseases are the group of diseases in which inflammatory responses are increased as a result of the innate immune system being affected. These diseases can be grouped as monogenic and polygenic in terms of their genetic characteristics. Among the autoinflammatory diseases examined within the scope of the thesis; PFAPA is polygenic and AAA, CAPS, TRAPS, MKD diseases are caused by mutations in different genes, but the similar phenotype seen in these diseases suggests that similar pathways and molecules are affected. In the literature, there are omic-based studies in which autoinflammatory diseases are included Within the scope of this thesis, it was aimed to evaluate these data together, and microarray data sets of mRNA and miRNA-based omic studies were analyzed using programs such as R (4.0.5), BRB-ArrayTools and MeV. Differentially expressed genes were analyzed using DAVID program and InnateDB database and those related to inflammation were determined. Then, the binding possibilities of differentially expressed common mRNAs in these diseases and miRNAs obtained from data sets were shown using the TargetScan database. Finally, the proteins targeted by differentially expressed mRNAs and miRNAs significantly were identified and the protein-protein relationships between these proteins were determined by STRING analysis. As a result of the analyzes, STAT1, NAIP, FAS, MAPK14 proteins, which are important proteins in terms of inflammation, were mainly demonstrated and it was shown that they were interacted with the proteins encoded by the genes that cause the selected diseases. This preliminary data supported the hypothesis that common molecules affect the pathogenesis in selected diseases, and it became important to examine these findings in the laboratory. This thesis will make important contributions to the better classification of diseases by elucidating the pathways that cause inflammation in autoinflammatory diseases and to the identification of molecules that may be the target of treatment in the long term.
Benzer Tezler
- Investigation of MEFV gene expression and pyrin levels in familial mediterranean fever and behçet syndrome
Ailevi akdeniz ateşi hastalığı ve behçet sendromunda MEFV ekspresyonunun ve pirin seviyelerinin incelenmesi
MELİHA ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Herediter otoinflamatuar hastalıklarda ASC gen mutasyonlarının ve mRNA ekspresyonunun saptanması
Determination of ASC gen mutations and mRNA expressions in hereditary autoinflammatory disorders
SİNEM MELEK NALBANTOĞLU
Doktora
Türkçe
2010
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHATTİN TANYOLAÇ
PROF. DR. AFİG BERDELİ
- Analysis of MEFV gene alternatively spliced transcripts expression patterns in cell culture models
Hücre kültürü modellerinde MEFV geni alternatif kırpılmış transkriptlerinin ekspresyon modellerinin analizi
İREM ABACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Analysis of mefv variations, expression and pyrin levels in familial mediterranean fever disease
Ailevi akdeniz ateşi hastalığında mefv varyasyonlarının, ekspresyonunun ve pirin seviyesinin analizi
NESLİHAN SEVİNÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Therapeutic and diagnostic applications of extracellular vesicles
Hücre dışı keseciklerin terapötik ve diagnostik uygulamaları
TAMER KAHRAMAN
Doktora
İngilizce
2016
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
DOÇ. DR. MAYDA GÜRSEL