Mutagenesis on the aspergillus oryzae alpha-amylase gene promoter
Aspergillus oryzae alfa amilaz gen promotöründe yapılan mutasyon çalışmaları
- Tez No: 75889
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Aspergillus, a-Amilaz, PCR, Mutasyon, Gen Ekspresyonu, Regulasyon VI, Aspergillus, a-amylase, PCR, mutation, gene expression, regulation IV
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
öz ASPERGILLUS ORYZAE a- AMİLAZ GEN PROMOTÖRÜNDE YAPILAN MUTASYON ÇALIŞMALARI Başarır, ORKUN Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Zümrüt B. ÖGEL Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Ufuk GÜNDÜZ Aralık 1998, 74 sayfa Amilaz enzimleri gıda ve tekstil sanayii'nde kullanılan önemli endüstriyel enzimler arasındadır. ct-Amilaz enzimi pekçok mikroorganizma tarafından üretilmekle birlikte, endüstriyel öneme sahip enzimleri üretenler Aspergillus oryzae ve Aspergillus niger isimli küflerdir. Aspergillus oryzae'nin doğadan izolasyonu ve 1980'li yıllarda cc-amilaz geni'nin klonlanması ve sekans analizinin yapılmasını takiben bu genin regulasyon mekanizmasının incelenmesi mümkün olmuş ve bu konuda bazı çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalara göre genin promotör bölgesinde CCAAT diziliminin üzerinde bir bölgenin regulasyonda önemli olduğu belirlenmiş ancak özel olarak bunların hangi baz dizilimleri olduğu mutasyon çalışmaları ile belirlenmemiştir. Bu çalışmada amaç polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile CCAAT diziliminin üzerinde bulunan 5 bazlık iki ayrı bölgede mutasyon yaparak bu bölgelerin enzim ekspresyonundaki önemini incelemektir. İlk olarak, pBIueamy'nin elde edilmesi için, pBR322 vektöründe bulunan a-amilaz geni bazı üst ve altbölgeleriyle birlikte pBluescript vektörüne aktarılmıştır. pBlueamy'nin E.coli XL-1 Blue hücrelerine transform edilmesinden sonra bu plasmid mutasyon çalışmalarında kullanılmıştır. Mutasyon çalışmalan sonucunda genin promotöründe ayn ayn -388 ile -384 ve -383 ile -378 arasındaki bazlar çıkartılarak mutant ot-amilaz gen parçalan elde edilmiştir. Ancak mutant ct-amilaz genleri uygun bir vektörde elde edilmeli ve elde edilen bu mutant genler daha sonra Aspergillus oryzae'ye electroporasyon yöntemi ile geri aktarılarak a-amilaz üretimi değişik ortam şartlarında araştırılmalıdır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT MUTAGENESIS ON THE ASPERGILLUS ORYZAE a- AMYLASE GENE PROMOTER Başarır, ORKUN M.Sc, Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Zümrüt B. ÖGEL Co-Supervisor: Prof. Ufuk GÜNDÜZ December 1998, 74 pages Amylases are enzymes of major importance for the food and textiles industry. ct-Amylase is produced by various filamentous fungi including Aspergillus oryzae and Aspergillus niger. In previous studies, A. oryzae was isolated from nature and its a-amylase gene was cloned in 1980s. In this study, the purpose was to obtain two different mutations on the a-amylase gene of A. oryzae, to obtain mutant genes for further analysis of the regulation of gene expression. In this respect, two short stretches of DNA within the promoter region, thought to be involved in carbon- catabolite repression, were deleted. First the a-amylase gene, on vector pBR322, was subcloned on vector pBluescript, together with some of the upstream and downstream regions, to generate pBlueamy. Following subcloning, pBlueamy was transformed into E. coli XL-1 Blue for the amplification of the plasmid. pBlueamy was then used in site-directed mutagenesis by the polymerase chain reaction (PCR). As a result of the mutagenesis studies, mutant fragments of the a-amylase gene were obtained. The 111mutations resulted in the deletion of regions between -388 and -384, and between -383 and -378 (the number indicates the distance in base pairs from the translation initiation point to the deletion end point) upstream of the CCAAT box at position at -376. Since the mutations are at the ends of PCR fragments, further studies should be made in the future to regenerate the mutant a-amylase genes on suitable vector. This will allow the transformation and expression of the mutant genes in A. oryzae, to establish the effect of the deletions.
Benzer Tezler
- Investigations on the n-linked glycosylation of the Aspergillus niger lipase in pichia pastoris
Aspergillus niger lipaz'in Pichia pastoris'deki n-bağlı glikozilasyon ile ilgili araştırma
SERKAN SIRLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Generation of novel random mutagenesis lipase libraries via directed evolution
Yönlendirilmis¸ evrim metodu ile yeni, rastgele mutasyona uğratılmış lipaz kütüphanelerinin oluşturulması
BATUHAN ORBAY YENİLMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Transformation of Aspergillus sojae with Vitreoscilla hemoglobin gene
Vitreoscilla hemoglobin geniyle Aspergillus sojae?nin transformasyonu
BETÜL BARDAKCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CANAN TARI
YRD. DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Cloning and expression of glucose oxidase gene from aspergillus niger NRRL-3
Başlık çevirisi yok
FADEL AKRAM SHARİF
- Kimyasal mutagen uygulamalarının buğdayda bazı in vitro karakterler ve kuraklığa tolerans üzerine etkileri
Effects of chemical mutagenesis on in vitro parameters and drought tolerance of wheat
ARASH HOSSEIN POUR
