Examination of stable intronic sequence RNA profile under apoptotic conditions
Apoptotik koşullar altında stabil intronik sekans RNA profilinin incelenmesi
- Tez No: 761679
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Apoptoz bir programlı hücre ölümü şeklidir. Kemoterapötik ilaç olan sisplatin apoptozun içşel yolağını aktive ederken, ölüm ligandı olan TNF-alfa ise apoptozun dışsal yolağını aktive eder. Apoptozun transkripsiyon sonrası düzenlenmesinde kodlamayan RNA rol alır. Kodlamayan RNA sınıfının yeni üyesi olan stabil intronik sekans RNA'lar (sisRNA) kırpılmaya bağlı ve bağımsız olmak üzere iki mekanizma ile üretilirler. Kendi intronik promotörüne sahip olan sisRNA'lar 5'şapka ve çokluA kuyruğa sahip olabilirler. Xenopus ve Drosophila'da yapılan çalışmalarda birçok sisRNA raporlarsa da henüz insanda genom düzeyinde bir çalışma bulunmamaktadır. Bu sebeple, sisplatin ve TNF-alfa uygulanması sonrası koşullarda ifade edilen intronik promotörlü sisRNA'ları belirlemeyi amaçladık. Bu çalışmada, sisplatin, DMSO ve TNF-alfa ile müdahale edilmiş hücrelerden elde edilen toplam, çokluA pozitif ve çokluA negatif RNA fraksiyonları için derin sekanslama gerçekleştirildi. Farklı ifade edilen intronik transkriptler DE-kupl algoritması kullanılarak analiz edildi. Toplam ve çokluA pozitif RNA fraksiyonlarında görülen fakat çokluA negatif RNA fraksiyonlarında görülmeyen intronik transkriptler manuel olarak Integrated Genome Viever üzerinden tarandı. Analiz sonucunda sisplatin uygulanmış koşullarda 48, TNF-alfa uygulanmış koşullarda ise 33 sisRNA adayı listelendi. Adayların 5' ve 3' sınırları 5'/3' RACE PCR ile belirlendi. Adayların fenotip üzerindeki etkilerinin taranması amacıyla, sisR-DOCK7-IT1 hücrede aşırı-ifade ettirildi. 48 saatlik aşırı-ifade sonrasında toplam hücre apoptozu %8,09 oranında arttı. sisR-DOCK7-IT1'in hücre apoptozunda rol aldığı bulundu fakat nasıl bir mekanizma ile etkili olduğu hala bilinmemektedir.
Özet (Çeviri)
Apoptosis is a process of programmed cell death. Cisplatin, a chemotherapeutic drug, activates intrinsic pathway of apoptosis while TNF-alpha, a death ligand, activates the extrinsic pathway of apoptosis. Noncoding RNAs involve in regulation of apoptotic pathways at post-transcriptional level. Stable intronic sequence RNAs (sisRNAs) are the novel class of non-coding RNAs which can be generated by splicing- dependent and independent mechanisms. sisRNAs transcribed from their intronic promoter may contain 5' cap and polyA tail. Despite the reports of several studies about sisRNAs in Xenopus and Drosophila, a genome-wide profile of sisRNAs in human is lacking. Therefore, we aimed to identify sisRNAs profile that are transcribed from their intronic promoter under cisplatin- and TNF-alpha- mediated apoptosis conditions. In this thesis study, the deep sequencing of total RNA, polyA + and polyA eliminated fractions from cisplatin-, TNF-alpha-, DMSO-treated cells were performed. Differentially expressed intronic transcripts were analysed by DE-kupl algorithm. The intronic transcripts both in total RNA and polyA + RNA fractions but not in polyA eliminated fractions were screened visually on Integrated Genome Viewer (IGV) and selected as sisRNA candidateS. 48 sisRNA candidates were detected in cisplatin-treated data while 33 sisRNA candidates were detected in TNF-alpha- treated data. 5' and 3' RACE PCRs were performed for determination of transcriptional units of sisRNA candidates. Overexpression of sisR-DOCK7-IT1 caused 8.09% increase in total apoptosis of HeLa cells in 48 hours. sisR-DOCK7-IT1 triggers the activation of apoptosis but the mechanism of its induction of apoptosis is still unknown.
Benzer Tezler
- Akut koroner sendrom ve stabil koroner arter hastalarının poliklinik takiplerinde hedef LDL-K seviyelerine ulaşma düzeylerinin incelenmesi
Examination of the levels of achieving target LDL-C levels in outpatient follow-ups of acute coronary syndrome and stable coronary artery disease patients
EMİNE ECEM ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Aile HekimliğiSağlık Bilimleri ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FAHRETTİN KATKAT
PROF. DR. ZUHAL AYDAN SAĞLAM
- Türkiye'de gelir dağılımının incelenmesi (1998-2015)
Examination of income distribution in Turkey (1998-2015)
MEHMET EMİN ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
EkonomiHarran ÜniversitesiMaliye Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET KÜÇÜKKAYA
- Hareketli illüstrasyon tasarımı uygulamalarının incelenmesi: 30 Ağustos Zafer Bayramının 100. yıl tanıtım örneği
Examination of motion illustration design applications: An example of the centennial of the August 30 Victory Day
CEYDA KURTEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Güzel SanatlarKütahya Dumlupınar ÜniversitesiSanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı
PROF. DR. LEVENT MERCİN
- Hastane öncesi acil sağlık hizmetlerinde görev yapan paramediklerin geniş QRS'li taşikardilerin tanı ve tedavi konusundaki bilgi düzeylerinin incelenmesi
The examination of the knowledge levels of the paramedics working within the prehospital emergency helath services regarding the diagnosis and treatment of the wide QRS tachycardias
YASİN CAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İlk ve Acil YardımSelçuk Üniversitesiİlk ve Acil Yardım Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN KARA
- Kronik obstrüktif akciğer hastalığında üst ekstremite egzersizlerinin yaşam kalitesine etkisi
The Effects of upper extremity exercises on quality of life in patients with chronic obstructive pulmonary disease
AYLE GEZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Göğüs Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜZEYYEN ERK