Geri Dön

Examination of stable intronic sequence RNA profile under apoptotic conditions

Apoptotik koşullar altında stabil intronik sekans RNA profilinin incelenmesi

  1. Tez No: 761679
  2. Yazar: MERVE KARA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 61

Özet

Apoptoz bir programlı hücre ölümü şeklidir. Kemoterapötik ilaç olan sisplatin apoptozun içşel yolağını aktive ederken, ölüm ligandı olan TNF-alfa ise apoptozun dışsal yolağını aktive eder. Apoptozun transkripsiyon sonrası düzenlenmesinde kodlamayan RNA rol alır. Kodlamayan RNA sınıfının yeni üyesi olan stabil intronik sekans RNA'lar (sisRNA) kırpılmaya bağlı ve bağımsız olmak üzere iki mekanizma ile üretilirler. Kendi intronik promotörüne sahip olan sisRNA'lar 5'şapka ve çokluA kuyruğa sahip olabilirler. Xenopus ve Drosophila'da yapılan çalışmalarda birçok sisRNA raporlarsa da henüz insanda genom düzeyinde bir çalışma bulunmamaktadır. Bu sebeple, sisplatin ve TNF-alfa uygulanması sonrası koşullarda ifade edilen intronik promotörlü sisRNA'ları belirlemeyi amaçladık. Bu çalışmada, sisplatin, DMSO ve TNF-alfa ile müdahale edilmiş hücrelerden elde edilen toplam, çokluA pozitif ve çokluA negatif RNA fraksiyonları için derin sekanslama gerçekleştirildi. Farklı ifade edilen intronik transkriptler DE-kupl algoritması kullanılarak analiz edildi. Toplam ve çokluA pozitif RNA fraksiyonlarında görülen fakat çokluA negatif RNA fraksiyonlarında görülmeyen intronik transkriptler manuel olarak Integrated Genome Viever üzerinden tarandı. Analiz sonucunda sisplatin uygulanmış koşullarda 48, TNF-alfa uygulanmış koşullarda ise 33 sisRNA adayı listelendi. Adayların 5' ve 3' sınırları 5'/3' RACE PCR ile belirlendi. Adayların fenotip üzerindeki etkilerinin taranması amacıyla, sisR-DOCK7-IT1 hücrede aşırı-ifade ettirildi. 48 saatlik aşırı-ifade sonrasında toplam hücre apoptozu %8,09 oranında arttı. sisR-DOCK7-IT1'in hücre apoptozunda rol aldığı bulundu fakat nasıl bir mekanizma ile etkili olduğu hala bilinmemektedir.

Özet (Çeviri)

Apoptosis is a process of programmed cell death. Cisplatin, a chemotherapeutic drug, activates intrinsic pathway of apoptosis while TNF-alpha, a death ligand, activates the extrinsic pathway of apoptosis. Noncoding RNAs involve in regulation of apoptotic pathways at post-transcriptional level. Stable intronic sequence RNAs (sisRNAs) are the novel class of non-coding RNAs which can be generated by splicing- dependent and independent mechanisms. sisRNAs transcribed from their intronic promoter may contain 5' cap and polyA tail. Despite the reports of several studies about sisRNAs in Xenopus and Drosophila, a genome-wide profile of sisRNAs in human is lacking. Therefore, we aimed to identify sisRNAs profile that are transcribed from their intronic promoter under cisplatin- and TNF-alpha- mediated apoptosis conditions. In this thesis study, the deep sequencing of total RNA, polyA + and polyA eliminated fractions from cisplatin-, TNF-alpha-, DMSO-treated cells were performed. Differentially expressed intronic transcripts were analysed by DE-kupl algorithm. The intronic transcripts both in total RNA and polyA + RNA fractions but not in polyA eliminated fractions were screened visually on Integrated Genome Viewer (IGV) and selected as sisRNA candidateS. 48 sisRNA candidates were detected in cisplatin-treated data while 33 sisRNA candidates were detected in TNF-alpha- treated data. 5' and 3' RACE PCRs were performed for determination of transcriptional units of sisRNA candidates. Overexpression of sisR-DOCK7-IT1 caused 8.09% increase in total apoptosis of HeLa cells in 48 hours. sisR-DOCK7-IT1 triggers the activation of apoptosis but the mechanism of its induction of apoptosis is still unknown.

Benzer Tezler

  1. Akut koroner sendrom ve stabil koroner arter hastalarının poliklinik takiplerinde hedef LDL-K seviyelerine ulaşma düzeylerinin incelenmesi

    Examination of the levels of achieving target LDL-C levels in outpatient follow-ups of acute coronary syndrome and stable coronary artery disease patients

    EMİNE ECEM ÜNAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Aile HekimliğiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FAHRETTİN KATKAT

    PROF. DR. ZUHAL AYDAN SAĞLAM

  2. Türkiye'de gelir dağılımının incelenmesi (1998-2015)

    Examination of income distribution in Turkey (1998-2015)

    MEHMET EMİN ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    EkonomiHarran Üniversitesi

    Maliye Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET KÜÇÜKKAYA

  3. Hareketli illüstrasyon tasarımı uygulamalarının incelenmesi: 30 Ağustos Zafer Bayramının 100. yıl tanıtım örneği

    Examination of motion illustration design applications: An example of the centennial of the August 30 Victory Day

    CEYDA KURTEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Güzel SanatlarKütahya Dumlupınar Üniversitesi

    Sanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı

    PROF. DR. LEVENT MERCİN

  4. Hastane öncesi acil sağlık hizmetlerinde görev yapan paramediklerin geniş QRS'li taşikardilerin tanı ve tedavi konusundaki bilgi düzeylerinin incelenmesi

    The examination of the knowledge levels of the paramedics working within the prehospital emergency helath services regarding the diagnosis and treatment of the wide QRS tachycardias

    YASİN CAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    İlk ve Acil YardımSelçuk Üniversitesi

    İlk ve Acil Yardım Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HASAN KARA

  5. Kronik obstrüktif akciğer hastalığında üst ekstremite egzersizlerinin yaşam kalitesine etkisi

    The Effects of upper extremity exercises on quality of life in patients with chronic obstructive pulmonary disease

    AYLE GEZGEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Göğüs Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜZEYYEN ERK