Geri Dön

Investigation of long non-coding RNA and chromatin interactions in HeLa cells

HeLa hücrelerinde uzun kodlanmayan RNA ve kromatin etkileşimlerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 761693
  2. Yazar: MELİS ATBİNEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Kodlamayan RNA, Kromatin, Uterin servikal neoplazmlar, Non-coding RNA, Chromatin, Uterine cervical neoplasms
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

DNA hücre içerisinde histon proteinlerinin etrafına sarılı halde bulunur ve bu yapılar katlanarak nükleozomları oluşturur. Ardından tekrar katlanma gerçekleşerek kromatin yapısı oluşturulur. Bu yapının regülasyonu genlerin okunması için çok önemlidir. Hücrenin durumuna göre katlanmalarda değişiklikler gerçekleşir. Kromatin regülasyonunda uzun kodlamayan RNA'lar (ukmRNA) görev alır. ukmRNA'lar protein kodlama potansiyeli olmayan 200 nükleotitten daha uzun transkriptlerdir. Bu moleküller polyA kuyrukları ve 5' başlarını içerir. Böylece, çekirdekte yer alırlar. ukRNA'lar kromatinle dolaylı ya da direkt yoldan etkileşir. Bu direkt etkileşimler sırasında R-loop ya da triplex yapıları oluşur. Önceki çalışmalarda HEK hücrelerinde ukmRNA'ların kromatin katlanmasında görev alan DNA'lar ile etkileştiği görülmüştür. Kanser hücrelerinde de bu etkileşimler görülebilir. Bu bağlamda iMARGI metodu kullanarak adenokarsinom HeLa hücrelerinde bütün kromatinle etkileşen tüm ukmRNA'ların belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu metot kapsamında birbiriyle etkileşim halinde olan DNA ve RNA'lar biyotin içeren bir linker molekülü tarafından birleştirildi. Yeni oluşturulan kompleks streptavidin – biotin etkileşimi ile elde edilmiştir. Sonuç örneği PCR ile çoğaltılarak HeLa hücrelerinde kromatinle etkileşen RNA'ların kütüphanesi oluşturulabilecektir. Gelecekte apoptoz indüklenmiş hücrelerden kütüphaneler oluşturabilir. Bu kütüphanelerden bulunan ukmRNA'lar tedavi amaçlı kullanılma potansiyeline sahiptir.

Özet (Çeviri)

The DNA in the cells is surrounding histone proteins to form nucleosomes. The structure is packed further into chromatin. The chromatin structure is dynamic and flexible. It is regulated by many factors including long non-coding RNAs (lncRNAs). LncRNAs are a class of non-coding RNAs, transcripts that do not encode protein. They are longer than 200 nucleotides and might contain a polyA tail and a 5' cap. Thus, they are localized in the nucleus. lncRNAs interact with chromatin in two ways, indirect and direct. Direct interaction occurs via two mechanisms: R-loop and triplex formation. These interactions affect the folding of chromatin inducing gene expression under various cellular conditions. LncRNAs interacting with chromatin regulating genes are found in HEK cells. Thus, it is hypothesized that lncRNA – chromatin interactions may differ in cancerous cells as well. In this study, the iMARGI method is optimized to be used in adenocarcinoma HeLa cells. The chromatin digestion and incubation conditions are adjusted to give optimal results for HeLa cells. iMARGI is a recently developed method employed to investigate such interactions in a genome-wide manner. iMARGI allows the isolation of all lncRNAs interacting with the whole genome. The interacting RNA – DNA molecules are pulled down with streptavidin conjugated beads after linker ligation. The chimeric molecules are amplified with PCR forming lncRNA – chromatin libraries of HeLa cells. In the future, new libraries can be formed after inducing apoptosis in HeLa cells. Identification of lncRNAs involved in chromatin remodeling in apoptotic conditions can facilitate new therapeutic methods for fighting tumor initiation and development.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    252

    İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR TÜRKYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

  2. Tez No

    257

    Kuyruk modelleri ve analizi üzerine bir uygulama

    Başlık çevirisi yok

    DİDEM ÖZPULAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    İstatistikEge Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FİKRET İKİZ

  3. Tez No

    263

    Samsun ve çevresinde tarla sarmaşığı (conuolvulus arvensis L.)'na karşı biyolojik savaşa esas olacak fauna tespiti

    Investigations on the insect fauna of the field binweed (Conuolvulus arvensis L.) related to its biological control in Samsun Province

    YASEMİN UFUK GERMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    BotanikEge Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİYAZİ LODOS

  4. Tez No

    21

    Gebelik ve doğum olgularında prolaktin düzeylerinin değerlendirilmesi

    The Evaluation of prolactin values during pregnancy labour and in deliveries

    TÜLİN AKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  5. Tez No

    274

    Bromtimol mavisi, bromkresol moru ve klorfenol kırmızısı indikatörleri katılmış özel besiyerlerinin sütlerde antibiyotik belirtilmesine uygunluğu üzerine araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    ESENGÜL TUNCER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Gıda MühendisliğiEge Üniversitesi

    Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN YAYGIN

Geri Dön