FOXF1 bitişik kodlamayan gelişimsel düzenleyici RNA ile over kanser ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship between FOXF1 adjacent non-coding developmental regulatory RNA and ovarian cancer
- Tez No: 984136
- Danışmanlar: Prof. Dr. ALİ ERDİNÇ YALIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Eczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Over kanseri, geç teşhis ve karmaşık moleküler mekanizmaları nedeniyle dünya çapında en ölümcül jinekolojik malignitelerden biridir. Hastalık genellikle erken evrelerde asemptomatik seyrettiğinden, tanı sıklıkla gecikir ve bu durum yüksek mortalite oranlarına yol açar. Bu nedenle over kanserinin moleküler temellerinin anlaşılması, erken tanı belirteçlerinin geliştirilmesi ve daha etkili terapötik stratejilerin oluşturulması açısından kritik öneme sahiptir. Son yıllarda, uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), kanser biyolojisinde önemli düzenleyici moleküller olarak öne çıkmıştır. Protein kodlamamalarına rağmen, lncRNA'lar gen ifadesini kromatin remodelingi, transkripsiyonel kontrol ve post-transkripsiyonel mekanizmalar aracılığıyla düzenler. Bu moleküller arasında, FENDRR, proliferasyon, apoptoz, göç ve invazyon gibi temel hücresel süreçlerdeki rolü nedeniyle dikkat çekmiş olup, potansiyel bir biyobelirteç ve terapötik hedef olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışmada, FENDRR'in over kanserindeki düzenleyici rolü, SKOV3 over kanseri hücre hattı ve insan dermal fibroblast (HDF) hücreleri arasındaki ifade farkları incelenerek araştırılmıştır. Deneysel süreçler hücre kültürü, total RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve gerçek zamanlı kantitatif PCR (RT-qPCR) aşamalarını içermektedir. SKOV3 ve HDF hücreleri uygun steril koşullarda, istenen konfluense ulaşana kadar kültüre edilmiştir. Her bir örnekten total RNA izole edilmiş ve cDNA sentezinden önce bütünlük ve konsantrasyonu değerlendirilmiştir. cDNA, kantitatif analizler için uygun standart bir ters transkripsiyon protokolü ile üretilmiştir. Gen ifadesi, SYBR Green temelli bir RT-qPCR sistemi ile ölçülmüş ve ACTB evrensel referans gen olarak kullanılmıştır. Her grup, üç biyolojik örnek içermiş ve her örnek üç teknik tekrar ile analiz edilmiştir. İstatistiksel analizler, Ct değerleri kullanılarak Prism yazılımında gerçekleştirilmiş; verilerin normalliği Shapiro–Wilk testi ile değerlendirilmiş ve dağılıma bağlı olarak Welch t-testi veya Mann–Whitney testi uygulanmıştır. RT-qPCR sonuçları, SKOV3 ve HDF hücreleri arasında FENDRR ifadesi açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığını göstermiş, ancak SKOV3 örneklerinde hafif bir yükselme gözlemlenmiştir. HDF replikatları arasındaki değişkenlik, primer hücre popülasyonlarının doğal heterojenitesini yansıtmaktadır. Bu bulgular, FENDRR'in over kanseri progresyonundaki olası rolüne işaret etmekte olup, daha kapsamlı çalışmalar gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Ovarian cancer is one of the most lethal gynecological malignancies worldwide, largely due to late-stage diagnosis and complex molecular mechanisms underlying disease progression. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have gained attention as key regulators in cancer biology. Although lncRNAs do not encode proteins, they influence gene expression through chromatin remodeling, transcriptional control, and post-transcriptional regulation. Among these molecules, FENDRR has been highlighted for its involvement in critical cellular processes such as proliferation, apoptosis, migration, and invasion, suggesting its potential role as a biomarker and therapeutic target in cancer. In this study, the regulatory role of FENDRR in ovarian cancer was investigated by comparing its expression levels in the SKOV3 ovarian cancer cell line and human dermal fibroblast (HDF) cells. The experimental workflow included cell culture, total RNA isolation, cDNA synthesis, and quantitative real-time PCR (RT-qPCR). Both SKOV3 and HDF cells were cultured under standard sterile conditions. Total RNA was isolated from each sample, and RNA concentration and integrity were assessed before proceeding to cDNA synthesis using a standard reverse transcription protocol. Gene expression analysis was performed using an RT-qPCR system, with ACTB used as the housekeeping gene for normalization. Each experimental group consisted of three biological samples, and each sample was analysed in three technical replicates. Statistical analyses were conducted using Ct values in Prism software. Data normality was assessed with the Shapiro–Wilk test, followed by Welch's t-test or the Mann–Whitney test as appropriate. RT-qPCR analysis revealed no statistically significant difference in FENDRR expression between SKOV3 and HDF cells, although a slight increase was observed in SKOV3 samples. Variability among HDF replicates likely reflects the inherent heterogeneity of primary cells. Overall, these findings provide preliminary insight into the potential role of FENDRR in ovarian cancer, highlighting the need for further studies with larger sample sizes and increased replication.
Benzer Tezler
- Functional analysis of the T-box transcription factors Tbx2 and Tbx3 in the development of the ureteric mesenchyme in the Mouse
Başlık çevirisi yok
NURULLAH AYDOĞDU
- Akut lenfoblastik lösemi hücre hattında FoxM1 gen ekspresyon seviyesinin belirlenmesi ve FoxM1'in deksametazon ve FoxM1 inhibitörü siomisin A kullanılarak hedeflenmesi
Determination of FoxM1 gene expresssion level in acute lymphoblastic leukemia cell line and targeting FoxM1 by deksametazon and FoxM1 inhibitor Siomycin A
ÖZLEM TÜFEKÇİ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLARSU İRKEN
- Papiller tiroid karsinomlarında FOXE1, IMP3 ve TERT ekspresyonu
Expression of FOXE1, IMP3 and TERT in papillary thyroid carcinomas
NURTAÇ ASA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
PatolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURAY CAN
- FOXM1 transkripsiyon faktörü inhibisyonunun meme kanserinde metastaz üzerine potansiyel etkilerinin incelenmesi
Investigation of potential effects of FOXM1 transcription factor inhibition on metastasis in breast cancer
FUNDA DEMİRTAŞ KORKMAZ
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH EKMEKÇİ
DOÇ. DR. İREM DOĞAN TURAÇLI
- FOXD1 transkripsiyon faktörü susturulmasının prostat kanseri hücrelerinde epitelyal-mezenkimal geçiş üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of effects of FOXD1 transcription factor silencing on epithelial to mesenchymal transition in prostate cancer cells
ÇİĞDEM DÖNMEZ
Doktora
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ECE KONAÇ
