Investigation of host proteome changes in plasma of COVID-19 Patients
COVID-19 hastalarının plasmalarında bulunan protein değişiminin incelenmesi
- Tez No: 763133
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
SARS-CoV2 enfeksiyonu, 2019 yılından bu yana halk sağlığı için küresel bir tehdit oluşturuyor. Hastalığın mekanizmalarının ve patofizyolojisinin nasıl olduğu ve ne tür tedavi stratejileri önerebileceğimiz hala net değil. Derinlemesine kütle spektrometrisi tabanlı proteomik analizden faydalananılarak, bu çalışmada COVID-19 hastaları ve enfekte olmayan bireylerin karşılaştırılmasından sonra tanımlanan toplam 1147 plasma proteinlerinden 111'inin istatistiksel olarak önemli ölçüde değişim gösterdiğini bulduk. Ayrıca, hastaların protein profillerine göre nasıl kümelendiklerini kontrol ettik ve kritik hastaların plazma proteom örneklerinin, ciddi ve orta dereceli olanlardan farklı bir küme olarak kendi içinde gruplandırıldığı sonucuna vardık. Şaşırtıcı bir şekilde, kritik spesifik kümede olup yukarı yönde ifade edilen proteinler, nötrofil degranülasyonu (HP, SERPINA1, SERPINA3, CST3, PKM, FCGR3B, S100A9, VNNN1) ve amiloid oluşumu (SAA1, SAA2, FGA, H2BC21) mekanizmalarında rol oynuyorken, kritik spesifik kümede olup aşağı yönde ifade edilen genler, çoğunlukla hemostaz ve lipid metabolizmasında rol oynuyor. COVID-19'un farklı fazları (erken, inflamatuar ve iyileşme) ve hastalık şiddeti dereceleri göz önüne alındığında, CLEC3B, MST1 ve ITIH2 proteinleri, COVID-19 hastalığının şiddetini erken tahmininde kullanılabilecek prognostik biyobelirteçler olarak önerilmektedir. Son olarak, yalnızca istatistiksel olarak değişim gösteren proteinleri alarak COVID-19 hastalığı ile ilişkili bir plazma protein ağı oluşturduk. Ayrıca, plazma protein ağının viral proteinlere bağlılığını gösterip ORF8 ve NSP5 viral proteinler ile olan protein ağını gösterdik.
Özet (Çeviri)
The world has been under the influence of Coronavirus disease 2019 caused by the infection of Severe Acute Respiratory Coronavirus type 2 (SARS-CoV-2) since December 2019. In this study, by employing an in-depth mass-spectrometry-based proteomics approach, we systematically analyzed the plasma proteome of COVID-19 patients. We aimed to define early severity biomarkers by monitoring different severity grades of COVID-19 patients (moderate, severe, and critical) and periods of infection (early infection, inflammatory response, and recovery). Our analysis identified 111 significantly deregulated plasma proteins out of the total 1147 identified plasma proteins in COVID-19 patients. Also, we checked how the patients are clustered according to their protein profile and concluded that critical patients' plasma proteome samples are intrinsically grouped as a different cluster than the severe and moderate ones. Intriguingly, while proteins identified as upregulated in the critical specific cluster are involved in the pathways of neutrophil degranulation and amyloid formation, the ones that are downregulated in the critical specific cluster play roles mainly in the hemostasis and lipid metabolism. By considering both phases of the COVID-19 and the disease severity grades, CLEC3B, MST1, and ITIH2 proteins are suggested as prognostic biomarkers that can be used in the early prediction of COVID-19 severity. Finally, by taking an integrative approach, we constructed a plasma protein network associated with COVID-19 disease. Besides, we showed the connectedness of the plasma protein network to the viral proteins and focused on the downstream pathways of ORF8 and NSP5 that provides insight into how virus-modulated signaling pathways lead to physiological changes.
Benzer Tezler
- Investigation of infection mechanisms through pathogen-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches
Patojen-insan protein-protein etkileşimlerinin biyoinformatik analizi ile enfeksiyon mekanizmalarının incelenmesi
SALİHA DURMUŞ TEKİR
Doktora
İngilizce
2013
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU Ö.ÜLGEN
- Karbapenem grubu antibiyotiklerin (Meropenem, İmipenem, Ertapenem) etkisi altında quorum sensing olumlu ve quorum sensing olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşlarının konak etken etkileşiminin araştırması
Investigation of host agent relation in quorum sensing positive and quorum sensing negative Pseudomanas aeruginosa strains under the effect of carbapenem group antibiotics (Meropenem, İmipenem, Ertapenem)
OKAN ALPAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN
PROF. DR. İ.HAKKI BAHAR
- Investigation of host-guest interactions of poly(Amidoamine) dentron-bearing lipids
Poli(Amidoamine) dentron bulunduran lipidlerin taşıyıcı-konuk araştırması
ENDER SARIGÜL
- Entomopatojen nematod heterorhabditis bacteriophora HBH hibrit irkinin in vivo ve in vitro üreti̇m sonrasi konukçu arama davranişlarinin araştirilmasi
Investigation of host-seeking behaviors of the entomopathogenic nematode heterorhabditis bacteriophora HBH hybrid strain after in vivo and in vitro production
AYDAN DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatBursa Uludağ ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL ALPER SUSURLUK
- Agrobacterium tumefaciens enfeksiyonu ile ilişkili konak faktörlerin arpa (Hordeum vulgare L.) bitkilerinde araştırılması
Investigation of host factors associated with Agrobacterium tumefaciens infection in barley (Hordeum vulgare L.) plants
NADIA EL SARRAF
Doktora
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE FİLİZ GÜREL