CLK8 reprograms rhythmic transcriptome and delay replicative senescence in MRC-5
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 768402
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI, DOÇ. DR. ATAY VURAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Sirkadiyen saat, yaklaşık 24 saatlik bir periyotta davranışsal/veya fizyolojik değişiklikleri düzenleyen organizmalardaki zaman tutma sistemlerinden biridir. Bu ritmik değişiklikler, moleküler düzeyde çekirdek saat proteinleri aracılığıyla bir transkripsiyonel-translasyonel düzenleyici geri besleme döngüleri (TTFL) mekanizması tarafından üretilir. Basitçe, BMAL1 ve CLOCK, PER2 ve CRY1 gibi E-box içeren genlerin ekspresyonunu heterodimerize eder ve aktive eder. PER2:CRY1 kompleksi, Kazein kinaz Iε/δ ile birlikte çekirdeğe yer değiştirir ve kendi ifadesini bastırır. Gen kodlayan genlerin yaklaşık %43'ü, genlik ve periyot açısından ilerleyen yaşla birlikte giderek bozulan sirkadiyen saatin kontrolü altındadır. Sirkadiyen saat, üreme, bağışıklık ve gelişme gibi hayati sistemlerle doğrudan bağlantılı olduğundan, homeostaz için sirkadiyen saatin uygun şekilde bakımı çok önemlidir. Grubumuz kısa süre önce sirkadiyen genliği artıran küçük bir molekül olan CLK8'i tanımladı. CLK8'in yaşlanan hücreler üzerindeki etkisini ve in vitro sirkadiyen saatin sağlamlığı üzerindeki etkisini araştırmak için insan akciğer fibroblast hücrelerini (MRC-5) düzenli olarak CLK8 ile tedavi ettim. CLK8'in yaşlı hücrelerin sirkadiyen saatini korumaya yardımcı olduğunu ve telomeraz aktivitesini artırarak ve telomerleri koruyarak hücresel yaşlanmayı azalttığını gösterdim. Ayrıca, RNA dizilimi kullanarak CLK8'in etkisini anlamak için genom çapında bir yaklaşım benimsedim. RNA-seq verilerinin analizi, CLK8'in genlerin salınımını sürdürdüğünü ve yaşlanmada anahtar rol oynadığını ortaya çıkardı. Bu sonuçlar, CLK8'in sirkadiyen saat ile ilgili yaşa bağlı hastalıkların tedavisinde büyük potansiyel gösterdiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The circadian clock is one of the time-keeping systems in organisms that regulate behavioral/or physiological changes with about 24-hour period. These rhythmic changes are generated by a transcriptional-translational regulatory feedback loops (TTFL) mechanism via core clock proteins at the molecular level. Simply, BMAL1 and CLOCK heterodimerize and activate the expression of E-box-containing genes such as PER2 and CRY1. The PER2:CRY1 complex along with Casein kinase Iε/δ translocates into the nucleus and represses their own expression. Almost 43% of gene coding genes are under the control of the circadian clock that is progressively disturbed with advancing age in terms of amplitude and period. Proper maintenance of the circadian clock is essential for homeostasis since the circadian clock is directly connected with vital systems such as reproduction, immunity and development. Our group recently identified a small molecule, CLK8, that enhances circadian amplitude. To investigate the effect of CLK8 on ageing cells and on the robustness of the circadian clock in vitro, I regularly treated human lung fibroblast cells (MRC-5) with CLK8. I showed that CLK8 helps maintain the circadian clock of the aged cells and decreases cellular senescence by enhancing telomerase activity and maintain the telomeres. Furthermore, I have taken genome-wide approach to understand the effect of CLK8 using RNA sequencing. Analysis of the RNA-seq data revealed that CLK8 maintain oscillation of the genes, play key role in ageing. These results indicate that CLK8 shows great potential in the treatment of age-related diseases related with circadian clock.
Benzer Tezler
- The effect of small molecule, CLK8, on circadian clock mechanism
Başlık çevirisi yok
YAĞMUR UMAY DORUK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Identification of ABE2A as a circadian amplitude enhancer with drug-like potency
Bir sirkadiyen saat genliği arttırıcısı olarak potansiyel bir ilaç adayı olan ABE2A'nın tanımlanması
BAŞAK VELİOĞLU ULUBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI