The use of inter-specific complementation approach to understand the role of localised replication in plant virus cell-to-cell transport through plasmodesmata
Plamodesmata yoluyla hücreden hücreye bitki virüs taşınmasında lokalize replikasyonun rolünün anlaşılması için türler arası protein tamamlama stratejisinin kullanımı
- Tez No: 771652
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: PVX, konfokal mikroskopi, tamamlama, Hücreden hücreye hareket, Bitki virüsleri, Hücre hareketleri, PVX, Confocal microscopy, Complementation, Cell-to-cell movement, Plant viruses, Cell movement
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bitki virüslerinin konukçuda yayılmasının tek yolu, plamodesmata (PD)'yı hedefleyebilen ve açabilen ve nükleik asitleri bağlayabilen virüs kodlu hareket proteinleri (MP) yardımıyla viral genomların PD'dan geçiş yaparak taşınmasıdır. Bu taşınma tipik olarak, hücre dışı otonom savunma sinyalizasyonu ve mobil RNA susturma işleminden kaçmak için viral genomların henüz bol olmadığı enfeksiyonun erken döneminde gerçekleşir. Bununla birlikte, bugüne kadar karakterize edilen MP'lerin hiçbiri herhangi bir dizi özgüllüğü göstermemekte, bu da taşımanın seçici olup olmadığı ve nasıl olduğu sorusunu gündeme getirmektedir. Genomu RNA olan virüsler arasında yer alan Patates X virüsü, replikasyon alanlarından bazılarını, yeni sentezlenmiş viral RNA'yı doğrudan kanallara yerleştirebilecekleri plazmodesmata girişlerine yöneltmektedir (eş replikasyonal-hareket). Ektopik MP'ler tarafından hareketin tamamlanması bitki virüsleri arasında yaygın bir olaydır ve lokalize replikasyonun mekanizmasını ve önemini incelemek için bir yol sağlar. Bu çalışmada, PVX'in hücreden hücreye taşınmasından sorumlu olan üçlü gen bloğu (TGB) yerine, Tütün mozayik virüsü'nün 30K hareket proteinini ifade etmek üzere modifiye edilen PVX-temelli plasmid vektör oluşturulmuştur. PD içindeki viral genomları takip edebilen yüksek afiniteli RNA bağlayıcı protein Csy4'e dayanan yeni, oldukça hassas bir RNA görüntüleme sistemi kullanılarak, PVX in PD-ilişkili replikasyon yerleri oluşturduğu gösterilmiştir. Bu sonuç, MP'lerin, aynı RNA molekülü/molekülleri veya konukçu proteinler ile karşılıklı etkileşimler yoluyla viral replikazları spesifik olmayan bir şekilde bir araya getirdiğini düşündürmüştür.
Özet (Çeviri)
The only way for plant viruses to spread through their hosts is transport of viral genomes through plasmodesmata (PD) with the aid of virus-encoded movement proteins (MPs), which can target and open PD and bind nucleic acids. This transport typically happens early during infection, when viral genomes are not yet abundant, in order to escape non-cell-autonomous defence signalling and mobile RNA silencing. However, none of the MPs characterised to date show any sequence specificity, raising the question whether transport is selective and how this occurs. The RNA virus, Potato virus X targets some of its replication sites to the entrances of plasmodesmata (PD), where it may insert newly synthesized viral RNA directly into the channels (co-replicational movement). Complementation of movement by ectopic MPs is widespread amongst plant viruses and provides a way to dissect the mechanism and significance of localised replication. In this study, PVX-based plasmid vector is constructed by modifying it to express the 30K MP of Tobacco mosaic virus, instead of its cognate triple gene block (TGB) proteins, which are responsible for cell to cell transport of PVX. Using a new, highly sensitive RNA imaging system based on the high-affinity RNA binding protein Csy4 which can track viral genomes within PD, it is shown that PVX with in cis movement complmentation, nonetheless, is still capable of forming PD-associated replication sites, suggesting that MPs may recruit viral replicases non-specifically through mutual interactions with the same RNA molecule(s) or host proteins.
Benzer Tezler
- The use of machine learning algorithms to derive fragility curves for mid-rise reinforced concrete buildings
Orta katlı betonarme binalar için kırılganlık eğrilerinin makine öğrenmesi algoritmaları ile türetilmesi
ONUR ÜLKÜ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Deprem MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiDeprem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UFUK HANCILAR
- Genetiği değiştirilmiş soya ürünlerinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu belirleme metodlarının validasyonu
Validation of the event-specific polymerase chain reaction detection methods on genetically modified soy products
BARBAROS MÜLAYİM
- Fındık kabuğu külü ve yüksek karbonlu ferrokrom üretim fırınlarında ortaya çıkan baca külünün asfalt betonunda filler olarak kullanımı
The use of hazelnut shell ash and chimney ash released in high carbon ferrochrome production furnaces as files in asphalt concrete
HÜSEYİN GÜNDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
UlaşımAdana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET BEYCİOĞLU
- Görsel üretimde yapay zekâ kullanımı ve Mıdjourney örneği
The use of artificial intelligence in visual production and the example of Midjourney
GÖKHAN KELEŞ
Sanatta Yeterlik
Türkçe
2025
Güzel SanatlarÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiResim Ana Sanat Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜL SARIDİKMEN
- Anadili türkçe olan sağlıklı yetişkinlerin söylemlerinde ana kavram analizinin kullanılması ve güvenilirliği
The use and reliability of main concept analysis in the discourses of healthy adults whose native language is turkish
VİLDAN TOPRAK MUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
DilbilimAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiDil ve Konuşma Terapisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKEM KARA