Mikrodizin kaynaklı genotip bilgisi kullanılarak kopya sayısı değişikliklerinde mozaiklik oranının saptanması
Determination of mosaicism ratio in copy number variations using microarray based genotype information
- Tez No: 773719
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARDA ÇETİNKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 159
Özet
Kopya sayısı değişiklikleri (Copy Number Variation, CNV), genomik bölgelerin normal diploid (2 kopya) kopya sayısında bölgesel bir değişikliği temsil eden, uzunluğu >50 bp olan yapısal varyantlardır. Bu tanıma göre, tek hücre içerisindeki tüm lokuslar için kopya sayıları tam sayı olmak durumundadır; ancak farklı kopya sayılarına sahip alt popülasyonlardan oluşan bir hücre popülasyonu için, tüm hücre popülasyonu açısından bakıldığı zaman, tam sayı olmayan değerlerde kopya sayısı söz konusu olabilir. Bu türden CNV'lere mozaik CNV'ler (mCNV), mCNV'lerin oluşturduğu bu genetik duruma ise genetik mozaisizm denilmektedir. mCNV'lerle doğuştan ya da kanserde olduğu gibi hayatın ileriki dönemlerinde karşılaşılabilir. Özellikle kanser gibi hastalıklarda mCNV'lerin saptanması tanı ve tedavi takibinde kritik öneme sahip olduğundan, birçok araştırmacı ve ticari firma mCNV'lerin saptanmasına yönelik yöntemler geliştirmiştir. Bu yöntemler arasında SNP mikrodizin yöntemi, farklı boyutlarda mCNV'ler için genom boyu taramaya olanak tanıması sebebiyle günümüzde en sık kullanılan yöntemdir. Ancak mCNV'lerin lokalizasyonunun yanı sıra, hastalık seyri ve tedavisinin takibinde asıl kritik role sahip olan hücre popülasyonundaki bulunma oranlarına, yani mozaisizm fraksiyonuna (fm), yönelik yetkin ve spesifik çalışma sayısı çok azdır. Bu tezde, mCNV'lerin oranını (fm) SNP mikrodizin verisinden elde edilen BAF ve LRR verileriyle R programlama dilinde Kolmogorov-Smirnov (KS) testi ile hesaplayan, hesaplama için güven aralıklarını belirleyen Copy-fm olarak adlandırılan bir biyoinformatik araç geliştirilmiştir. Copy-fm'in güvenilirliğinin ve fonksiyonlarının test edilmesi, tarafımızca deneysel olarak oluşturulmuş mozaik delesyon örnekleri ve gerçek klinik verilerle birlikte kamuya açık verilerden değerlendirilmiştir. Ek olarak, Copy-fm'in bölgesel olarak fm hesaplamasının yanında, daha önce denenmemiş bir yaklaşım olan“fm-first”olarak adlandırdığımız genom boyu tarama algoritmasıyla, aracın fm sonucunu da vererek genom boyu mCNV saptama yeteneği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Copy number variations (CNVs) are >50 bp structural chromosomal variants that represent a regional change in the normal diploid (2 copies) copy number (CN) of genomic loci. This definition dictates that all copy numbers in a single cell must be integers, however, for a cell population consisting of various subpopulations with different copy numbers, when the whole cell population is considered there may be non-integer copy numbers. CNVs that cause such copy numbers to have been defined as mosaic CNVs (mCNVs). mCNVs can be encountered at birth or later in life because of conditions such as cancer. Since the detection of mCNVs is critical in diagnosis and treatment monitoring, especially in cancer, many researchers and commercial companies have developed methods for the detection of mCNVs. Among these methods, the SNP microarray method is the most commonly available as it allows genome-wide screening for mCNVs of different sizes. However, despite the rapid development in methods for localization of mCNVs, the number of competent and specific studies for determination of cells with CNV in a population of cells, fraction of mosaicism (fm), is very limited. Within this thesis, a bioinformatics tool which was named Copy-fm has been developed in R programming language that utilizes BAF and LRR values obtained from SNP microarray data to calculate ratio for fm by Kolmogorov-Smirnov (KS) test. This allowed us to fulfil the much-neglected need for fm calculation which may be required in research and clinics. Testing of Copy-fm's reliability and functionality has been achieved by using experimentally-designed mosaic deletion samples along with publicly available and real clinical data. In addition, Copy-fm has been tested on two main microarray platforms, revealing the differences between microarray platforms. In addition, besides the regional fm calculation, Copy-fm's ability to detect genome-wide mCNVs has been demonstrated by an approach we named“fm-first”algorithm, which has never been tested before.
Benzer Tezler
- Kolorektal adenokarsinom hastalarında metastaz oluşumu ve terapiye yanıt farklılıklarındaki moleküler alt yapının araştırılması
Investigation of molecular background differences in metastasis formation and therapeutic response in patients with colorectal adenocarcinoma
MEHTAP ÇEVİK
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELGİN SÜSLEYİCİ DUMAN
- Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemili hastaların kemik iliği kaynaklı mezenkimal stromal hücrelerinin blastlarla etkileşimi sonrası transkriptom analizi
Transcriptomic analyse of mesenchymal stromal cells derived from bone marrow of patients with childhood acute lymphoblastic leukemia after interaction with leukemic blasts
TUBA ÖZDEMİR SANCI
Doktora
Türkçe
2020
GenetikAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HABİBE MELTEM ÖZGÜNER
- Otozomal resesif geçiş gösteren mikroftalmili bir ailede mikrodizin ve ekzom sekanslama yöntemi ile yeni genlerin araştırılması
Investigation of new genes in a family with microphthalmia by microarray and exome sequencing methods
SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN
Doktora
Türkçe
2015
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜVEM GÜMÜŞ AKAY
PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
- Miyelodisplastik sendrom (MDS) ve akut miyeloid lösemi (AML) hastalarının kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelerinin (MKH) karakterizasyonu ile gen/ mikrorna (miRNA) ifade profillerinin sağlıklı kontroller ile karşılaştırmalı analizi
Characterization and gene/microRNA expression profile analysis of mesenchymal stem cells derived from myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia (AML) patients and comparison with healthy controls
HAKAN ÖZDOĞAN
Doktora
Türkçe
2016
BiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Identification of genomic and transcriptomic variants in chordoma cancer stem cells
Kordoma kanser kök hücrelerinde genomik ve transkriptomik varyasyonların tespiti
NUR EKİMCİ GÜRCAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER FARUK BAYRAK