Geri Dön

Boric acid induced transcriptomic changes in HEPG2 cell line at growth inhibitory concentrations

HEPG2 hücre hattında büyüme kısıtlayıcı derişimlerde borik asit ile oluşan transkriptomik değişiklikler

  1. Tez No: 805665
  2. Yazar: AYŞEGÜL TOMBULOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Genetik, Biostatistics, Bioengineering, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 107

Özet

Bor, birçok fizyolojik rolü olan bir mikrobesindir. Bor'un fizyolojik formu olan borik aside (BA) yüksek düzeyde in vitro maruziyet, çeşitli çalışmalarda sitotoksisite ile ilişkilendirilmiş olsa da BA'nın sitotoksik mekanizmaları hakkında bilinenler nispeten azdır. Bu çalışmada, HepG2 hücrelerinin üç büyüme kısıtlayıcı derişimde (IC50, IC25 ve IC12.5) BA muamelesiyle ilişkili gen ekspresyon profilleri mikrodizin teknolojisi ile incelenmiştir. Büyüme kısıtlayıcı dozlarda in vitro BA muamelesi ile ortaya çıkan temel biyolojik süreçler, yolaklar ve düzenleyici süreçler analizlerle ortaya çıkarılmıştır. Yolak seviyesindeki transkriptomik değişiklikler, bazı nüanslarla birlikte üç BA seviyesinin tümü için tutarlıdır. Derişimden bağımsız olarak, hücre döngüsü ve apoptoz, sırasıyla aşağı regüle-edilen ve yukarı regüle edilen gen listelerinde önemli ölçüde fazla temsil edilmiştir. Bu terimler, IC12.5 seviyesinde daha az belirgin bir şekilde yoğunlaşmıştır. Ayrıca, daha yüksek derişimlerin aksine, DNA onarımı IC12.5'te önemli ölçüde yoğunlaşmamıştır. Her üç derişimde de in vitro BA muamelesi, UDP- glukuronosiltransferaz genlerinin ifadesinde belirgin bir artışı tetiklemiştir. Tüm transkriptomik profiller, derişimle ilgili bazı ince farklılıklara rağmen, önemli ölçüde değişen metabolizma, özellikle lipid/steroid metabolizması sergilemiştir. Ağ analizi, çeşitli Bor ile ilişkili düzenleyici olayları ortaya çıkarmıştır. Genel olarak, büyüme önleyici konsantrasyonlarda BA kaynaklı transkriptomik değişiklikler, erken apoptotik belirteçlerle senesens benzeri bir hücre kaderine işaret etmektedir. DNA onarım düzensizliği, daha yüksek dozlarda belirgindir ve önceki bir çalışmada araştırılan derişime-bağlı genotoksisite ile bağlantılı olabilir.

Özet (Çeviri)

Boron is a micronutrient with many physiological roles. Although high levels of in vitro exposure to boric acid (BA), the physiologically abundant form of Boron, have been associated with cytotoxicity in several studies, relatively little is known about the cytotoxic mechanisms of BA. Herein, the gene expression profiles of BA treatment of HepG2 cells at three growth-inhibitory concentrations, IC50, IC25, and IC12.5, were investigated with microarray technology. The analyses revealed key biological processes, pathways and regulatory processes elicited by in vitro BA treatment at growth-inhibitory doses. The pathway-level transcriptomic changes were consistent for all three levels of BA with some nuances. Regardless of the concentration, cell cycle and apoptosis were significantly overrepresented in the downregulated and upregulated lists of genes, respectively. These terms were less prominently enriched at the IC12.5 level. Furthermore, contrary to the higher concentrations, DNA repair was not significantly enriched at IC12.5. At all three concentrations, in vitro BA treatment stimulates a marked increase in the expression of UDP-glucuronosyltransferase genes. All transcriptomic profiles exhibited significantly altered metabolism, especially lipid/steroid metabolism, despite some subtle differences concerning concentration. BA-associated regulation events were investigated through network analyses at all concentrations. Overall, BA-induced transcriptomic changes at growth-inhibitory concentrations pointed toward a senescence-like fate with early-apoptotic markers. Deregulation of DNA repair processes was noticeable at higher doses and might be linked to concentration-dependent genotoxicity examined in a previous study.

Benzer Tezler

  1. Genom boyu taramaları ve moleküler genetik yaklaşımlarıyla Escherichia coli bakterisinde bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması

    Investigation of genes related to boron tolerance in Escherichia coli using genome-wide screening and molecular genetic approaches

    MERVE SEZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  2. Molecular and physiological investigation of longevity in yeast

    Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi

    MEVLÜT ARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  3. Evolutionary engineering of freeze-thaw stress-resistant yeasts without using chemical mutagenesis

    Donma-erime stresine dirençli mayaların kimyasal mutajen kullanılmadan evrimsel mühendislik ile elde edilmesi

    İREM BALABAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  4. Borik asitin laktoz ile birlikte Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae)'nın bazı biyolojik ve biyokimyasal parametrelerine etkisi

    Effects of boric acid in combination with lactose on some biological and biochemical parameters of Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae)

    VELİ ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiZonguldak Karaelmas Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ENDER BÜYÜKGÜZEL

  5. Borik asit ve bazı türevlerinin saccharomyces cerevisiae üzerindeki biyokimyasal etkileri

    Biochemical effects of boric acid and some derivatives on saccharomyces cerevisiae

    ZEHRA MOLLAOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyokimyaPamukkale Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BERNA KAVAKCIOĞLU YARDIMCI