SARS-COV-2 enfeksiyonu ve sonrasında nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinde mRNA ekspresyonlarının araştırılması
Investigation of mRNA expressions in nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples in active SARS-COV-2 infection and after SARS-COV-2 infection
- Tez No: 776196
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLER ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizyoloji, Physiology
- Anahtar Kelimeler: COVID 19, Gen ifadesi, Korona virüs enfeksiyonları, Korona virüsler, Nazofarenks, Orofarenks, SARS virüsü, COVID 19, Gene expression, Coronavirus enfections, Coronaviridae, Nasopharynx, Oropharyngeal, SARS virus
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Yeni Koronavirüs Hastalığı'na (COVID-19) yol açan Şiddetli Akut Solunum Sendromu Koronavirüsü 2'nin (SARS-CoV-2) konak hücreye girişinde konağın transmembran serin proteaz 2 (TMPRSS2) veya sistein proteazları katepsin B veya L (CTSB/L) rol oynamaktadır. Çalışmamızda SARS-CoV-2 enfeksiyonu sırasında ve enfeksiyon sonrası iyileşmiş hastaların nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinde ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL gen ekspresyonlarının belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinden (n=24) RNA izolasyonu Maxwell® RSC ile örnek toplama sürecini takiben 12 saat içinde gerçekleştirildi. İzole edilen RNA için Solis BioDyne markasına ait FIREScript RT cDNA Synthesis Mix with Oligo (dT) ve 5x HOT FIREPol EvaGreen qPCR Mix Plus (no ROX) kit kullanıldı. Gen ekspresyonları 2−ΔΔCT metoduyla belirlendi. SPSS22 programında Mann Whitney U testi kullanıldı ve p<0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Bulgular: SARS-CoV-2 aktif enfeksiyon ve SARS-CoV-2 enfeksiyon sonrası gruplara dahil edilen sürüntü örnekleri total olarak değerlendirildiğinde; TMPRSS2, CTSB ve CTSL gen ekspresyon seviyeleri her iki grupta benzer bulunurken (p>0,05), ACE2'nin, SARS-CoV-2 aktif ekspresyon grubunda 4,2 kat fazla eksprese olduğu belirlendi (p<0,05). SARS-CoV-2 aktif enfeksiyon grubunda nazofaringeal sürüntü örneklerinde orofaringeal örneklere göre CTSB'nin 10,4 kat arttığı bulundu (p=0,035). ACE2'nin her iki grupta benzer olduğu, TMPRSS2 gen ekspresyon seviyelerinin ise nazofaringeal grupta orofaringeal gruba kıyasla yaklaşık 3 kat azaldığı görüldü (p=0,051). SARS-CoV-2 enfeksiyon sonrası grubunda nazofaringeal sürüntü örneklerinde orofaringeale oranla CTSB'nin 2 kata yakın arttığı, CTSL'nin ise 3 kata yakın azaldığı belirlendi (p>0,05). TMPRSS2 gen ekspresyon seviyelerinin ise nazofaringeal grupta orofaringeal gruba kıyasla yaklaşık 7 kata yakın azaldığı bulundu (p=0,041). Sonuçlar: ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL genlerinin aktif enfeksiyon ile enfeksiyon sonrasında ve alınan bölgeye göre değişen ekspresyon seviyelerine sahip olduğunu belirledik. SARS-CoV-2'nin önlenmesi ve viral yükün azaltılması için geliştirilen aerosol spreylerde ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL genleri hedeflenerek virüsün hücreye girişinin bloke edilebileceğini düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Aim: The host transmembrane serine protease 2 (TMPRSS2) or cysteine proteases cathepsin B or L (CTSB/L) play a role at the entry of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the Novel Coronavirus Disease (COVID-19) into the host cell. In our study, we aimed to determine ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL gene expression differences in nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples from individuals who during and after SARS-CoV-2 infection. Materıal and Methods: RNA isolation from specimens in viral transport medium was performed with Maxwell®RSC within 12 hours following nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples (n=24) collection. FIREScript RT cDNA Synthesis Mix with Oligo (dT) and 5x HOT FIREPol EvaGreen qPCR Mix Plus (no ROX) kit, ®Solis BioDyne were used for gene expression. 2−ΔΔCT method and Mann Whitney U test were used and p<0.05 was considered statistically significant. Results: The swab samples included in the SARS-CoV-2 active infection and SARS-CoV-2 post-infection groups are evaluated; while TMPRSS2, CTSB and CTSL gene expression levels were similar in both groups (p>0.05), ACE2 was found 4.2 fold highly expressed in the SARS-CoV-2 active expression group (p<0.05). In the SARS-CoV-2 active infection group, CTSB was found to increase 10.4 fold in nasopharyngeal swab samples compared to oropharyngeal samples (p=0.035). It was observed that ACE2 was similar in both groups, and TMPRSS2 gene expression levels decreased approximately 3 fold in the nasopharyngeal group compared to the oropharyngeal group (p=0.051). In nasopharyngeal swab samples, in the post-infection group, CTSB increased approximately 2 fold and CTSL decreased approximately 3 fold compared to oropharyngeal samples (p>0.05). It was determined that TMPRSS2 gene expression levels were decreased approximately 7 fold in the nasopharyngeal group compared to the oropharyngeal group (p=0.041). Conclusions: We determined that the ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL genes have varying expression levels in active and after SARS-CoV-2 infection and according to the region taken. We think that the entry of the virus into the cell can be blocked by targeting the ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL genes in aerosol sprays developed to prevent SARS-CoV-2 and reduce viral load.
Benzer Tezler
- COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with COVID-19
FİRUZE SOYAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA SARI
- Anadolu karaçamı (Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb.Holmboe)nın coğrafik varyasyonları
Variabilite geographique de Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb. Holmboe
C. ÜNAL ALPTEKİN
Doktora
Türkçe
1986
Ormancılık ve Orman Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiSilvikültür Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUAD ÜRGENÇ
- Hidrofoillerde derinlik ve kat-kat etkisinin incelenmesi
An Investigation of depth and cascade effect on hydrofoils
AYDIN ŞALCI
- Domates fusarium solgunluğuna (fusarium oxysporum schlect. f. sp. lycopersici (sacc.) snyd. and hans) karşı biyolojik kontrolde anagonistlerin ve toprak solarizasyon uygulamasının karşılıklı etkileşimlerinden yararlanma
Studies on the effects of antagonists and application of soil solarization against to fusarium wilt disease (fusarium oxysporum schlecht f. sp. lucopersici (sacc.) soud. and hans.) of tomatoes
SERAL YÜCEL