SARS-COV-2 enfeksiyonu ve sonrasında nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinde mRNA ekspresyonlarının araştırılması
Investigation of mRNA expressions in nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples in active SARS-COV-2 infection and after SARS-COV-2 infection
- Tez No: 776196
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLER ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizyoloji, Physiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Amaç: Yeni Koronavirüs Hastalığı'na (COVID-19) yol açan Şiddetli Akut Solunum Sendromu Koronavirüsü 2'nin (SARS-CoV-2) konak hücreye girişinde konağın transmembran serin proteaz 2 (TMPRSS2) veya sistein proteazları katepsin B veya L (CTSB/L) rol oynamaktadır. Çalışmamızda SARS-CoV-2 enfeksiyonu sırasında ve enfeksiyon sonrası iyileşmiş hastaların nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinde ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL gen ekspresyonlarının belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örneklerinden (n=24) RNA izolasyonu Maxwell® RSC ile örnek toplama sürecini takiben 12 saat içinde gerçekleştirildi. İzole edilen RNA için Solis BioDyne markasına ait FIREScript RT cDNA Synthesis Mix with Oligo (dT) ve 5x HOT FIREPol EvaGreen qPCR Mix Plus (no ROX) kit kullanıldı. Gen ekspresyonları 2−ΔΔCT metoduyla belirlendi. SPSS22 programında Mann Whitney U testi kullanıldı ve p0,05), ACE2'nin, SARS-CoV-2 aktif ekspresyon grubunda 4,2 kat fazla eksprese olduğu belirlendi (p0,05). TMPRSS2 gen ekspresyon seviyelerinin ise nazofaringeal grupta orofaringeal gruba kıyasla yaklaşık 7 kata yakın azaldığı bulundu (p=0,041). Sonuçlar: ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL genlerinin aktif enfeksiyon ile enfeksiyon sonrasında ve alınan bölgeye göre değişen ekspresyon seviyelerine sahip olduğunu belirledik. SARS-CoV-2'nin önlenmesi ve viral yükün azaltılması için geliştirilen aerosol spreylerde ACE2, TMPRSS2, CTSB ve CTSL genleri hedeflenerek virüsün hücreye girişinin bloke edilebileceğini düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Aim: The host transmembrane serine protease 2 (TMPRSS2) or cysteine proteases cathepsin B or L (CTSB/L) play a role at the entry of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the Novel Coronavirus Disease (COVID-19) into the host cell. In our study, we aimed to determine ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL gene expression differences in nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples from individuals who during and after SARS-CoV-2 infection. Materıal and Methods: RNA isolation from specimens in viral transport medium was performed with Maxwell®RSC within 12 hours following nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples (n=24) collection. FIREScript RT cDNA Synthesis Mix with Oligo (dT) and 5x HOT FIREPol EvaGreen qPCR Mix Plus (no ROX) kit, ®Solis BioDyne were used for gene expression. 2−ΔΔCT method and Mann Whitney U test were used and p0.05), ACE2 was found 4.2 fold highly expressed in the SARS-CoV-2 active expression group (p0.05). It was determined that TMPRSS2 gene expression levels were decreased approximately 7 fold in the nasopharyngeal group compared to the oropharyngeal group (p=0.041). Conclusions: We determined that the ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL genes have varying expression levels in active and after SARS-CoV-2 infection and according to the region taken. We think that the entry of the virus into the cell can be blocked by targeting the ACE2, TMPRSS2, CTSB and CTSL genes in aerosol sprays developed to prevent SARS-CoV-2 and reduce viral load.
Benzer Tezler
- COVİD-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with covid-19
FİRUZE SOYAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA SARI
- Clinical and molecular collaboration studies: i)comparison of CNV by NGS&MLPA in hereditary breast and ovarian cancer ii)effective covid-19 sampling and storage
Klinik ve molküler işbirliği çalışmaları: i)HBOC kapsamında NGS ve MLPA ile CNV karşılaştırması ii) covıd-19 için etkili örnek toplama ve saklama koşulları
JALE YILDIZ
Doktora
İngilizce
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- COVİD-19 hastalarının nazofaringeal mikrobiyota profillerinin araştırılması
Investigation of nasopharyngeal microbiota profiles of COVİD-19 patients
EKİN ERYILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE TÜRK DAĞI
- COVİD-19 hastalığında SARS-COV-2 IGM ve SARS-COV-2 IGG antikor düzeyleri ile SARS-COV-2 reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu döngü eşik değeri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Evaluation of the relationship between sars-cov-2 igm and SARS-COV-2 İGG antibody levels and SARS-COV-2 reverse transcriptase polymerase chain reaction cycle threshold value in COVİD-19 disease
PINAR ÖZAYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSanko ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEN BAYRAM
- SARS-CoV2 enfeksiyonu nedeniyle izlenen hastaların long-COVİD-19 sendromu açısından değerlendirilmesi
Evaluation of patients followed due to SARS-CoV-2 infection in terms of long-COVİD-19 syndrome
SEZİN HOŞGEL SEVDİMBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SÜHEYLA KÖMÜR