Geri Dön

Salmonella'nın lamp yöntemi ile tespiti için tanı prototipi geliştirilmesi ve bu prototipin tanısal değerinin araştırılması

Development of a diagnostic prototype for detection of salmonella by the lamp method and investigation of the diagnostic value of this prototype

  1. Tez No: 777986
  2. Yazar: GÜLNUR SERDAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OKTAY GENÇ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Salmonellozis, Salmonella cinsi bakterilerin neden olduğu insan ve hayvanlarda görülen bulaşıcı bir hastalıktır. Hastalık tüm evcil hayvan türlerini etkilemekle birlikte; genç, gebe ve laktasyondaki hayvanlar hastalığa karşı daha duyarlıdır. En sık görülen klinik belirti enteritistir, bununla birlikte akut septisemi, abort, artrit ve solunum sistemi hastalıkları da görülebilmektedir. Salmonella'nın neden olduğu enfeksiyonların tanısı için çok sayıda moleküler teşhis yöntemi mevcuttur. Ancak kullanım kolaylığı, uzun zaman gerektirmemesi ve bir uzmana ihtiyaç duyulmaması, LAMP yöntemini sınırlı imkanlarda öne çıkarmaktadır. LAMP tekniği, reaksiyon bileşenlerinin izotermal koşullara tabi tutulduğu ve tüm amplifikasyon ve tespit işlemlerinin tek bir adımda gerçekleştirildiği, basitliği ile karakterize bir yöntemdir. LAMP metodu, Bsm (Bacillus subtilis) veya Bst (Bacillus sterotermophilus) polimeraz enziminin izotermal iplikçik-yer değiştirme aktivitesine dayanmaktadır. Bu çalışmada, Salmonellanın nükleik asit amplifikasyon temelli yöntemler (PCR, RT-PCR) yerine; hızlı, kolay ve saha koşullarında kullanımı mümkün LAMP yöntemiyle değerlendirilmesi için tanı prototipi geliştirilmesi amaçlandı. Salmonella'nın cins düzeyinde tanımlanması amacıyla yaygın olarak kullanılan invaziv A (invA) geni tercih edildi. LAMP testinde primer tasarımı için, https://primerexplorer.jp/e/ web sayfası PrimerExplorerV5 yazılımından yararlanıldı. Bu çalışmada, LAMP reaksiyonu 65ºC sıcaklıkta 60dk'da gerçekleştirildi ve sonuçlar hem elektroforez ile hem de SYBR Green I boyası kullanılarak görsel hale getirildi. LAMP testinin saptanabilir limiti S. Enteritidis için 3.66x102 cfu/ml olarak belirlenirken, PCR ve RT-PCR testlerinin saptanabilir limiti sırasıyla 3.66x104 cfu/ml ve3.66x103 cfu/ml olarak tespit edildi.LAMP testinin özgüllüğü ise %100 olarak belirlendi. Sonuç olarak, gelecek dönemde LAMP testinin standardizasyon çalışmalarının sürdürülmesi ve saha validasyonunun yapılarak testin diyagnostik performansının belirlenmesi konusunda planlama yapıldı.

Özet (Çeviri)

Salmonellosis is a contagious disease of humans and animals caused by Salmonella bacteria. Although the disease affects all types of animals; young, pregnant and lactating animals are more susceptible to the disease. The most common clinical symptom is enteritis, however, acute septicemia, abortion, arthritis and respiratory tract diseases can also be seen. There are many molecular diagnostic methods for the diagnosis of infections caused by Salmonella. However, the ease of use, not the requirement of a long time, and no need for an expert, make the LAMP method stand out in limited opportunities. The LAMP technique is a method characterized by its simplicity, in which the reaction components are subjected to isothermal conditions and all amplification and detection processes are performed in a single step. The LAMP method is based on the isothermal strand-displacement activity of the Bsm (Bacillus subtilis) or Bst (Bacillus stereothermophilus) polymerase enzyme. In this thesis, it was aimed to develop a method that can detect Salmonella quickly and easily under limited conditions and also differentiate pathogen/apathogen to investigate alternatives to nucleic acid amplification-based methods (PCR, qPCR,). The invA gene, which is widely used for identification of Salmonella at genus level, was preferred. For the primer design in the LAMP test, the https://primerexplorer.jp/e/ web page PrimerExplorerV5 software was used. In this study, the LAMP reaction was performed at 65ºC for 60 minutes and the results were visualized by both electrophoresis and SYBR Green I. The detectable limit of the LAMP test was determined as 3.66x102 cfu/ml for S. Enteritidis, while the limit of PCR and RT-PCR tests were determined as 3.66x104 cfu/ml and 3.66x103 cfu/ml, respectively. The specificity of the LAMP test was determined as 100%. As a result, planning was made to continue the standardization studies of the LAMP test in the future and to determine the diagnostic performance of the test by performing field validation.

Benzer Tezler

  1. Tavuk etlerinde Salmonella spp. ve Campylobacter spp.'nin standart kültürel yöntem, ilmiğe dayalı izotermal amplifikasyon (LAMP) ve real-time PCR ile belirlenmesi ve doğrulanması

    Determination and identification of Salmonella spp. and Campylobacter spp. by standard culture method, loop-mediated isothermal amplification and real-time PCR in chicken meats

    MEHMET YÜKSEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELAHATTİN SERT

  2. Sağım sistemlerinde UV-C ışınlama ile sütün mikrobiyolojik kalitesinin iyileştirilmesi

    Improvement of microbiological quality of milk by UV-C irradiation in milking systems

    AZİZE ATİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Gıda MühendisliğiTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUNCAY GÜMÜŞ

  3. Development of a polymerase chain reaction based technique for the detection of salmonella

    Salmonalla'nu teşhis edilmesinde PCR temelli bir tekniğin geliştirilmesi

    NEZAHAT GÜLCE ÖREN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ZÜMRÜT B. ÖGEL

  4. The molecular screening of the virulence gene and blaCTX gene of resistant Salmonella typhi in Iraq

    Irak'ta dirençli Salmonella typhi'nin virülans gen ve blaCTX geninin moleküler taraması

    MUSTAFA ABBOOD MOHAMMED MOHAMMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER

    DR. NABEEL AHMED RAJAB ALAARAJY

  5. Farklı geometrik şekillerdeki geleneksel köftelerde (İnegöl ve kasap) Salmonella'nın termal inaktivasyonu

    Thermal inactivation of Salmonella in traditional meatballs (kasap and Inegöl) in differint geometric shapes

    ÇAĞDAŞ KAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Gıda MühendisliğiUşak Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ABDULLAH DİKİCİ