In vitro pathogenicity of Pseudomonas savastanoi isolated from olive trees in Iraq on fruits of various plant species and their molecular characterisation
Irak'ta zeytin ağaçlarından izole edilen Pseudomonas savastanoi bakterisinin çeşitli bitki türlerinin meyveleri üzerinde in vitro patojenisi ve moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 778043
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ İRFAN İLBAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Pseudomonas savastanoi, 16S rRNA, RT-PCR, VITEK 2, Sequencing, PCR, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, Sıralama problemleri, Pseudomonas savastanoi, 16S r RNA, RT-PCR, VITEK2, Sequencing, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi, Sequencing problems
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, Pseudomonas savastanoi bakterisinin havuç ve bazı bitkisel meyveler üzerindeki patojenitesinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu amacıyla yapılmıştır. Patojenik Pseudomonas savastanoi bakteri örnekleri, Irak'ın kuzey bölgesinde yer alan Dohuk ili çevresindeki zeytin dal kanseri bakterisi ile enfekte olmuş zeytin ağaçlarından toplanmıştır. Mart-Mayıs dönemi numunelerin alınıp laboratuvara nakledilmesi ve kültür ortamında yetiştirilmesi dönemdir. Örnekler, Pseudomonas savastanoi tanısı için Blood agar, MacConkey agar ve Cetrimide agarlarda kültüre alınmıştır. Bakteriler aktive edildikten sonra havuç ve limon, fasulye, yerel elma ve ticari elma bitkilerin meyvelerine bakteri aşılaması yapılmıştır. Bu meyveler nem, sıcaklık ve inokülasyon süresi bakımından aynı çevresel koşullara tabi tutulmuştur. Çalışmanın bu kısmı sonucunda, meyvelerde bu bakteri ile herhangi bir enfeksiyon belirtisi görülmediği, ancak 13 günlük inkübasyondan sonra sadece bazı havuçların bu bakteri ile enfekte olduğu tespit edilmiştir. Inkubasyon süresi 20 güne kadar uzatıldığında ise bakterilerin tüm havuç örneklerini enfekte ettiği gözlenmiştir. Enfekte olan havuçlardan bakteriler tekrar izole edilmiş ve bu izolantlar üzerinde oksidaz, katalaz ve üreaz dahil olmak üzere tüm önemli bazı biyokimyasal, mikroskobik, fenotipik testler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, bakteri izolatları, bakteri türünü belirlemek için VITEK2 sisteminde kullanılan bir cihazla analize tabi tutulmuştur. Daha sonra bu bakteriler üzerinde PCR, RT-PCR ve 16S rRNA dizilemesi yapılarak mutasyonlar belirlenmeye çalışılmıştır.
Özet (Çeviri)
The present study was carried out to determine the pathogenicity of Pseudomonas savastanoi on carrots and some other fruits, and to characterize the isolates using molecular methods. Pathogenic Pseudomonas savastanoi bacterial samples were collected from olive trees with olive knot after a field survey of olive trees from around Duhok province in Iraq. The study period was determined to include the beginning of March until the end of May, when after collecting the samples and transferring the samples to the laboratory and growing them on culture media. The samples were cultured on Blood agar, MacConkey agar and Cetrimide agar mediums for the diagnosis of Pseudomonas savastanoi and further studies. After activation, bacteria were inoculated on the carrots and other fruits of plants such as, lemons, beans, local apples and commercial apples. These fruits were subjected to the same environmental conditions of humidity, temperature and incubation period. Results revealed that infection symptoms not appeared on the fruits after bacterial exposure. However, only some of the carrots were found to be infected after 13 days of incubation. On the other hand, when the incubation period was prolonged to 20 days, all the carrots samples were infected. Bacteria were re-isolated from infected carrots and some basic microscopic, phenotypic and biochemical tests including oxidase, catalase and urease were performed on them. In addition, VITEK2 system were used for determining the isolates in species level. Also, PCR and RT-PCR and sequencing of 16S rRNA were performed to detect possible mutations.
Benzer Tezler
- ZEYTİN DAL KANSERİ ETMENİ Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'nin İZOLASYONU, TANISI VE İN VİTRO BİYOLOJİK MÜCADELESİ
ISOLATION, DIAGNOSIS, AND İN VİTRO BIOLOGICAL CONTROL OF THE OLIVE KNOT PATHOGEN Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi.
OGÜN KÜÇÜKTAMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatOsmaniye Korkut Ata ÜniversitesiOrganik Tarım İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BENİAN PINAR AKTEPE
- Candida albicans quorum sensing mediyatörlerinin pseudomonas aeruginosa üremesi üzerine in vitro etkileri
In vitro effects of candida albicans quorum sensing mediators on pseudomonas aeruginosa growth
MEHRDAD ATAEI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN AYGÜN
- Fasulye hale yanıklığı hastalığının (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) biyolojik mücadelesinde endofit bakterilerin etkinliklerinin araştırılması
Investigation of efficiencies of endophytic bacteria in biological control of halo blight disease of bean (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola)
KAMİL DUMAN
Doktora
Türkçe
2020
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONER SOYLU
- Karbapenem grubu antibiyotiklerin (Meropenem, İmipenem, Ertapenem) etkisi altında quorum sensing olumlu ve quorum sensing olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşlarının konak etken etkileşiminin araştırması
Investigation of host agent relation in quorum sensing positive and quorum sensing negative Pseudomanas aeruginosa strains under the effect of carbapenem group antibiotics (Meropenem, İmipenem, Ertapenem)
OKAN ALPAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN
PROF. DR. İ.HAKKI BAHAR
- Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonu gelişiminde, etken-konak etkileşiminin karşılıklı kinetiği
Mutual kinetics of agent ? host relation in the development of pseudomonas aeruginosa infection
VAHİDE BAYRAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN BASKIN
PROF. DR. İ. HAKKI BAHAR