Geri Dön

Zebra balığı (Danio rerio)'nda glutatyon redüktaz (gsr) ve glukoz-6-fosfat dehidrogenaz (g6pd) genlerinin biyoinformatiği ve doku spesifik transkripsiyon tespiti

Bioinformatics and tissue specific transcription of glutation reductase (gsr) and glucose-6-phosphate dehydrogenase (g6pd) genes in zebra fish (Danio rerio)

PDF İndir

  1. Tez No: 778106
  2. Yazar: BURCU NAZ UZUN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHTAP BAYIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Su Ürünleri, Biotechnology, Genetics, Aquatic Products
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 48

Özet

Amaç: Bu tez çalışmasında zebra balığı (Danio rerio) glutatyon reduktaz (gsr) ve glukoz-6-fosfat dehidrogenaz (g6pd) genlerinin biyoinformatiğini çalışmak amacıyla in siliko analizler gerçekleştirilmiş ve doku spesifik dağılım belirlenmiştir. Yöntem: Dişi ve erkek zebra balıklarından karaciğer, bağırsak, kas, beyin, kalp, göz, yüzme kesesi, solungaç, böbrek, deri, yumurtalık ve testis örnekleri alındı ve bu dokulardan cDNA elde etmek için önce her bir dokudan toplam RNA izole edildi. Daha sonra alınan tüm doku örneklerinden qPCR ile gsr ve g6pd genlerinin transkriptleri belirlendi. Son olarak gsr ve g6pd enzimlerinin transkript miktarları RT-qPCR ile belirlendi. Bulgular: Zebra balığı gsr karaciğerde 61,9 ± 4,41; bağırsakta 13,5 ± 0,55; kasda 6,51 ± 0,47; beyinde 4,56 ± 0,46; kalpte 19,3 ± 1,57; gözde 10,23 ± 1,45; dalakta 6,55 ± 0,91; solungaçta 37 ± 4,13; böbrekte 24,9 ± 1,01; midede 18 ± 0,89; ovaryumda 30,05 ± 1,8 olarak belirlenmiştir. Erkek balıklarda doku spesifik dağılımın ise sırasıyla, karaciğerde 145,4 ± 6,03; bağırsakta 91,1 ± 0,31; kasda 22,6 ± 0,88; beyinde 10,7 ± 0,51; kalpte 17,5 ± 3,60; gözde 23,03 ± 1,95; dalakta 8,54 ± 0,48; solungaçta 85,2 ± 0,89; böbrekte 34,9 ± 1,39; midede 27,7 ± 1,18; testiste 58,98 ± 5,9 olduğu tespit edilmiştir Zebra balığı g6pd geninin doku spesifik dağılımı dişi balıklarda karaciğerde 22,75 ± 2,16; bağırsakta 1,58 ± 0.14; kasda 0,89 ± 0,13; beyinde 1,50 ± 0,17; kalpte 0,91 ± 0,095; gözde 0,91 ± 0,095; dalakta 0,65 ± 0,091; solungaçta 17,37 ± 1,45; böbrekte 1,20 ± 0,12; midede 0,99 ± 0,08; ovaryumda 12,63 ± 1,22 olarak erkek balıklarda ise karaciğerde 57 ± 4,29; bağırsakta 15,02 ± 0,01; kasda 3,61 ± 0,76; beyinde 1,44 ± 0,20; kalpte 6,57 ± 0,65; gözde 6,37 ± 0,78; dalakta 0,55 ± 0.091; solungaçta 40,74 ± 2,31; böbrekte 1,45 ± 0,19; midede 2,03 ± 0,24; testiste 17,91 ± 0,82 olduğu elde edilmiştir. Sonuç: Zebra balığı gsr ve g6pd genlerinin hem dişi hemde erke balıkta en baskın olduğu doku karaciğer olarak belirlenmiştir. Zebra balığı gsr gen ifadesinin karaciğer, bağırsak, kalp, göz, solungaç ve gonad dokularının erkeklerde dişilerden önemli (P

Özet (Çeviri)

Purpose: The aim of this thesis is to perform in silico analyzes in order to study the bioinformatics of zebrafish (Danio rerio) glutathione reductase (gsr) and glucose-6-phosphate dehydrogenase (g6pd) genes and to determine the tissue-specific distribution. Method: Liver, intestine, muscle, brain, heart, eye, swim bladder, gill, kidney, skin, ovary and testis samples were taken from female and male zebrafish and total RNA was isolated from each tissue to obtain cDNA from these tissues. Then, transcripts of gsr and g6pd genes were determined by qPCR from all tissue samples. Finally, transcript amounts of gsr and g6pd enzymes were determined by RT-qPCR. Zebrafish gsr and g6pd genes structure, conserved gene maps, and phylogenetic tree showing relationships of zebrafish with other vertebrates were designed. Findings: Zebrafish gsr transcript of female was 61.9 ± 4.41 in the liver, 13.5 ± 0.55 in the intestine, 6.51 ± 0.47 in the muscle, 4.56 ± 0.46 in the brain, 19.3 ± 1.57 in the heart, 10.23 ± 1.45 in the eyes, 6.55 ± 0.91 in the spleen, 37 ± 4.13 in the gills, 24.9 ± 1.01 in the kidney, 18 ± 0.89 in the stomach, 30.05 ± 1.8 in the ovary. The tissue specific distribution in male fish was 145.4 ± 6.03 in the liver, 91.1 ± 0.31 in the intestine, 22.6 ± 0.88 in the muscle; 10.7 ± 0.51 in the brain; 17.5 ± 3.60 in the heart; 23.03 ± 1.95 in the eyes; 8.54 ± 0.48 in the spleen; 85.2 ± 0.89 in the gill; 34.9 ± 1.39 in the kidney; 27.7 ± 1.18 in the stomach; in the testis 58.98 ± 5.9. The tissue specific distribution of female zebrafish g6pd gene was in the liver 22.75 ± 2.16, 1.58 ± 0.14 in the intestine, 0.89 ± 0.13 in the muscle, 1.50 ± 0.17 in the brain, 0.91 ± 0.095 in the heart, 0.91 ± 0.095 in the eye, 0.65 ± 0.091 in the spleen, 17.37 ± 1.45 in the gills, 1.20 ± 0.12 in the kidney, 0.99 ± 0.08 in the stomach, 12.63 ± 1.22 in the ovary. The tissue specific distribution of male zebrafish g6pd gene was 57 ± 4.29 in the liver, 15.02 ± 0.01 in the intestine, 3.61 ± 0.76 in the muscle, 1.44 ± 0.20 in the brain; 6.57 ± 0.65 in the heart; 6.37 ± 0.78 in the eyes; 0.55 ± 0.091 in the spleen; 40.74 ± 2.31 in the gills, 1.45 ± 0.19 in the kidney, 2.03 ± 0.24 in the stomach, 17.91 ± 0.82 in the testis. Results: The liver was determined as the most dominant tissue of zebrafish gsr and g6pd genes in both female and male fish. Zebrafish gsr gene expression was found to be significantly (P

Benzer Tezler

  1. Tez No

    899586

    Pentilentetrazol ile epileptik nöbet oluşturulan alkolik zebra balığı (Danio rerio)'nda beyin ve kas dokusunun oksidatif stres parametrelerindeki değişimler

    Changes in the oxidative stress parameters in brain and muscle in pentylenetetrazole induced seizure models of alcoholic zebra

    AYTAKIN BABIROVA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Su ÜrünleriMalatya Turgut Özal Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜNAL İSPİR

  2. Tez No

    415268

    Uzun süreli açlığın zebra balığı (Danio rerio) yağ asidi metabolizmasına moleküler etkileri

    Molecular effects of long-term starvation on fatty acid metabolism in zebrafish, Danio rerio

    AYŞE ÖLMEZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Su ÜrünleriAtatürk Üniversitesi

    Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ABDULKADİR BAYIR

  3. Tez No

    472994

    Farklı alıştırma su sıcaklıklarında bazı akvaryum balığı türlerinin sıcaklık tolerans parametrelerinin belirlenmesi

    Determination of temperature tolerance parameters of some aquarium fish species in different acclimation water temperatures

    ERHAN ERDOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Su ÜrünleriÇukurova Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT YANAR

  4. Tez No

    850813

    Farklı ticari yemler ile beslenen zebra balıkları (danio reiro)' nda büyüme performansı

    Growth performance of zebra fish (danio reiro) feed with different commercial feeds

    REMZİ ERGİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Su ÜrünleriFırat Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEVLÜT ŞENER URAL

  5. Tez No

    656250

    Effects of aging on gene expression levels of inflammatory, cytoskeletal and microglial markers in the brain using the zebra fish (Danio rerio) model organism

    Zebra balığı (Danio rerio) model organizması kullanılarak yaşlanmanın beyindeki inflamatuar, hücre iskeleti, ve mikroglia belirteçlerindeki gen ifade düzeyleri üzerine etkileri

    HANDE ÖZGE AYDOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MICHELLE MARIE ADAMS

Geri Dön